计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9541#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-22 00:27:14 | 只看该作者 Only view this author
LZLLLL 发表于 2019-8-21 13:35
Sob老师好,我是做过渡金属配合物的,金属原子是Fe或Co,现在已经确定Fe是II价,自旋多重度为5,但是配合物 ...

电荷为1。不要管过渡金属是几价,计算设定不体现这点
由于是强场配体,故体系取能取的最低自旋多重度

计算级别没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

48

帖子

0

威望

363

eV
积分
411

Level 3 能力者

9542#
发表于 Post on 2019-8-22 08:52:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-22 00:27
电荷为1。不要管过渡金属是几价,计算设定不体现这点
由于是强场配体,故体系取能取的最低自旋多重度

...

多谢老师

59

帖子

0

威望

541

eV
积分
600

Level 4 (黑子)

9543#
发表于 Post on 2019-8-22 10:33:59 | 只看该作者 Only view this author

新手求助 金属配合物freq计算不收敛

  各位老师好,本人在计算金属配合物,对优化后的体系进行freq计算,在没加关键词的时候就不收敛。后来看了大神的帖子吗,采用scf=vshift=500关键词,但是所得结果还是不收敛。
请各位老师帮忙看看,感谢了! CrCl3H2O3 freq.rar (24.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

输入文件如下:
%mem=1GB
%chk=C:\Gaussian\CrCl3H2O3 freq.chk
#p freq ub3lyp/genecp scf=vshift=500
CrCl3H2O3 freq
0 2
Cr                -0.01735900   -0.03851400    0.02409900
O                  0.09540700    0.01280200    2.06836500
H                 -0.57776800    0.56626300    2.48294900
O                 -0.01750400   -2.19479800    0.07369400
H                 -0.79782300   -2.58796600   -0.33553800
O                 -0.10724500   -0.20826600   -2.04169600
H                 -0.88661500    0.25278500   -2.38049900
Cl                 2.28240100   -0.42256600   -0.02179300
Cl                 0.04096900    2.20224200   -0.12023300
Cl                -2.29626900   -0.37121400    0.09556200
H                  0.68610500    0.17034800   -2.44389600
H                  0.97411900    0.28180900    2.36731200
H                  0.79262200   -2.58068000   -0.28172100

H O Cl 0
6-311g(d)
****
Cr 0
SDD
****

Cr 0
SDD


48

帖子

0

威望

363

eV
积分
411

Level 3 能力者

9544#
发表于 Post on 2019-8-22 10:43:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-22 00:27
电荷为1。不要管过渡金属是几价,计算设定不体现这点
由于是强场配体,故体系取能取的最低自旋多重度

...

sob老师好,我还有一个问题,如果想比较不同的自旋多重度之间的反应能量差异,在找过渡态的时候,发生自旋翻转该如何处理呢?

20

帖子

0

威望

251

eV
积分
271

Level 3 能力者

9545#
发表于 Post on 2019-8-22 11:05:14 | 只看该作者 Only view this author

读取文件出错

用Multiwfn 生成的Orca输入文件  运行报错

输入文件:
! B97-3c opt noautostart miniprint nopop
%maxcore 1000
%pal nprocs  4 end
* xyz   0   1
C     -1.49855914    1.61383283    0.00000000
C     -0.10339914    1.61383283    0.00000000
C      0.59413886    2.82158383    0.00000000
C     -0.10351514    4.03009283   -0.00119900
C     -1.49834014    4.03001483   -0.00167800
C     -2.19594114    2.82180883   -0.00068200
H     -2.04831814    0.66151583    0.00045000
H      0.44610886    0.66131983    0.00131500
H      1.69381886    2.82166383    0.00063400
H      0.44668486    4.98223583   -0.00125800
H     -2.04846214    4.98229583   -0.00263100
H     -3.29554514    2.82199183   -0.00086200
*


输出文件:
Your calculation uses the libint2 library for the computation of 2-el integrals
For citations please refer to: http://libint.valeyev.net

Your ORCA version has been built with support for libXC version: 4.2.3
For citations please refer to: https://tddft.org/programs/libxc/

This ORCA versions uses:
   CBLAS   interface :  Fast vector & matrix operations
   LAPACKE interface :  Fast linear algebra routines
   SCALAPACK package :  Parallel linear algebra routines


[file orca_main/run.cpp, line 9893]: Cannot open input file: /tmp/yanan/orcajob__32003.master-tx5n/opt.inp.inp


4289

帖子

4

威望

9548

eV
积分
13917

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

9546#
发表于 Post on 2019-8-22 11:05:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-8-22 11:07 编辑

办法非常多。显然你没有把帖子《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61认真看。比如先使用较小的基组算单点,收敛之,然后用当前基组去guess=read它。

PS:文件名有空格是一件很可怕的事,尽早改正为妙。

自动做多参考态计算的程序MOKIT

212

帖子

0

威望

948

eV
积分
1160

Level 4 (黑子)

9547#
发表于 Post on 2019-8-22 11:06:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-22 00:25
一看就没有,没有一阶鞍点的特征

sob老师,请问两个异构体之间能量相差4kcal/mol,没有过渡态,ADMP在300k的时候1000fs之间异构体1都没有转化为异构体2,能说异构体1是稳定的吗?

4289

帖子

4

威望

9548

eV
积分
13917

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

9548#
发表于 Post on 2019-8-22 11:06:49 | 只看该作者 Only view this author
你是不是把输入文件名写错了。。。opt.inp.inp是什么鬼···
自动做多参考态计算的程序MOKIT

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9549#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-22 11:36:26 | 只看该作者 Only view this author
努力努力再努力 发表于 2019-8-22 11:05
用Multiwfn 生成的Orca输入文件  运行报错

输入文件:

99%输入文件路径写错了,仔细检查
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9550#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-22 11:36:46 | 只看该作者 Only view this author
LZLLLL 发表于 2019-8-22 10:43
sob老师好,我还有一个问题,如果想比较不同的自旋多重度之间的反应能量差异,在找过渡态的时候,发生自 ...

不同自旋多重度下都找过渡态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9551#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-22 11:38:21 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-22 11:06
sob老师,请问两个异构体之间能量相差4kcal/mol,没有过渡态,ADMP在300k的时候1000fs之间异构体1都没有 ...

不可能没有过渡态,就算之间还有中间体,也能找到与中间体相连的过渡态。二者之间若真没过渡态的话,其中一个一优化自然就变成另一个了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9552#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-22 11:39:36 | 只看该作者 Only view this author
钱慧璇 发表于 2019-8-22 10:33
各位老师好,本人在计算金属配合物,对优化后的体系进行freq计算,在没加关键词的时候就不收敛。后来看了 ...

仔细看此文开头的字
《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

20

帖子

0

威望

251

eV
积分
271

Level 3 能力者

9553#
发表于 Post on 2019-8-22 14:12:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-22 11:36
99%输入文件路径写错了,仔细检查

谢谢老师

20

帖子

0

威望

251

eV
积分
271

Level 3 能力者

9554#
发表于 Post on 2019-8-22 14:15:11 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2019-8-22 11:06
你是不是把输入文件名写错了。。。opt.inp.inp是什么鬼···

用Mulitwfn 转化出来的是opt.inp 但是运行orca 就变成了这样

48

帖子

0

威望

363

eV
积分
411

Level 3 能力者

9555#
发表于 Post on 2019-8-22 16:46:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-22 11:36
不同自旋多重度下都找过渡态

好的,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 13:00 , Processed in 0.217135 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list