计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

9196#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-8 17:47:54 | 只看该作者 Only view this author
wxy 发表于 2019-7-8 17:21
Sob老师:用ORCA4.1在超算上用一个节点共20个核以双杂化泛函计算一个26个原子(CHO)体系的单点能,用关键 ...

正常。是

如果怕关键词写得不对,建议用Multiwfn生成,见
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

9197#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-8 17:48:44 | 只看该作者 Only view this author
大王雷 发表于 2019-7-8 16:27
各位老师您好,请问如果想利用M062X/6-311+G(d,p) 水平算分子在乙腈溶剂环境中的HOMO/LUMO值,如何在Guassi ...

别用GaussView那个很低幼的图形界面产生关键词
一律自己手动写。计算级别关键词直接写M062X/6-311+G(d,p)
溶剂模型怎么设看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

和NBO无关的问题不要发到“波函数分析与Multiwfn”的NBO分类里,发帖时候注意看清楚板块和分类再发
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

9198#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-8 17:49:57 | 只看该作者 Only view this author
842655799 发表于 2019-7-8 08:51
老师您好,在研究4组分之间的弱相互作用时,采用counterpoise=4关键词,计算结果只得出总的相互作用能。请 ...

用四聚体模型得不到。
可以取一个二聚体,然后用counterpoise=2得到
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

32

帖子

0

威望

457

eV
积分
489

Level 3 能力者

9199#
发表于 Post on 2019-7-8 19:54:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-8 17:49
用四聚体模型得不到。
可以取一个二聚体,然后用counterpoise=2得到

好的 谢谢老师

13

帖子

0

威望

355

eV
积分
368

Level 3 能力者

9200#
发表于 Post on 2019-7-8 21:55:34 | 只看该作者 Only view this author

gaussian计算出错

第一次发帖,不知道该怎么有效描述,还请老师及各位大神帮我解决下问题
对三乙烯四胺的结构优化
输入文件如下:
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\TETA.chk
# b3lyp/6-311g(d,p) opt=(z-matrix,maxcycle=300)scf=(maxcycle=300)freq  

TETA

0 1
N              
H                  1            B1
H                  1            B2    2            A1
C                  1            B3    2            A2    3            D1    0
H                  4            B4    1            A3    2            D2    0
H                  4            B5    1            A4    2            D3    0
C                  4            B6    1            A5    2            D4    0
H                  7            B7    4            A6    1            D5    0
H                  7            B8    4            A7    1            D6    0
N                  7            B9    4            A8    1            D7    0
H                 10           B10    7            A9    4            D8    0
C                 10           B11    7           A10    4            D9    0
H                 12           B12   10           A11    7           D10    0
H                 12           B13   10           A12    7           D11    0
C                 12           B14   10           A13    7           D12    0
H                 15           B15   12           A14   10           D13    0
H                 15           B16   12           A15   10           D14    0
N                 15           B17   12           A16   10           D15    0
H                 18           B18   15           A17   12           D16    0
C                 18           B19   15           A18   12           D17    0
H                 20           B20   18           A19   15           D18    0
H                 20           B21   18           A20   15           D19    0
C                 20           B22   18           A21   15           D20    0
H                 23           B23   20           A22   18           D21    0
H                 23           B24   20           A23   18           D22    0
N                 23           B25   20           A24   18           D23    0
H                 26           B26   23           A25   20           D24    0
H                 26           B27   23           A26   20           D25    0

   B1             1.01501472
   B2             1.01641664
   B3             1.46676468
   B4             1.09344766
   B5             1.10532730
   B6             1.52606048
   B7             1.09414401
   B8             1.10789068
   B9             1.45902451
   B10            1.01696810
   B11            1.46007551
   B12            1.10472793
   B13            1.09436002
   B14            1.52823391
   B15            1.10775953
   B16            1.09310662
   B17            1.46054501
   B18            1.01462597
   B19            1.46096816
   B20            1.10864363
   B21            1.09269130
   B22            1.52509191
   B23            1.10542863
   B24            1.09353338
   B25            1.46569546
   B26            1.01642259
   B27            1.01491434
   A1           106.29632509
   A2           109.90753159
   A3           108.61865464
   A4           113.86464587
   A5           110.51170385
   A6           108.28915850
   A7           109.49748797
   A8           110.76448785
   A9           109.11856670
   A10          114.12597816
   A11          112.70532966
   A12          108.68033057
   A13          109.94236751
   A14          109.39788436
   A15          107.23882024
   A16          112.24040940
   A17          108.50155616
   A18          114.77028189
   A19          112.32213047
   A20          109.63170388
   A21          110.74792246
   A22          108.99472326
   A23          108.16582953
   A24          110.24269684
   A25          110.12232818
   A26          110.16123082
   D1           119.17464046
   D2            52.60418949
   D3           -65.99732582
   D4           170.82888462
   D5           -58.80669451
   D6            56.80488678
   D7          -178.00211269
   D8           -62.93917175
   D9           174.86308369
   D10           59.44412110
   D11          -58.59865115
   D12         -176.84784143
   D13          -58.27943336
   D14           57.35725350
   D15          176.32967851
   D16         -154.48003513
   D17           83.48019037
   D18           56.37549560
   D19          -61.75193626
   D20          179.06218577
   D21          -56.36034578
   D22           59.28365121
   D23          177.94655765
   D24           70.14904206
   D25         -172.88264661

