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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-16 07:03:55 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-8-15 21:58
老师,我计算过渡金属催化烃的反应机理,用的是B3lyp。审稿人想让我考虑一下色散作用(我前面问了),您建 ...

D3对B3LYP的结果影响大的时候说明色散作用影响大
算过渡金属反应的时候,对于B3LYP,总应当加上D3或D4校正,通常有不可忽视的益处
CCSD(T)本身就能充分体现色散作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-16 08:37:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2019-8-16 14:34 编辑
sobereva 发表于 2019-8-16 07:03
D3对B3LYP的结果影响大的时候说明色散作用影响大
算过渡金属反应的时候,对于B3LYP,总应当加上D3或D4校 ...

老师,色散校正是不是只校正能量就可以(加D3单点计算),不需要在家D3的情况下对结构优化吗?跑irc的任务中,需要添加em=GD3BJ吗?谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-8-16 09:26:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-15 08:18
1 没必然关系。不能
仔细看里面的资料了解相关常识、静电势的定义
静电势与平均局部离子化能综述合集 h ...

谢谢sob老师~下次会注意的!

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发表于 Post on 2019-8-16 10:44:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-15 08:12
对最高那个点,用opt(calcall,maxstep=5,ts,noeigen)去优化
还优化不出来,索性对键长和键角做个二维势 ...

sob老师,请问二维势能面扫描是帖子中提到的刚性扫描吗?

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发表于 Post on 2019-8-16 14:30:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,CCSD和CCSD(T)是不是都不能进行结构优化?显示No analytic 2nd derivatives for this method

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发表于 Post on 2019-8-16 18:43:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-16 07:02
不能
ONIOM的chk里不含有波函数信息

那我在ONIOM对这个分子做了stable=opt不稳定,我想读取波函数进行open-shell singlet的优化,该如何进行呢?

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发表于 Post on 2019-8-16 19:54:11 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,计算一种物质给质子和给电子的能力是不是叫质子化能和离子化能?这种情况要不要对失质子后和失电子后的结构进行几何优化?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-17 15:32:11 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-8-16 08:37
老师,色散校正是不是只校正能量就可以(加D3单点计算),不需要在家D3的情况下对结构优化吗?跑irc的任 ...

算能量加则算opt freq IRC都得加
这里专门提了
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://sobereva.com/415http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-17 15:33:27 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-16 19:54
请问老师,计算一种物质给质子和给电子的能力是不是叫质子化能和离子化能?这种情况要不要对失质子后和失电 ...

前者应当叫质子解离能,应当优化
后者是否优化看具体算垂直电离能还是绝热电离能
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陈丢丢 发表于 2019-8-16 18:43
那我在ONIOM对这个分子做了stable=opt不稳定,我想读取波函数进行open-shell singlet的优化,该如何进行 ...

用guess=mix结合U来优化
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erya123 发表于 2019-8-16 14:30
老师,CCSD和CCSD(T)是不是都不能进行结构优化?显示No analytic 2nd derivatives for this method

默认情况下优化只需要一阶导数。你的输入文件里肯定不仅仅有opt,而是有诸如calcfc、freq之类其它的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-17 15:35:50 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-16 10:44
sob老师,请问二维势能面扫描是帖子中提到的刚性扫描吗?

一般是。
二维扫描也可以用柔性扫描的形式,但比较少见,意义不太明确
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发表于 Post on 2019-8-17 16:39:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-17 15:34
用guess=mix结合U来优化

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-8-17 22:09:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-17 15:35
一般是。
二维扫描也可以用柔性扫描的形式,但比较少见,意义不太明确

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-8-17 22:21:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-17 15:33
前者应当叫质子解离能,应当优化
后者是否优化看具体算垂直电离能还是绝热电离能

请问老师,什么情况用垂直电离能,什么情况用绝热电离能?

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