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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-11 06:17:08 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-10 11:00
sob老师,我做的体系三个原子,两个异构体,一个直线型的,非金属在中间,金属在两边,一个三角形的,怎么 ...

没细节没法说
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-11 06:17:40 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-10 10:43
过渡态是二重态,跑irc就自动变成单重态,试了很多次,不知道怎么回事。这个是我跑出来的irc图形,麻烦sob ...

gjf里设的是二重态,就不可能自动变成单重态,要么你对输出信息理解得不对,要么你用了乱七八糟的关键词,诸如guess=read之类的
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发表于 Post on 2019-8-11 09:34:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-11 06:17
gjf里设的是二重态,就不可能自动变成单重态,要么你对输出信息理解得不对,要么你用了乱七八糟的关键词 ...

是的,是用了guess=read。谢谢老师,我再试试

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发表于 Post on 2019-8-11 10:28:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-11 06:15
同位素设定根本不影响几何优化结果,仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
...

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-8-11 13:24:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我找的体系就这么两个异构体,直线型和三角形,现在找不到过渡态,有的看似成功了,虚频在200左右的,600左右的,可是跑irc发现都会从三角形跑到直线型,最终却又回到三角形。qst2,qst3,也都尝试了,请问还能有别的方法吗?

000-isomer.jpg (20.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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000-irc.jpg (102.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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发表于 Post on 2019-8-11 14:50:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-11 06:16
没法这样估计
实际算一下185原子的单点,乘上几十倍差不多就是优化需要的时间。

谢谢老师,是不是有个什么三次方的公式可以让我们算呢?

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发表于 Post on 2019-8-11 17:35:54 | 只看该作者 Only view this author
老师,有没有对简单分子进行结构优化(minimum或者TS)完整的实例过程的教程(教材)。例如简单的氢气分子如何优化的(每个氢原子的基函数,迭代的程序,每次优化后的结果)?看理论书籍的时候总是觉得太难,有没有具体的实例(或者说自己能力太low)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-12 06:01:18 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-8-11 17:35
老师,有没有对简单分子进行结构优化(minimum或者TS)完整的实例过程的教程(教材)。例如简单的氢气分子 ...

这些太基本的东西都是在科音初级量子化学培训班里系统性讲授,没有写博文的价值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-12 06:01:58 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-8-11 14:50
谢谢老师,是不是有个什么三次方的公式可以让我们算呢?

没有
估计的准确程度能达到百分之几百都很难
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dali 发表于 2019-8-11 13:24
sob老师,我找的体系就这么两个异构体,直线型和三角形,现在找不到过渡态,有的看似成功了,虚频在200左右 ...

对1-2-3的键角做柔性扫描,弄清楚势能面特征
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发表于 Post on 2019-8-12 08:30:06 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,做完过渡态和频率计算后,做IRC输入文件时设置的关键词有几个问题:
(1)从过渡态的chk读几何坐标,用geom=allcheck与geom=check有什么区别?
(2)写了geom=allcheck与或geom=check,输入文件写到命令行为止,还是要写到电荷与多重度那行?
(3)什么时候用guess=read,写上guess=read是不是总没有坏处?
(4)用了%oldchk是不是对chk只读,不会更改chk,那么用了%oldchk依然可以用rcfc读过渡态的Hessian吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-12 08:34:56 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-12 08:30
请问老师,做完过渡态和频率计算后,做IRC输入文件时设置的关键词有几个问题:
(1)从过渡态的chk读几何 ...

1 一样
2 看你到底用allcheck还是check
3 如果chk里当前存的波函数适合作为你接下来任务的初猜波函数就可以用guess=read,这样能省第一步结构下做SCF的时间,还有助于令波函数保持之前任务最后的状态,避免收敛到其它波函数上
4 对。可
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发表于 Post on 2019-8-12 14:15:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-12 08:34
1 一样
2 看你到底用allcheck还是check
3 如果chk里当前存的波函数适合作为你接下来任务的初猜波函数就 ...

多谢老师,试了一下用geom=allcheck关键词不用写电荷和自旋多重度,但是对于混合基组(过渡金属用SDD,其它用6-31G*)用geom=allcheck直接写完关键词那行就运行出错,请问老师这时有什么好办法读chk的几何结构?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-13 07:04:43 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-12 14:15
多谢老师,试了一下用geom=allcheck关键词不用写电荷和自旋多重度,但是对于混合基组(过渡金属用SDD,其 ...

geom=allcheck chkbasis就完了
chkbasis代表直接从chk里读取赝势和基组信息
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发表于 Post on 2019-8-13 09:32:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-13 07:04
geom=allcheck chkbasis就完了
chkbasis代表直接从chk里读取赝势和基组信息

谢谢老师!

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