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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-19 20:34:59 | 只看该作者 Only view this author
大王雷 发表于 2019-8-19 19:58
各位老师您好,我想分析分子在不同溶剂中的溶剂化能,看到一篇文章说的方法如下,但他用的是Gaussion03,我 ...

仔细看此文
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

你看到的那篇文献是一篇非常差的文献,作者连Gaussian都拼不对,连基组选用的基本常识都没有。少看这种低水平文章。如果缺乏分辨能力的话,多去看业内主流英文期刊上的文章
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-19 20:36:45 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-19 17:38
谢谢老师,请问老师坐标空一行后电场矢量方向输入文件格式如何写?谢谢!

诸如0.0 0.15 -1.3
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发表于 Post on 2019-8-19 21:40:01 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,诸如0.0 0.15 -1.3就是说电场方向是从原点(0,0,0)指向(0.0, 0.15, -1.3),这么理解对吗?

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发表于 Post on 2019-8-20 08:45:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-19 16:04
有的热力学组合方法也支持过渡金属,但支持的元素很不全,而且也不是专门为过渡金属考虑的
最近出来的G4 ...

好的我再去学习一下,谢谢Sob老师回复

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发表于 Post on 2019-8-20 09:46:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,求问势能面上的鞍点可以和过渡态划等号吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-20 22:22:59 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-19 21:40
谢谢老师,诸如0.0 0.15 -1.3就是说电场方向是从原点(0,0,0)指向(0.0, 0.15, -1.3),这么理解对吗 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-20 22:23:20 | 只看该作者 Only view this author
asasas 发表于 2019-8-20 09:46
sob老师好,求问势能面上的鞍点可以和过渡态划等号吗?

不等于
过渡态是一阶鞍点,但还有二阶鞍点、三阶鞍点等等
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发表于 Post on 2019-8-20 22:30:21 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师!请问对于任意一个分子如何知道它的原点(0,0,0)在哪?是用gview吗,如何操作呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-20 22:33:05 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-20 22:30
谢谢老师!请问对于任意一个分子如何知道它的原点(0,0,0)在哪?是用gview吗,如何操作呢?

gview里把笛卡尔坐标轴显示出来(之后计算记得用nosymm)
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sobereva 发表于 2019-8-20 22:23
不等于
过渡态是一阶鞍点,但还有二阶鞍点、三阶鞍点等等

明白了,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-8-21 09:58:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-20 22:33
gview里把笛卡尔坐标轴显示出来(之后计算记得用nosymm)

谢谢老师,用了gview看到了笛卡尔坐标原点。请问老师,比如我想加电场方向为甲烷的一个C-H1键方向,这时C与H的坐标分别是(x1,y1,z1)和(x2,y2,z2),如果加电场方向为从C到H1,是不是在坐标空一行后写x2-x1 y2-y1 z2-z1?

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dingniu2 发表于 2019-8-21 09:58
谢谢老师,用了gview看到了笛卡尔坐标原点。请问老师,比如我想加电场方向为甲烷的一个C-H1键方向,这时C ...

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发表于 Post on 2019-8-21 12:07:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我这样刚性扫描后得到了这个构型,请问如何能看出来两个构型间是否有过渡态呢?

刚性扫描.jpg (99.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

刚性扫描.jpg

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发表于 Post on 2019-8-21 13:35:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 LZLLLL 于 2019-8-21 20:58 编辑

Sob老师好,我是做过渡金属配合物的,金属原子是Fe或Co,现在已经确定Fe是II价,自旋多重度为5,但是配合物整体是+1价,那么在输入文件里我应该怎么写它的自旋多重度和电荷呢?Co是I价.
我几何优化和振动分析用的方法是B3LYP-D3,基组对于Co和Fe用SDD赝势,对其他C H O N Al 用6-311G* ,不知道合适不合适...
多谢老师

Fe.JPG (15.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

Fe.JPG

Co.JPG (14.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

Co.JPG

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-22 00:25:01 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-21 12:07
sob老师,我这样刚性扫描后得到了这个构型,请问如何能看出来两个构型间是否有过渡态呢?

一看就没有,没有一阶鞍点的特征
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