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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 20:15:14 | 只看该作者 Only view this author
alystone 发表于 2019-8-31 07:13
请问sob老师,当时听您的课 NBO不适用于电子离域体系和过渡金属体系好像有两篇文献,我在资料上找不到了。 ...

我想不起来你具体指的哪个

不是NBO里所有方法都不适合离域体系,比如NRT可以通过共振表现离域。但是如果只是通过NBO轨道描述,那就不适合了,比如苯都会被描述成kekule式,体现不出六中心离域的本质

过渡金属这事比较复杂,和NBO版本关系密切,越靠后期的越靠谱,但是仍有些体系,NBO6给出的NBO轨道分析结果仍很荒唐(该有配位键的地方没体现出来、NBO轨道分布不满足实际点群等)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 20:16:38 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-8-31 20:13
请问老师,隐式溶剂模型下,混合溶剂的关键词应该怎么写,先想使用四氢呋喃和乙醇的混合溶剂作为溶剂体积比 ...

仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2019-9-1 10:45:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-31 20:11
如果你是指计算反应速率常数时候考虑隧道效应,我的计算k的表格、kisthelp、polyrate等都可以考虑,下面 ...

老师好
我想在计算电子能垒的时候考虑隧穿效应

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发表于 Post on 2019-9-1 10:53:19 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我用G09优化结构并计算频率, 关键词是 opt freq放在一起,但是检查结果发现,优化结束后的四个收敛标准都是YES,但是计算频率的收敛标准只有前两个是YES。想问SOb老师这是为什么?再计算频率的时候,结构和初猜都是从chk里面读的,为什么到freq的时候,2个标准就不收敛了?

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发表于 Post on 2019-9-1 11:28:48 | 只看该作者 Only view this author

稳定性

想请问用pbe1pbe优化的结构算出来的能隙,根据这个能隙怎么大致判断是否稳定呢

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发表于 Post on 2019-9-1 18:23:03 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问计算自旋极化单重态时,发现优化完成之后它的<S^2>接近2,只是我看total spin density=0,这是自旋污染造成的吗?我是计算反铁磁性金属配合物,有需要特别处理这样的情形吗?感谢老师回答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-2 00:55:56 | 只看该作者 Only view this author
kc.chen 发表于 2019-9-1 11:28
想请问用pbe1pbe优化的结构算出来的能隙,根据这个能隙怎么大致判断是否稳定呢

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html)。不要就写个“稳定性”(你原来的帖子标题)

有问题先用论坛首页google框搜索。看以下帖子的讨论
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-2 00:57:06 | 只看该作者 Only view this author
bria6677 发表于 2019-9-1 18:23
sob老师,请问计算自旋极化单重态时,发现优化完成之后它的接近2,只是我看total spin density=0,这是自旋 ...


不用做什么特殊考虑,用UKS计算这种体系没有自旋污染结果才是错的(相当于算成了闭壳层)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-2 00:57:29 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2019-9-1 10:53
Sob老师,我用G09优化结构并计算频率, 关键词是 opt freq放在一起,但是检查结果发现,优化结束后的四个收 ...

仔细看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-2 00:57:48 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-1 10:45
老师好
我想在计算电子能垒的时候考虑隧穿效应

能垒和隧道效应完全是两码事,隧道效应不是对电子能垒而言的
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发表于 Post on 2019-9-2 15:04:20 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,寻找一个反应其中某一步的过渡态,如果怎么也找不到就说这步没有过渡态难以令人信服,请问老师,这时用什么方式方法判断这步确实没有过渡态?

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发表于 Post on 2019-9-2 16:33:49 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,对于含有硝基,酰胺键和卤素的有机药物分子,直接采用SCRF来计算溶解自由能,时候恰当。谢谢

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发表于 Post on 2019-9-2 20:52:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-2 00:57

不用做什么特殊考虑,用UKS计算这种体系没有自旋污染结果才是错的(相当于算成了闭壳层)

谢谢老师,再请问一个问题,因为我要计算这类分子的激发态,这样激发态也会受到自旋污染的影响对吧,那么我应该怎么去讨论我的激发态的自旋,可以把< S^2>=2视为是单重态吗?还是说就别讨论这个情况?

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发表于 Post on 2019-9-2 21:22:34 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,各位老师好

遇到一个很尴尬的问题...

用一个体系同五个小分子分别做了羟基化和环氧化两种反应
从反应能垒来看,所有五个小分子都是发生环氧化反应时能垒低,说明化学选择性环氧化优于羟基化
但是,找到一篇文章,作者做了这个体系同三号小分子的反应,最终检测到羟基化产物,没有环氧化产物

现在就很纠结,能不能向老师请教一下呢?或者是有人讨论一下呢?
谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 00:37:49 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-9-2 15:04
请问老师,寻找一个反应其中某一步的过渡态,如果怎么也找不到就说这步没有过渡态难以令人信服,请问老师, ...



自己能做的都做了,就是找不到,就直接在文中这么说就行了。
严格判断有无过渡态需要做高维的势能面扫描,显然这是做不动的(除非极简单体系)
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