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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-8-27 17:04:39 | 只看该作者 Only view this author

gaussian 优化一个小分子的结构

想知道gaussian用PM6优化一个小分子结构时,需要怎么设置参数啊?

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发表于 Post on 2019-8-27 17:21:27 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好,我在算两个互变异构体(a1,a2)的稳定性,在气相下势能和自由能a1比a2高10kcal/mol左右,加了PCM后自由能降低到了5kcal/mol,导师让我看下玻尔兹曼分布占多少 想请问下老师这指的是什么意思 可以在log中直接看到吗?

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发表于 Post on 2019-8-27 17:28:39 | 只看该作者 Only view this author
PM6是半经验,直接用就行了。基组也不要的。

#p PM6  Opt=(CalcFC) Freq

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发表于 Post on 2019-8-27 17:30:29 | 只看该作者 Only view this author
量化小菜鸡 发表于 2019-8-27 17:28
PM6是半经验,直接用就行了。基组也不要的。

#p PM6  Opt=(CalcFC) Freq

好的,非常感谢,我还是个新手,好多不懂。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-27 17:32:14 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2019-8-27 17:21
卢老师您好,我在算两个互变异构体(a1,a2)的稳定性,在气相下势能和自由能a1比a2高10kcal/mol左右,加了PCM ...

根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-27 19:47:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-27 17:32
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165

太感谢sob老师了

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发表于 Post on 2019-8-28 10:36:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 erya123 于 2019-8-28 10:59 编辑

老师,结构优化的时候不是都要通过hessian矩阵(二阶导数矩阵)来判断TS(鞍点)吗?不指定初始力常数,和指定(calcfc,calcall)有什么区别?ccsd优化的时候不指定力常数,提示OPT=TS requires force constants or ModRedundant.

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发表于 Post on 2019-8-28 11:41:02 | 只看该作者 Only view this author

直链烯烃、烷烃自由基的色散作用

老师您好,我想请问一下,我这计算的两个体系的色散作用影响大不大?计算能量是是否要考虑BSSE呢?谢谢老师

C4H71-3+O2_to_C4H6+HO2_TS_M062X.log

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C4H9+O2_TO_C4H8+HO2_TS_M062X_TEST.LOG

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-28 18:01:33 | 只看该作者 Only view this author
XZDZ 发表于 2019-8-28 11:41
老师您好,我想请问一下,我这计算的两个体系的色散作用影响大不大?计算能量是是否要考虑BSSE呢?谢谢老师 ...

不大。不需要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-8-28 18:02:37 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,计算溶解自由能时,先在B3LYP/6-311G** OPT FREQ进行优化并做振动分析,后在# M052X/6-311++g** SCRF(SMD,SOLVENT=2-Propanol)下计算得到单点能减去 M052X/6-311++g**条件下单点能,得到溶解自由能。请问,我选择的方法与基组是否合适,精度能否达到要求,如果把采用该级别计算得到的数据放进文章里,会不会遭到质疑。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-28 18:03:09 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-8-28 10:36
老师,结构优化的时候不是都要通过hessian矩阵(二阶导数矩阵)来判断TS(鞍点)吗?不指定初始力常数,和指 ...

对TS做振动分析不可能不告诉程序Hessian矩阵怎么得到
opt=TS优化过渡态也必须让程序知道Hessian矩阵怎么得到,下文说了

简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-28 23:13:03 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-8-28 18:02
老师您好,计算溶解自由能时,先在B3LYP/6-311G** OPT FREQ进行优化并做振动分析,后在# M052X/6-311++g**  ...

结合SMD算溶解自由能用6-311++g**有害无益,比用6-31G*更贵,结果还不比用6-31G*好,我在下文里明确强调了这点
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337http://bbs.keinsci.com/thread-3571-1-1.html
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发表于 Post on 2019-8-29 11:44:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-28 23:13
结合SMD算溶解自由能用6-311++g**有害无益,比用6-31G*更贵,结果还不比用6-31G*好,我在下文里明确强调 ...

老师您好,我还想问下,想看smd下偶极矩发生什么变化,对比来说明问题,还能选用6-31g*这个基组吗?

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发表于 Post on 2019-8-29 13:08:58 | 只看该作者 Only view this author

NO2的2A1结构构型

求助:NO2的2A1构型用Gaussian怎么计算?

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发表于 Post on 2019-8-29 14:15:41 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问MP2方法本身包含dispersion effects吗?

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