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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-23 07:47:34 | 只看该作者 Only view this author
sukey 发表于 2019-9-21 23:04
sob老师,我按您说的做了,卸载了gaussian和gaussview然后把路径换成了D:\computational_chem\G09W    还 ...

没你的输出文件不好判断
把%chk去掉再试,还不行就是你Gaussian装的问题,或者default.rou里诸如-M-设置不合理,或者有其它程序干扰
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-23 07:49:56 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-9-22 10:42
老师,不加calcfc等参数利用CCSD进行结构优化,但是后面计算热力学常数(需要计算频率)的时候,不是还会需 ...

看不懂你的意思
做振动分析显然需要Hessian
对于opt freq,calcfc只是管优化的第一步的,和之后振动分析怎么考虑Hessian毫无关系
对于CCSD,不要把opt和freq弄到一起
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-9-23 09:06:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-20 23:24
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353(http://bbs.keinsci.co ...

谢谢老师回复,我想再问:自旋密度图是针对开壳层体系计算的分子吗?

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发表于 Post on 2019-9-23 10:25:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sukey 于 2019-9-23 10:39 编辑
sobereva 发表于 2019-9-23 07:47
没你的输出文件不好判断
把%chk去掉再试,还不行就是你Gaussian装的问题,或者default.rou里诸如-M-设置 ...

现在的问题就是不会计算,输出文件为空,我看了这三个default文件和同学电脑是一样的,我们使用同一个安装包安装的,可能是我电脑设置的问题吗?请问sob老师,电脑的哪些设置可能会影响gaussian的使用呢?哪些程序可能干扰gaussian的运行?

default.rou文件.png (22.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

default.rou文件.png

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发表于 Post on 2019-9-23 10:35:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-18 18:36
Gaussian跨节点效率不怎么样,除非用的Infinite band,否则根本别考虑跨节点。现在>99.9%的人跑Gaussian ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-9-23 11:12:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-23 07:45
是交换-相关不是交换-相互

数值相差太大,估计是哪里没弄对,否则俩程序算的交换-相关能不可能差这么 ...

我计算环戊二烯的比较。
Gaussian输入文件:
%chk=ben-m062x-Exc.chk
%nprocshared=2
%mem=2GB
#p   m062x/def2tzvp int=ultrafine ExtraLinks=L608

Exc

0 1
C                 -0.73284900    0.98614700    0.00002500
C                 -1.17383900   -0.27869200   -0.00007400
C                  1.17331000   -0.28085200   -0.00002500
C                  0.73467400    0.98477400    0.00004700
H                 -1.34612400    1.87604700    0.00004700
H                  1.34961400    1.87352900   -0.00018600
C                 -0.00111900   -1.21165400    0.00002300
H                 -0.00160300   -1.86833000   -0.87679400
H                 -0.00181800   -1.86806500    0.87702900
H                  2.20253300   -0.60775400   -0.00002100
H                 -2.20366300   -0.60376300   -0.00005200

-55

ORCA输入文件:
! M062x  def2-tzvp  grid6 nofinalgrid nopop
%maxcore 2000
%pal nprocs 2 end
* xyz 0 1
C                 -0.73284900    0.98614700    0.00002500
C                 -1.17383900   -0.27869200   -0.00007400
C                  1.17331000   -0.28085200   -0.00002500
C                  0.73467400    0.98477400    0.00004700
H                 -1.34612400    1.87604700    0.00004700
H                  1.34961400    1.87352900   -0.00018600
C                 -0.00111900   -1.21165400    0.00002300
H                 -0.00160300   -1.86833000   -0.87679400
H                 -0.00181800   -1.86806500    0.87702900
H                  2.20253300   -0.60775400   -0.00002100
H                 -2.20366300   -0.60376300   -0.00005200
*
Gaussian结果:
ENTVJ= -164.788402 Ex=  -28.010981 Ec=   -1.280870 ETotM2e= -428.0421518666  ETot= -194.0802526179
ORCA的结果:
DFT components:
N(Alpha)           :       17.999999744250 electrons
N(Beta)            :       17.999999744250 electrons
N(Total)           :       35.999999488500 electrons
E(XC)              :      -14.142997387143 Eh      
DFET-embed. en.    :        0.000000000000 Eh




