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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 20:21:24 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2019-7-10 17:22
Sob老师,分析荧光电子跃迁的时候,根据计算结果,电子从116 跃迁到 117 ,但是,荧光是从S1到S0的跃迁,我 ...

1 是
2 是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 20:22:32 | 只看该作者 Only view this author
chemzhh 发表于 2019-7-10 11:06
我在超算上用xtb程序计算时,发现如果运行两个xtb任务,就会互相干扰,请问是否有办法可以同时在超算上运行 ...

超算上运行xtb的事我不清楚
你把xtb文件夹再复制一份,就绝对不会相互干扰。xtb运行过程中会在当前目录下产生临时文件,直接跑两个肯定会相互干扰
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 20:22:52 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2019-7-10 10:39
谢谢老师的回复!
也就是说,Gaussian在计算em=GD3与Linux/windows无关,只与版本有关,那么如何从安装 ...

输出文件里一开始就写明了版本
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 20:24:11 | 只看该作者 Only view this author
chemzhh 发表于 2019-7-10 10:12
谢谢sobereva,关于乙腈溶剂(或其他非水溶剂)中pKa的计算,我还想继续问一下。乙腈溶剂中的pKa的计算原理上 ...

借助乙腈中pKa已知的分子来计算是最佳的。否则除非做法非常精妙,直接理论算出来的H+的溶解自由能误差很大。
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发表于 Post on 2019-7-10 21:54:45 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!我最近用oniom的方法模拟QM/MM计算时,用0 3优化算出来的三线态能级比单分子计算的三线态能级要高,所有的输出文件都显示整成结束
这种现象正常吗?为什么会高呢?
主要是我想要的结果是oniom算的三线态能级比单分子的三线态能级明显的低,这样的话我应该怎么做呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-10 22:09:21 | 只看该作者 Only view this author
狄拉克自带buff 发表于 2019-7-10 21:54
老师,您好!我最近用oniom的方法模拟QM/MM计算时,用0 3优化算出来的三线态能级比单分子计算的三线态能级 ...

你最好把单分子和ONIOM的输入输出文件都传上来
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发表于 Post on 2019-7-10 22:25:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-10 08:18
Gaussian是计算程序,不是建模程序。对应的建模程序是GaussView

这种多元并环体系最好用chemdraw来建 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-7-11 11:29:26 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我需要用动力学模拟烯醇互变的动力学过程。我用G09里面的BOMD方法,关键词用#p B3LYp/6-31G(d) BOMD(maxpoints=600,gradientonly,stepsize=600,Rtemp=475)    scf(nosymm)  IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=475,1/89=30),但是质子不能发生转移。所以请问Sob老师,用什么动力学方法可以模拟烯醇互变。多谢sob老师。

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发表于 Post on 2019-7-11 14:19:00 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,使用QTAIM计算弱相互作用时,ρ多大认为是有相互作用的,多大是可以忽略不计的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-12 05:05:04 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-7-11 14:19
sob老师,使用QTAIM计算弱相互作用时,ρ多大认为是有相互作用的,多大是可以忽略不计的。

没有这种一刀切的标准

波函数分析问题以后请发到本帖1L的红字说的链接里
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lianghuashou 发表于 2019-7-11 11:29
Sob老师,我需要用动力学模拟烯醇互变的动力学过程。我用G09里面的BOMD方法,关键词用#p B3LYp/6-31G(d) BO ...

当前计算级别本身没问题
可以尝试时间跑长点
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发表于 Post on 2019-7-12 12:30:54 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师:要计算一个168个原子体系的UV吸收光谱,体系中只有50多个原子组成的基团有UV吸收。问题是:能否通过冻结其它原子只对这50多个原子组成的基团做TDDFT计算?

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发表于 Post on 2019-7-12 15:29:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zxxzyxy 于 2019-7-12 15:49 编辑

请教各位老师,如果想计算以乙腈作为溶剂计算苯并噻吩和过氧化氢反应的过渡态应该选择什么方法和基组?采用m062x/6-311+G(d, p)还是B3LYP/6-311+G(d, p),我计算用的关键词是# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-311+g(d, p) scrf=(solvent=acetonitrile,smd)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-13 05:14:16 | 只看该作者 Only view this author
zxxzyxy 发表于 2019-7-12 15:29
请教各位老师,如果想计算以乙腈作为溶剂计算苯并噻吩和过氧化氢反应的过渡态应该选择什么方法和基组?采用 ...

显然用m062x。没事别加弥散
仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-13 05:24:24 | 只看该作者 Only view this author
wxy 发表于 2019-7-12 12:30
Sob老师:要计算一个168个原子体系的UV吸收光谱,体系中只有50多个原子组成的基团有UV吸收。问题是:能否通 ...

没有这种冻结方法。顶多是把其它原子用背景电荷(或其它方式如片段有效势)表示使之不参与激发
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