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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-7-9 17:28:51 | 只看该作者 Only view this author

求助这两种基组是一样吗?

6-311+G**   和    6-311+G(2d,p)  一样吗?


看到Sobereva老师,在一些计算关于弱相互作用帖子中,有时用第一个,有时用第二个。

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发表于 Post on 2019-7-9 18:12:49 | 只看该作者 Only view this author
6-311+G** = 6-311+G(d,p)
definitions of two basis sets. (H and C as examples)


!----------------------------------------------------------------------
! Basis Set Exchange
! Version v0.8.6
! https://www.basissetexchange.org
!----------------------------------------------------------------------
!   Basis set: 6-311+G**
! Description: VTZ Valence Triple Zeta: 3 Funct.'s/Valence AO with
!                    diffuse on heavy atoms, polarization on all atoms
!        Role: orbital
!     Version: 0  (Data from the Original Basis Set Exchange)
!----------------------------------------------------------------------


H     0
S   3   1.00
     33.86500                0.0254938
      5.094790               0.190373
      1.158790               0.852161
S   1   1.00
      0.325840               1.000000
S   1   1.00
      0.102741               1.000000
P   1   1.00
      0.750                  1.000000
****
C     0
S   6   1.00
   4563.240                  0.00196665
    682.0240                 0.0152306
    154.9730                 0.0761269
     44.45530                0.2608010
     13.02900                0.6164620
      1.827730               0.2210060
SP   3   1.00
     20.96420                0.114660               0.0402487
      4.803310               0.919999               0.237594
      1.459330              -0.00303068             0.815854
SP   1   1.00
      0.4834560              1.000000               1.000000
SP   1   1.00
      0.1455850              1.000000               1.000000
SP   1   1.00
      0.0438000              1.0000000              1.0000000
D   1   1.00
      0.626                  1.000000
****





!----------------------------------------------------------------------
! Basis Set Exchange
! Version v0.8.6
! https://www.basissetexchange.org
!----------------------------------------------------------------------
!   Basis set: 6-311+G(2d,p)
! Description: 6-311+G(2d,p)
!        Role: orbital
!     Version: 0  (Data from the Original Basis Set Exchange)
!----------------------------------------------------------------------


H     0
S   3   1.00
     33.86500                0.0254938
      5.094790               0.190373
      1.158790               0.852161
S   1   1.00
      0.325840               1.000000
S   1   1.00
      0.102741               1.000000
P   1   1.00
      0.750                  1.000000
****
C     0
S   6   1.00
   4563.240                  0.00196665
    682.0240                 0.0152306
    154.9730                 0.0761269
     44.45530                0.2608010
     13.02900                0.6164620
      1.827730               0.2210060
SP   3   1.00
     20.96420                0.114660               0.0402487
      4.803310               0.919999               0.237594
      1.459330              -0.00303068             0.815854
SP   1   1.00
      0.4834560              1.000000               1.000000
SP   1   1.00
      0.1455850              1.000000               1.000000
SP   1   1.00
      0.0438000              1.0000000              1.0000000
D   1   1.00
      1.2520000              1.0000000
D   1   1.00
      0.3130000              1.0000000
****


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发表于 Post on 2019-7-9 21:27:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-7 22:57
没必要非得先优化,结构不离谱就行了

谢谢老师

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9214#
发表于 Post on 2019-7-9 22:57:17 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!请问一下:
我初次使用超算中心进行Gaussian计算时,首先是将Gaussian09W-D01软件Linux版本安装在超算中心,而自己的电脑可以用Window版本。在进行计算时,是先在自己的电脑上用GaussView上编辑好输入文件,然后再上传至超算中心进行计算。问题出现在,我在输入文件中输入的em=gd3,在超算中心的Linux版本进行计算时总是报错,该怎么处理呢?是根据http://sobereva.com/210中的第三点 3 DFT-D3程序的使用,安装Linux 64bit版的DFT-D3程序进行处理吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 08:15:43 | 只看该作者 Only view this author
风起时想你 发表于 2019-7-9 17:28
6-311+G**   和    6-311+G(2d,p)  一样吗?


