计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

47

帖子

0

威望

124

eV
积分
171

Level 3 能力者

9616#
发表于 Post on 2019-8-30 17:37:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-29 18:59
不能。基组不带弥散函数时偶极矩算得非常不准。建议用def2-SVPD,又小,计算偶极矩精度又可以接受。常用 ...

老师您好,我还想请教下,现想计算溶解度自由能,同时计算偶极矩的大小,方法和基组应该如何选择。两者是同时得出结果还是分别计算?比如用# M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=ethanol),计算溶解度自由能,后在采用def2-SVPD计算偶极矩,还是选择合适的基组同时得出溶解自由能和偶极矩的大小!  谢谢老师

212

帖子

0

威望

948

eV
积分
1160

Level 4 (黑子)

9617#
发表于 Post on 2019-8-30 19:50:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-30 04:18
估计你导师看近10年弱相互作用的文献甚少,听他的你就惨了

除了氢键,B3LYP-D3(BJ)比MP2算弱相互作用 ...

谢谢sob老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

9618#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-30 21:33:21 | 只看该作者 Only view this author
shalene 发表于 2019-8-30 09:29
以前学习时,判断几何优化是否到了最优,是用频率分析时是否有负频率作为判据的。

这次用不同的初始构象 ...

那叫虚频,不叫负频,只不过程序在显示的时候为了方便把虚频用负数表述

说明都是极小点。势能面上有不止一个极小点是司空见惯的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

9619#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-30 21:36:49 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-30 12:59
请问老师,请教用gaussian16做DFT几十个原子体系的几何、能量、频率等问题,计算水平b3lyp-D3BJ/6-311G(d ...

1 是。g16默认的ultrafine足够高了,实际上为了降低耗时,我一般建议用int=fine,对于这个泛函来说fine就足够用了
2 我不建议用g09default,因为我发现用了之后可能影响计算效率(往往会莫名其妙降低并行线程数)。用这个也没什么实际意义。
3 同1。fine就足够了。M06-2X这样的用ultrafine才有意义
4 我觉得你对这点想得太多了。g09默认的fine对于非明尼苏达系列泛函,一般情况下就已经足够了(比起比如ORCA默认的格点质量已经高不少了),g16默认提升到ultrafine在我看来纯粹是开发者不接地气犯傻
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

9620#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-30 21:39:41 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-8-30 17:37
老师您好,我还想请教下,现想计算溶解度自由能,同时计算偶极矩的大小,方法和基组应该如何选择。两者是 ...

分别算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

124

eV
积分
171

Level 3 能力者

9621#
发表于 Post on 2019-8-30 22:14:54 | 只看该作者 Only view this author

老师您好,我重新进行了计算。计算溶解度自由能的关键词为# M052X/6-31g*SCRF(SMD,SOLVENT=Methanol)
计算偶极矩的关键词为# B3LYP/aug-cc-pVDZ SCRF(SMD,SOLVENT=Methanol) 不知道这回选的对不对,麻烦老师指导一下!谢谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

9622#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 00:45:53 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-8-30 22:14
老师您好,我重新进行了计算。计算溶解度自由能的关键词为# M052X/6-31g*SCRF(SMD,SOLVENT=Methanol)
计 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

210

帖子

0

威望

1855

eV
积分
2065

Level 5 (御坂)

9623#
发表于 Post on 2019-8-31 07:13:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 alystone 于 2019-8-31 07:26 编辑

请问sob老师,当时听您的课 NBO不适用于电子离域体系和过渡金属体系好像有两篇文献,我在资料上找不到了。请问您那有IOD吗。谢谢sob老师。

88

帖子

0

威望

549

eV
积分
637

Level 4 (黑子)

9624#
发表于 Post on 2019-8-31 12:02:49 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好
想问一下老师知不知道有什么软件可以在高斯输出结果的基础上加上隧穿效应?

559

帖子

0

威望

6210

eV
积分
6769

Level 6 (一方通行)

9625#
发表于 Post on 2019-8-31 12:11:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-30 21:36
1 是。g16默认的ultrafine足够高了,实际上为了降低耗时,我一般建议用int=fine,对于这个泛函来说fine就 ...

谢谢老师,用g16计算:
(1)对于b3lyp方法计算,建议用int=fine,是不是还建议加上 acc2e=10?
(2)对于b3lyp方法计算,g16还有其它犯傻的默认设置吗?

14

帖子

0

威望

1545

eV
积分
1559

Level 5 (御坂)

9626#
发表于 Post on 2019-8-31 16:16:38 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,在gaussian09W中,输入APFD是不是不能用?APFD主要用在哪些计算中?刚接触计算化学,问的问题比较低级,麻烦各位老师了

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

9627#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 20:10:04 | 只看该作者 Only view this author
元气蛋 发表于 2019-8-31 16:16
请问老师,在gaussian09W中,输入APFD是不是不能用?APFD主要用在哪些计算中?刚接触计算化学,问的问题比 ...

APFD是垃圾泛函,根本没人用,看此文
2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计
http://sobereva.com/420http://bbs.keinsci.com/thread-10100-1-1.html

该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +4 收起 理由
Reason
元气蛋 + 4 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

9628#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 20:11:45 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-8-31 12:02
Sob老师好
想问一下老师知不知道有什么软件可以在高斯输出结果的基础上加上隧穿效应?

如果你是指计算反应速率常数时候考虑隧道效应,我的计算k的表格、kisthelp、polyrate等都可以考虑,下面文中提了
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310http://bbs.keinsci.com/thread-2350-1-1.html
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

9629#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-31 20:12:52 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-31 12:11
谢谢老师,用g16计算:
(1)对于b3lyp方法计算,建议用int=fine,是不是还建议加上 acc2e=10?
(2) ...

1 acc2e=10对结果和耗时影响微乎其微,除非用来精确重现g09的数据,否则没必要特意加
2 没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

124

eV
积分
171

Level 3 能力者

9630#
发表于 Post on 2019-8-31 20:13:19 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,隐式溶剂模型下,混合溶剂的关键词应该怎么写,先想使用四氢呋喃和乙醇的混合溶剂作为溶剂体积比为2/3。手册看了,没看懂!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 05:41 , Processed in 0.305039 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list