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9787#
发表于 Post on 2019-9-23 17:31:36 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,上周刚开始学计算实在是查不出解决方法。电脑上安装了ORCA跟MSMPI,用Gabedit一般算还正常,但并行计算就会报错,环境变量也改了,还是不知道怎么解决。C:\Users\lenovo.lenovo-PC\Desktop

1569230909(1).jpg (6.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

命令符上

命令符上

1569230776(1).jpg (5.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

批处理文件

批处理文件

1569230727(1).jpg (9.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

gabedit上

gabedit上

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发表于 Post on 2019-9-24 10:35:02 | 只看该作者 Only view this author
The wiberg bond indices (WBIs) are calculated using the natural
bond orbital (NBO)  analyses. 文献看到了这个分析,不太明白这里的WBIs和NBO指的是什么,他这个分析,能说明什么问题,请教一下老师,相关的知识看哪些博文

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9789#
发表于 Post on 2019-9-24 13:57:18 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,对于一个新合成出来的有机小分子,没有拿到准确的晶体结构,但通过其他表征,证明该分子是通过A,B之间氮氧间的氢键作用形成,可不可以在GAUSSview中直接画出该结构,对氢键的键长做一个限定,然后对结构进行优化,最后研究优化后的结构

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发表于 Post on 2019-9-24 13:57:24 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好
刚刚算了一个小分子的优化
高斯报错显示这样


是我的初猜有问题么

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发表于 Post on 2019-9-24 23:00:18 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,请问一下,做过渡态搜索的时候文件还没算出hessian矩阵就停止了请问是怎么回事?
以及请教一下, Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.这句话是什么意思,我在做这一系列反应的时候经常会看到这一句话。
谢谢老师了!
文件尾:
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -2858.81622364     A.U. after   19 cycles
            NFock= 19  Conv=0.65D-06     -V/T= 2.0575
DoSCS=F DFT=T ScalE2(SS,OS)=  1.000000  1.000000
Range of M.O.s used for correlation:     1   826
NBasis=   826 NAE=   197 NBE=   197 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=    826 NOA=   197 NOB=   197 NVA=   629 NVB=   629

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.13293978D+02


**** Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is  0.53157977D-01

PrsmSu:  requested number of processors reduced to:   4 ShMem   1 Linda.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   44850 NPrTT=  269296 LenC2=   32864 LenP2D=  100077.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 7 Len=  274
Number of processors reduced to   2 by ecpmxn.
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do    30 centers at a time, making    3 passes.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
End of G2Drv F.D. properties file   721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   788 does not exist.
          IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
          IDoAtm=111111111111111111111111111111111111111
          Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
CalDSu exits because no D1Ps are significant.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  45.
          There are   270 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=6 NUNeed=     0.
    267 vectors produced by pass  0 Test12= 1.24D-13 1.00D-09 XBig12= 3.07D-01 2.39D-01.
AX will form    72 AO Fock derivatives at one time.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 03:22:30 | 只看该作者 Only view this author
343333333 发表于 2019-9-24 23:00
各位老师,请问一下,做过渡态搜索的时候文件还没算出hessian矩阵就停止了请问是怎么回事?
以及请教一下 ...

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子


defaulting to unpruned那个不是报错,不用管
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 03:22:51 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-24 13:57
Sob老师好
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高斯报错显示这样

opt里加上cartesian
老生常谈的问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 03:23:32 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-24 10:35
The wiberg bond indices (WBIs) are calculated using the natural
bond orbital (NBO)  analyses. 文献 ...

没必要用NBO
考察键级用Multiwfn,免费方便易用强大,看:
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
其中也提了Wiberg键级的事
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 03:24:30 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-24 13:57
请问老师,对于一个新合成出来的有机小分子,没有拿到准确的晶体结构,但通过其他表征,证明该分子是通过A, ...

没必要做限制。恰当摆初始结构,只要确实有那个氢键,优化完的结构里形成氢键的原子间距离自然就会较近。做限制等于施加了人为因素,能不这样就不这样
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