显然不一样
前者对应6-311+(d,p)。2d代表重原子的极化函数加两层
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 08:16:28 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2019-7-9 22:57
老师,您好!请问一下:
我初次使用超算中心进行Gaussian计算时,首先是将Gaussian09W-D01软件Linux版本安 ...

如果服务器上的Gaussian版本老于D.01,显然不能用em=GD3
用单独的DFT-D3程序只能对单点能校正,没法直接纳入优化过程
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 08:18:12 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-7-9 09:35
谢谢sob老师耐心细致的回复。老师还想问一下,高斯如何搭建石墨烯的结构,要搭建几个六元环?麻烦老师您 ...

Gaussian是计算程序,不是建模程序。对应的建模程序是GaussView

这种多元并环体系最好用chemdraw来建,或者用nanotube modeller(有现成功能)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 08:18:51 | 只看该作者 Only view this author
chemzhh 发表于 2019-7-9 06:36
请问用CBS-QB3在优化结构的时候能量出现震荡,如何解决,是否也可以用maxstep=5之类的关键词,如果可以,应 ...

# CBS-QB3 opt(notrust,maxstep=5)试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 08:19:31 | 只看该作者 Only view this author
chemzhh 发表于 2019-7-9 06:34
请问如果计算分子在乙腈溶剂中的pKa,H+在乙腈溶剂中的溶剂化自由能是多少,是否也是用H+在水中的溶剂化自 ...

显然不是
这个没有实验值。如果非要用只能自己用显式溶剂模型试图计算
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发表于 Post on 2019-7-10 09:34:40 | 只看该作者 Only view this author
我本是个娃娃 发表于 2019-7-9 18:12
6-311+G** = 6-311+G(d,p)
definitions of two basis sets. (H and C as examples)

谢谢解答。

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发表于 Post on 2019-7-10 09:35:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-10 08:15
显然不一样
前者对应6-311+(d,p)。2d代表重原子的极化函数加两层

谢谢老师的解答。

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9222#
发表于 Post on 2019-7-10 10:12:45 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sobereva,关于乙腈溶剂(或其他非水溶剂)中pKa的计算,我还想继续问一下。乙腈溶剂中的pKa的计算原理上应该和水中pKa的计算一致,这就需要H+在乙腈中的溶解自由能,我查到两篇计算的论文提供了这个数据(1 Journal of Computational Chemistry 2016, 37, 1082–1091; 2 Computational and Theoretical Chemistry 2016, 1077, 11-17),其中第一篇文章中给出乙腈中H+的溶解自由能为-255.1 kcal/mol。
我的问题是计算乙腈溶剂中的pKa,是否可以用这个数据,然后仿照水中pKa的计算方法?或者尽量避免用这个数据,而是设计另外的热力学循环,结合有乙腈中pKa的已知分子来计算?
谢谢

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发表于 Post on 2019-7-10 10:39:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CayJ 于 2019-7-10 20:30 编辑
sobereva 发表于 2019-7-10 08:16
如果服务器上的Gaussian版本老于D.01,显然不能用em=GD3
用单独的DFT-D3程序只能对单点能校正,没法直接 ...

谢谢老师的回复!
那请问Gaussian 09W 9.5 Revision D.01.rar与Gaussian 09W v9.0 Rev D.01 Linux.rar,哪个是新版本的?

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发表于 Post on 2019-7-10 11:06:00 | 只看该作者 Only view this author
我在超算上用xtb程序计算时,发现如果运行两个xtb任务,就会互相干扰,请问是否有办法可以同时在超算上运行两个或多个xtb任务
谢谢

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9225#
发表于 Post on 2019-7-10 17:22:35 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,分析荧光电子跃迁的时候,根据计算结果,电子从116 跃迁到 117 ,但是,荧光是从S1到S0的跃迁,我的计算实际是从S0到S1的计算,所以我的问题是,
1 实际的荧光发射的过程是不是应该写成从117 跃迁到 116 的过程?
2 并且对NTO的分析结构,是不是也应该 计算的 hole到 electron的跃迁 方向换成是elctron到 Hole的跃?
多谢Sob老师的帮助

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