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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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9586#
发表于 Post on 2019-8-29 14:22:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好。审稿人提了个问题,To check the multiconfigurational nature of the clusters,网上有的说是自选多重态,有的说是多组态,sob老师,请问是什么意思呢?

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9587#
发表于 Post on 2019-8-29 14:23:07 | 只看该作者 Only view this author

求助:如何根据电子云密度确定理论构型

求助一下,怎么根据Gaussian计算的电子云密度确定要算的结构构型

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发表于 Post on 2019-8-29 14:58:02 | 只看该作者 Only view this author
啥意思

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9589#
发表于 Post on 2019-8-29 15:59:00 | 只看该作者 Only view this author
老师,我做admp时用的pm6方法跑了20000步,chk文件太大了(500Mb),导致gaussview打不开。然后我想把chk文件转化掉,formchk  admp.chk,发现报错。我修改了环境变量里的export GAUSS_MEMDEF=400000000,依旧会出现Error: segmentation violation,请问这个如何解决呢

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发表于 Post on 2019-8-29 16:54:28 | 只看该作者 Only view this author

linux下怎么下想使用D3怎么自定义参数s6等

是直接在Linux系统中输入export GAUSS_DFTD3_S6=1000000export GAUSS_DFTD3_SR6=3338800
export GAUSS_DFTD3_S8=0
然后再输入gsub等交题就可以吗?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 18:56:52 | 只看该作者 Only view this author
墨离yy 发表于 2019-8-29 16:54
是直接在Linux系统中输入export GAUSS_DFTD3_S6=1000000export GAUSS_DFTD3_SR6=3338800
export GAUSS_DFT ...

仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

不是量化理论的问题不要发帖时选择“量化理论”分类,什么适合这个分类看版头的说明以及过往的此分类的帖子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 18:57:58 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-8-29 15:59
老师,我做admp时用的pm6方法跑了20000步,chk文件太大了(500Mb),导致gaussview打不开。然后我想把chk文 ...

这和GAUSS_MEMDEF无关
打开输出文件而非chk文件,照样能看轨迹
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 18:58:55 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2019-8-29 14:22
老师,您好。审稿人提了个问题,To check the multiconfigurational nature of the clusters,网上有的说是 ...

明显和“自旋多重态”没有关系
这是让你考察多参考特征。可以做比如T1诊断,相关内容搜本论坛就有
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 18:59:11 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-29 14:15
sob老师,请问MP2方法本身包含dispersion effects吗?

MP2可以描述色散作用
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18845562783 发表于 2019-8-29 11:44
老师您好,我还想问下,想看smd下偶极矩发生什么变化,对比来说明问题,还能选用6-31g*这个基组吗?

不能。基组不带弥散函数时偶极矩算得非常不准。建议用def2-SVPD,又小,计算偶极矩精度又可以接受。常用的aug-cc-pVDZ也可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 19:15:28 | 只看该作者 Only view this author
tai 发表于 2019-8-29 14:23
求助一下,怎么根据Gaussian计算的电子云密度确定要算的结构构型

这个问题完全意义不明,没法回复。先有了结构才能算出电子密度分布,搞清楚逻辑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 19:17:07 | 只看该作者 Only view this author
tai 发表于 2019-8-29 13:08
求助:NO2的2A1构型用Gaussian怎么计算?

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),以后发帖时注意。

简单、初级的计算问题发帖时别选“量化理论”,仔细看版头关于分类的说明以及不同分类里过往的帖子。量化理论是专门讨论量子化学相关理论的帖子才适合选的。

# B3LYP/def2TZVP opt就能算
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发表于 Post on 2019-8-29 20:33:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-8-29 20:58 编辑
sobereva 发表于 2019-8-29 18:57
这和GAUSS_MEMDEF无关
打开输出文件而非chk文件,照样能看轨迹

老师,admp的输出文件(.log文件)也很大,用Gaussview打不开。和这个同一个报错信息http://bbs.keinsci.com/thread-1375-1-1.html

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发表于 Post on 2019-8-29 21:32:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-29 18:59
MP2可以描述色散作用

请问sob老师,我用B3LYP-D3/6-311G (d)优化的,现在导师说我选的泛函不好,让我重新选择能考虑色散作用的泛函,建议MP2,那我是直接用MP2/6-311G(d)就可以呢,还是需要用加号,MP2/6-311+G(d)才可以考虑色散。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-30 04:17:03 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-8-29 20:33
老师,admp的输出文件(.log文件)也很大,用Gaussview打不开。和这个同一个报错信息http://bbs.keinsci. ...

拿这个转成pdb格式再看
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126

以后跑轨迹最好加上#T,估计能小得多
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