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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-7-6 22:52:10 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,相对电子能量小于0,相对吉布斯自由能大于0的反应前期复合物,说明该复合物不会稳定存在吧?
在绘制势能面图的时候要不要把这个复合物画出来表现在图中呢?谢谢老师
自己决定自己的DNA

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发表于 Post on 2019-7-7 14:03:46 | 只看该作者 Only view this author
老师,可以上传一点荧光,电化学,紫外等利用gaussian计算的资料(原理和实例)吗?

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发表于 Post on 2019-7-7 15:59:42 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,,1和2两个过渡态,溶剂化之前1的能量比2高5kcal,而溶剂化之后1的能量比2低6kcal,为什么会有这么大的反转呢?(溶剂化命令:C H O Cl 0
6-311++G**
****
Pd 0
SDD
****

Pd 0
SDD

1.png (39.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

interchange

interchange

2.png (22.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

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dissociative

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发表于 Post on 2019-7-7 22:02:49 | 只看该作者 Only view this author

量化还没入门的小白求助。

说实话实在不好意思在这里求助,因为自己知道这个问题太low了,可是实在是不太清楚审稿人说的integration grid是什么意思,老板催的又比较急,只能在这里向大家求助了。最近的一篇投稿(也是我的第一篇投稿),审稿人给了这样一条意见(The integration grid used in the DFT calculations should be specified.),请问一下大家这是什么意思?什么是integration grid used in the DFT?还请大家原谅我的无知。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-7 22:56:31 | 只看该作者 Only view this author
jingdoctor 发表于 2019-7-7 22:02
说实话实在不好意思在这里求助,因为自己知道这个问题太low了,可是实在是不太清楚审稿人说的integration g ...

仔细看了此文就懂了
密度泛函计算中的格点积分方法
http://sobereva.com/69
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-7 22:57:09 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-7-6 20:36
谢谢,麻烦再问一下sob老师,那构型是不是也要用6-311G*先优化才能算ADMP,不能用其它基组下的构型算,是 ...

没必要非得先优化,结构不离谱就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-7 22:57:48 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-7-7 14:03
老师,可以上传一点荧光,电化学,紫外等利用gaussian计算的资料(原理和实例)吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-7 22:58:24 | 只看该作者 Only view this author
QuantumHan 发表于 2019-7-6 22:52
请问老师,相对电子能量小于0,相对吉布斯自由能大于0的反应前期复合物,说明该复合物不会稳定存在吧?
在 ...

是的
如果你同时要在图上绘制自由能面,也画上去
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-7 23:16:56 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2019-7-7 15:59
sob老师好,,1和2两个过渡态,溶剂化之前1的能量比2高5kcal,而溶剂化之后1的能量比2低6kcal,为什么会有 ...

不要用“溶剂化”这个词,看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

问题莫名其妙。本来两个体系原子数都不同,能量没法比,顶多说相应化学过程的势垒。

对于带电体系,溶剂效应对能量影响极大,这种现象没什么新鲜的。
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发表于 Post on 2019-7-8 08:51:57 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,在研究4组分之间的弱相互作用时,采用counterpoise=4关键词,计算结果只得出总的相互作用能。请问如何得出两两之间的相互作用能(除能量分解分析)?
谢谢老师

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发表于 Post on 2019-7-8 16:27:44 | 只看该作者 Only view this author

请问如果想利用M062X/6-311+G(d,p) 水平算分子在乙腈溶剂环境中的HOMO/LUMO值,如...

各位老师您好,请问如果想利用M062X/6-311+G(d,p) 水平算分子在乙腈溶剂环境中的HOMO/LUMO值,如何在Guassian界面输入我需要的基组呢?比如像乙腈溶剂环境、HOMO/LUMO.

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发表于 Post on 2019-7-8 16:43:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 498746012 于 2019-7-8 16:44 编辑

sob老师您好!能不能请教您一个问题:高斯如何处理石墨烯表面分子修饰后表面电荷密度的变化,可以算Bader charge?

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9193#
发表于 Post on 2019-7-8 16:50:51 | 只看该作者 Only view this author
就是输入6-311+G(d,p)啊
eureka

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9194#
发表于 Post on 2019-7-8 17:21:41 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师:用ORCA4.1在超算上用一个节点共20个核以双杂化泛函计算一个26个原子(CHO)体系的单点能,用关键词:RKS PWPB95 D3 def2-tzvpp def2/JK RIJK RI-MP2 def2-TZVPP/C TightSCF Grid5 nopop。求教:1)用时仅2分2秒,正常结束,这么快完成了计算正常吗? 2)在.out文件中有个“WARNING: The energy has been calculated at the MP2 level but the densities used in the property calculations are still SCF densities. MP2 response densities have not been calculated......",这个提示在此计算中是正常的吗? 谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-8 17:47:13 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-7-8 16:43
sob老师您好!能不能请教您一个问题:高斯如何处理石墨烯表面分子修饰后表面电荷密度的变化,可以算Bader c ...

AIM电荷(即Bader电荷)很垃圾,看《原子电荷计算方法的对比》(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml),化学意义很差,计算耗时还很高

应当截取个孤立模型,用ADCH、NPA之类电荷考察
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