但后面计算一直不能结束,而且频率计算部分说是与频率相关的文件不存在,如下:
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 300 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -458.581182451     A.U. after    1 cycles
             Convg  =    0.1762D-08             -V/T =  2.0041
Range of M.O.s used for correlation:     1   288
NBasis=   288 NAE=    41 NBE=    41 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=    288 NOA=    41 NOB=    41 NVA=   247 NVB=   247
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do    29 centers at a time, making    1 passes doing MaxLOS=2.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=F I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=2.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file   721 does not exist.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file   722 does not exist.
不知道该怎么解决,请老师帮忙指正一下

207

帖子

1

威望

3871

eV
积分
4098

Level 6 (一方通行)

9201#
发表于 Post on 2019-7-8 22:36:23 | 只看该作者 Only view this author
这不是报错,电脑配置低计算能力不足,就等着吧

70

帖子

0

威望

172

eV
积分
242

Level 3 能力者

9202#
发表于 Post on 2019-7-8 23:59:07 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 您好 , 有两个量化相关的问题请教一下:
1. 为什么有一些分析方法不能与具有弥散函数的基组配合使用? 比如mulliken电荷分析时不能使用弥散函数;(感觉只要波函数大概算准确了,结果不会差太多啊 ~)
2. 为什么有一些弱相互作用体系的优化 ;使用B3LYP优化效果完全不好 ?比如色散作用主导的聚合物

104

帖子

2

威望

3243

eV
积分
3387

Level 5 (御坂)

9203#
发表于 Post on 2019-7-9 00:01:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-8 17:47
正常。是

如果怕关键词写得不对,建议用Multiwfn生成,见

谢谢!终于见识了ORCA难以置信的计算速度。以后必须用它,至少在单点能计算上。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

9204#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-9 02:35:37 | 只看该作者 Only view this author
yuanbingling 发表于 2019-7-8 21:55
第一次发帖,不知道该怎么有效描述,还请老师及各位大神帮我解决下问题
对三乙烯四胺的结构优化
输入文件 ...

不要写scf=(maxcycle=300)这种绝对多余的关键词,仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

别写z-matrix,除非你想让计算白花更多时间、更难收敛

此体系B3LYP优化时候应加上D3校正,看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

如果程序还在算着,继续等着;如果已经断了,看:
Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125153

管理员

公社社长

9205#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-9 02:37:25 | 只看该作者 Only view this author
Scienceme 发表于 2019-7-8 23:59
卢老师 您好 , 有两个量化相关的问题请教一下:
1. 为什么有一些分析方法不能与具有弥散函数的基组配合使 ...

1 看Q36
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

2 仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

23

帖子

0

威望

2145

eV
积分
2168

Level 5 (御坂)

9206#
发表于 Post on 2019-7-9 06:34:32 | 只看该作者 Only view this author
请问如果计算分子在乙腈溶剂中的pKa,H+在乙腈溶剂中的溶剂化自由能是多少,是否也是用H+在水中的溶剂化自由能(-265.9 kcal/mol),谢谢

23

帖子

0

威望

2145

eV
积分
2168

Level 5 (御坂)

9207#
发表于 Post on 2019-7-9 06:36:33 | 只看该作者 Only view this author
请问用CBS-QB3在优化结构的时候能量出现震荡,如何解决,是否也可以用maxstep=5之类的关键词,如果可以,应该怎么写,谢谢

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

9208#
发表于 Post on 2019-7-9 09:35:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-8 17:47
AIM电荷(即Bader电荷)很垃圾,看《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract ...

谢谢sob老师耐心细致的回复。老师还想问一下,高斯如何搭建石墨烯的结构,要搭建几个六元环?麻烦老师您给些建议

13

帖子

0

威望

355

eV
积分
368

Level 3 能力者

9209#
发表于 Post on 2019-7-9 10:08:58 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2019-7-8 22:36
这不是报错,电脑配置低计算能力不足,就等着吧

哦哦,好的好的,不太懂,谢谢您

13

帖子

0

威望

355

eV
积分
368

Level 3 能力者

9210#
发表于 Post on 2019-7-9 10:10:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-9 02:35
不要写scf=(maxcycle=300)这种绝对多余的关键词,仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com ...

好的,我再仔细看下您提到的几点

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 23:02 , Processed in 0.259681 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list