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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 00:38:07 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-2 16:33
请问老师,对于含有硝基,酰胺键和卤素的有机药物分子,直接采用SCRF来计算溶解自由能,时候恰当。谢谢

应当用scrf=SMD
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 00:38:46 | 只看该作者 Only view this author
bria6677 发表于 2019-9-2 20:52
谢谢老师,再请问一个问题,因为我要计算这类分子的激发态,这样激发态也会受到自旋污染的影响对吧,那么 ...

不能
<S**2>偏离理想值太厉害的时候就根本别说是什么自旋多重度就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 00:39:53 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-2 21:22
Sob老师好,各位老师好

遇到一个很尴尬的问题...

谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
顺带一提,有的时候有人问,为什么实验明明容易进行,但从他算出来的势垒上看,根据以上标准,似乎并不容易进行。导致和实验对应不上的因素实在太多了,这里随便举几条:(1)计算用的体系的模型和实际不符 (2)该用自由能垒讨论却用了电子能量讨论 (3)计算级别太烂或不适合当前体系 (4)溶剂效应没考虑或考虑不周,诸如有时应当考虑显式溶剂 (5)计算的反应过程和实际反应机理不同 (6)过渡态理论的假设不满足,需要考虑隧道效应或者VTST (7) 实际中有其它物质对反应有催化但是计算时没考虑 (8)计算过程读错数据了、数据弄乱了 (9)数据计算流程不合理,有低级错误。
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发表于 Post on 2019-9-3 06:26:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-3 00:37
自己能做的都做了,就是找不到,就直接在文中这么说就行了。
严格判断有无过渡态需要做高维的势能面 ...

多谢老师,还有两个问题请教,
(1)对于很多文献中用DFT计算研究电化学催化反应,为什么文献中不算过渡态?
(2)对于得质子、失质子、得电子、失电子这一类反应,是不是很多情况下都没有过渡态?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-3 07:52:52 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-9-3 06:26
多谢老师,还有两个问题请教,
(1)对于很多文献中用DFT计算研究电化学催化反应,为什么文献中不算过渡 ...

得电子、失电子这不是体系结构改变的过程,而TS是势能面上的特征,因此这样的过程没有过渡态。

只有随着结构改变,既有能量升高因素也有降低因素才可能有过渡态,得/失质子的过程一般只有其中一个因素主导,因此多数情况没有过渡态(但不是所有这类情况都没有)
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发表于 Post on 2019-9-3 07:53:58 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,关于HOMO and LUMO 是否有相关博文推荐?对于相关知识不是很了解,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-9-3 09:55:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-3 07:52
得电子、失电子这不是体系结构改变的过程,而TS是势能面上的特征,因此这样的过程没有过渡态。

只有随 ...

谢谢老师,那么文献中电催化过程不找过渡态也是这个原因吗?另外请问老师,一个中性结构与其离子的结构应该不相同,两个结构间转化为什么没有过渡态?谢谢!

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发表于 Post on 2019-9-3 14:38:23 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 请问如果在找过渡态的时候TS的 .chk 文件被覆盖掉了 但我想对TS的结构结合Multiwfn进行波函数分析 我是否可以用TS结构在相同级别下算一次单点 用算单点的 .chk文件进行分析

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发表于 Post on 2019-9-3 17:09:57 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我是天然药化专业的,想通过高斯计算ECD,UV等谱图。我计算您在第九届量子化学培训班上的例子茜素的UV和苯丙酸的ECD,第一步几何优化的时候,能量就不对,差了0.3左右,第二步的图谱就差的更远了。我画结构的时候也对称了。请问我可能是是化结构的时候,或者其他的的步骤哪里出了什么问题吗?(化学计算0基础,目标就是学会计算图谱)。求助各位老师,先谢谢啦。

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发表于 Post on 2019-9-3 19:42:17 | 只看该作者 Only view this author
我想问一下老师在做高斯计算的时候怎么设定反应温度,因为要考虑温度对自由能的影响
是直接加关键词 temperature=xK 就可以吗,大气压强还需要加吗

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发表于 Post on 2019-9-4 01:23:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问对于金属与非金属组成的小团簇,如何知道它是否容易聚合呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 01:47:25 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-9-4 01:23
sob老师,请问对于金属与非金属组成的小团簇,如何知道它是否容易聚合呢?

没具体结构不好评论
反正你先把聚合完了的结构优化出来看看
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 01:47:40 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-3 19:42
我想问一下老师在做高斯计算的时候怎么设定反应温度,因为要考虑温度对自由能的影响
是直接加关键词 tempe ...

仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-4 01:48:05 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-9-3 14:38
卢老师 请问如果在找过渡态的时候TS的 .chk 文件被覆盖掉了 但我想对TS的结构结合Multiwfn进行波函数分析  ...

可以
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15866722125 发表于 2019-9-3 17:09
老师您好,我是天然药化专业的,想通过高斯计算ECD,UV等谱图。我计算您在第九届量子化学培训班上的例子茜 ...

如果你是指课上的例子重复不出来,仔细对照培训里提供的文件以及输出,一点点对比总能找出原因。
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