计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9811#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-26 03:49:54 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-9-25 14:54
老师,如果不加opt如何让软件知道优化的是过渡态还是中间体呢?

如果是有个驻点的结构,想判断是过渡态还是中间体,应当做振动分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9812#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-26 03:51:49 | 只看该作者 Only view this author
tongjh 发表于 2019-9-25 10:40
老师您好, 我在做小分子限制性优化的过程中遇到了内坐标无法转换为笛卡尔坐标的报错, 应该是3个点在一条直 ...

输入文件是什么坐标和优化用什么坐标毫无直接关系
如果你是利用了内坐标来实现了一些约束、定义被扫描变量之类的,那优化的时候只能在内坐标下做。这种情况出现那种报错就拿最后一帧的结构重新保存个新的输入文件继续跑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

9813#
发表于 Post on 2019-9-26 08:14:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-26 03:47
export OMP_NUM_THREADS=xxx
提交完了自行用nice改

谢谢sob老师 您早点休息

6

帖子

0

威望

107

eV
积分
113

Level 2 能力者

9814#
发表于 Post on 2019-9-26 08:48:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-26 03:51
输入文件是什么坐标和优化用什么坐标毫无直接关系
如果你是利用了内坐标来实现了一些约束、定义被扫描变 ...

好的, 谢谢您的指点!

559

帖子

0

威望

6210

eV
积分
6769

Level 6 (一方通行)

9815#
发表于 Post on 2019-9-26 09:11:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-26 03:48
我不太清楚你说的负载的具体含义,以及是什么样的反应,最好能给个示意图

乙烷、乙烯、乙炔吸附同一个金属原子,考察增加的pi电子是如何对金属反应活性产生影响(比如催化CO氧化),请问老师用什么方法考察?

47

帖子

0

威望

124

eV
积分
171

Level 3 能力者

9816#
发表于 Post on 2019-9-26 11:54:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 18845562783 于 2019-9-26 12:20 编辑
sobereva 发表于 2019-9-25 03:24
没必要做限制。恰当摆初始结构,只要确实有那个氢键,优化完的结构里形成氢键的原子间距离自然就会较近。 ...

老师我还想问下,因为没有拿到准确的单晶结构,而直接研究经GAUSSIAN优化后的结构,这样准确吗?

190

帖子

0

威望

1691

eV
积分
1881

Level 5 (御坂)

9817#
发表于 Post on 2019-9-26 12:31:36 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 我在用团簇模型(5个氨基酸+1个底物)找过渡态的时候效率一直不高 想和您请教一下

我的方法是先对团簇模型进行几何优化 再根据可能的机理去摆初猜 先用xtb和Gaussian联用找过渡态 再用高级别方法验证 我对体系内的αC进行了固定 但每次输出的结果的虚频运动方向都是离我关注的底物区域很远的原子 那我是否可以对团簇模型周围一些原子多进行固定 只放开底物区域附近的原子进行搜索

还有找过渡态之前需要对团簇模型进行几何优化吗 是否优化对过渡态的搜索有什么影响

谢谢老师

219

帖子

0

威望

3678

eV
积分
3897

Level 5 (御坂)

9818#
发表于 Post on 2019-9-26 14:26:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-25 03:27
总能量相差多少?

差不是特别大。
Gaussian: E(RM062X) =  -194.080265650
ORCA:FINAL SINGLE POINT ENERGY      -194.079591236580

ENTVJ= -164.788402 Ex=  -28.010981 Ec=   -1.280870 ETotM2e= -428.042
1518666  ETot= -194.0802526179这里的总能量与SCF Done处的总能量有点差别。这是数值误差的原因?

12

帖子

0

威望

43

eV
积分
55

Level 2 能力者

9819#
发表于 Post on 2019-9-26 14:42:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-25 03:26
default.r1、r2、r3对计算没有丝毫影响,只有Default.Rou才有影响

请问default.rou是一个在哪个位置的什么文件呢?
我在PC中搜索default.rou出现的是这样的

default.png (51.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

default.png

230

帖子

0

威望

790

eV
积分
1020

Level 4 (黑子)

9820#
发表于 Post on 2019-9-26 16:50:58 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,现在在研究Ni和Pd的两种羰基配合物,在这两种配合物里都有金属向羰基进行电子负反馈的作用,想对比下Ni和Pd对羰基负反馈程度的强弱。想咨询下Sob老师可以用什么手段来定量分析下二者负反馈作用的强弱,或者用图片直观展示出二者负反馈作用的不同呢?现在已经使用方法是计算NPA电荷,想请教下老师还有其他的方法推荐吗?谢谢Sob老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9821#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-27 03:05:27 | 只看该作者 Only view this author
sukey 发表于 2019-9-26 14:42
请问default.rou是一个在哪个位置的什么文件呢?
我在PC中搜索default.rou出现的是这样的

仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9822#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-27 03:06:17 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-9-26 16:50
Sob老师好,现在在研究Ni和Pd的两种羰基配合物,在这两种配合物里都有金属向羰基进行电子负反馈的作用,想 ...

用CDA分析
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

NPA电荷跟这个根本没有直接关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9823#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-27 03:08:59 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-9-26 09:11
乙烷、乙烯、乙炔吸附同一个金属原子,考察增加的pi电子是如何对金属反应活性产生影响(比如催化CO氧化) ...

可以算结合上去之后Fe的局部软度、计算分子表面平均局部离子化能、Hirshfeld电荷等跟反应活性有关的量

Multiwfn都可以做,参考
使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)
http://sobereva.com/514http://bbs.keinsci.com/thread-14632-1-1.html
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

概念密度泛函综述和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9824#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-27 03:10:34 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-26 11:54
老师我还想问下,因为没有拿到准确的单晶结构,而直接研究经GAUSSIAN优化后的结构,这样准确吗?

完全看你用的计算级别,以及初始结构合理不合理

单晶结构也不代表就“准确”
晶体环境和气相环境往往结构有明显差异,而且氢原子晶体测不准,重原子也看解析度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9825#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-27 03:12:01 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-9-26 12:31
sob老师 我在用团簇模型(5个氨基酸+1个底物)找过渡态的时候效率一直不高 想和您请教一下

我的方法是先对 ...

可以尝试

是否需要优化看一开始摆得怎么样。如果没把握摆得足够像与TS直接相连的极小点结构,那得先优化一下
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 22:14 , Processed in 0.224846 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list