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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-8-29 15:59:00 | 只看该作者 Only view this author
老师,我做admp时用的pm6方法跑了20000步,chk文件太大了(500Mb),导致gaussview打不开。然后我想把chk文件转化掉,formchk  admp.chk,发现报错。我修改了环境变量里的export GAUSS_MEMDEF=400000000,依旧会出现Error: segmentation violation,请问这个如何解决呢

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发表于 Post on 2019-8-29 16:54:28 | 只看该作者 Only view this author

linux下怎么下想使用D3怎么自定义参数s6等

是直接在Linux系统中输入export GAUSS_DFTD3_S6=1000000export GAUSS_DFTD3_SR6=3338800
export GAUSS_DFTD3_S8=0
然后再输入gsub等交题就可以吗?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 18:56:52 | 只看该作者 Only view this author
墨离yy 发表于 2019-8-29 16:54
是直接在Linux系统中输入export GAUSS_DFTD3_S6=1000000export GAUSS_DFTD3_SR6=3338800
export GAUSS_DFT ...

仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

不是量化理论的问题不要发帖时选择“量化理论”分类,什么适合这个分类看版头的说明以及过往的此分类的帖子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 18:57:58 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-8-29 15:59
老师,我做admp时用的pm6方法跑了20000步,chk文件太大了(500Mb),导致gaussview打不开。然后我想把chk文 ...

这和GAUSS_MEMDEF无关
打开输出文件而非chk文件,照样能看轨迹
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 18:58:55 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2019-8-29 14:22
老师,您好。审稿人提了个问题,To check the multiconfigurational nature of the clusters,网上有的说是 ...

明显和“自旋多重态”没有关系
这是让你考察多参考特征。可以做比如T1诊断,相关内容搜本论坛就有
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 18:59:11 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-29 14:15
sob老师,请问MP2方法本身包含dispersion effects吗?

MP2可以描述色散作用
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18845562783 发表于 2019-8-29 11:44
老师您好,我还想问下,想看smd下偶极矩发生什么变化,对比来说明问题,还能选用6-31g*这个基组吗?

不能。基组不带弥散函数时偶极矩算得非常不准。建议用def2-SVPD,又小,计算偶极矩精度又可以接受。常用的aug-cc-pVDZ也可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 19:15:28 | 只看该作者 Only view this author
tai 发表于 2019-8-29 14:23
求助一下,怎么根据Gaussian计算的电子云密度确定要算的结构构型

这个问题完全意义不明,没法回复。先有了结构才能算出电子密度分布,搞清楚逻辑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-29 19:17:07 | 只看该作者 Only view this author
tai 发表于 2019-8-29 13:08
求助:NO2的2A1构型用Gaussian怎么计算?

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),以后发帖时注意。

简单、初级的计算问题发帖时别选“量化理论”,仔细看版头关于分类的说明以及不同分类里过往的帖子。量化理论是专门讨论量子化学相关理论的帖子才适合选的。

# B3LYP/def2TZVP opt就能算
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发表于 Post on 2019-8-29 20:33:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-8-29 20:58 编辑
sobereva 发表于 2019-8-29 18:57
这和GAUSS_MEMDEF无关
打开输出文件而非chk文件,照样能看轨迹

老师,admp的输出文件(.log文件)也很大,用Gaussview打不开。和这个同一个报错信息http://bbs.keinsci.com/thread-1375-1-1.html

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发表于 Post on 2019-8-29 21:32:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-29 18:59
MP2可以描述色散作用

请问sob老师,我用B3LYP-D3/6-311G (d)优化的,现在导师说我选的泛函不好,让我重新选择能考虑色散作用的泛函,建议MP2,那我是直接用MP2/6-311G(d)就可以呢,还是需要用加号,MP2/6-311+G(d)才可以考虑色散。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-30 04:17:03 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-8-29 20:33
老师,admp的输出文件(.log文件)也很大,用Gaussview打不开。和这个同一个报错信息http://bbs.keinsci. ...

拿这个转成pdb格式再看
将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv
http://sobereva.com/126

以后跑轨迹最好加上#T,估计能小得多
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-30 04:18:27 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-29 21:32
请问sob老师,我用B3LYP-D3/6-311G (d)优化的,现在导师说我选的泛函不好,让我重新选择能考虑色散作用 ...

估计你导师看近10年弱相互作用的文献甚少,听他的你就惨了

除了氢键,B3LYP-D3(BJ)比MP2算弱相互作用精度强多了,还便宜得多(B3LYP-D3(BJ)算氢键也挺不错)。
B3LYP-D3(BJ)已经可以很充分描述色散作用,换成MP2在内行看来完全不可理喻,费力还不讨好。

弥散函数和色散根本没有直接联系。

把下面的文章仔细看了再做计算,别轻易听信非内行的说法。
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

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发表于 Post on 2019-8-30 09:29:21 | 只看该作者 Only view this author

能量极小值构象的频率分析得问题

以前学习时,判断几何优化是否到了最优,是用频率分析时是否有负频率作为判据的。

这次用不同的初始构象优化得到了俩不同的几何结构,都没有负频率,是否可以认为俩都是合理的?

谢谢

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发表于 Post on 2019-8-30 12:59:59 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,请教用gaussian16做DFT几十个原子体系的几何、能量、频率等问题,计算水平b3lyp-D3BJ/6-311G(d,p),有以下几个问题请问老师:
(1)是不是g16默认精度和格点对我的计算水平以及要研究的问题是没太大必要的?
(2)如果没必要,g16是不是是有一个关键词g09default,写上在这个就可以了吧?不影响AVX2的计算速度提升吧?
(3)不用g16默认精度和格点会不会受到审稿人质疑?
(4)这样降低g16默认精度和格点的做法,这方面研究文献是不是很少,不是很流行?

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