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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 03:25:34 | 只看该作者 Only view this author
lijiaqi 发表于 2019-9-23 09:06
谢谢老师回复,我想再问:自旋密度图是针对开壳层体系计算的分子吗?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 03:26:16 | 只看该作者 Only view this author
sukey 发表于 2019-9-23 10:25
现在的问题就是不会计算,输出文件为空,我看了这三个default文件和同学电脑是一样的,我们使用同一个安 ...

default.r1、r2、r3对计算没有丝毫影响,只有Default.Rou才有影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 03:27:21 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2019-9-23 11:12
我计算环戊二烯的比较。
Gaussian输入文件:
%chk=ben-m062x-Exc.chk

总能量相差多少?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-25 03:28:42 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2019-9-23 17:31
请问老师,上周刚开始学计算实在是查不出解决方法。电脑上安装了ORCA跟MSMPI,用Gabedit一般算还正常,但并 ...

>前后要有空格
这和gabedit有什么关系
orca怎么做常见任务仔细看
基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938
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发表于 Post on 2019-9-25 10:40:58 | 只看该作者 Only view this author
老师您好, 我在做小分子限制性优化的过程中遇到了内坐标无法转换为笛卡尔坐标的报错, 应该是3个点在一条直线上了. 但是由于我需要限制分子中所有的二面角,  输入文件只能是内坐标的形式. 我想向您请教如果我的输入文件是内坐标的形式, 可以使用opt=cartesian吗? 如果不可以, 有没有其他办法解决优化过程中3点一线的问题呢? 十分感谢!

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发表于 Post on 2019-9-25 14:54:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-23 07:49
看不懂你的意思
做振动分析显然需要Hessian
对于opt freq,calcfc只是管优化的第一步的,和之后振动分 ...

老师,如果不加opt如何让软件知道优化的是过渡态还是中间体呢?

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发表于 Post on 2019-9-25 19:46:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-25 03:22
opt里加上cartesian
老生常谈的问题

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2019-9-25 20:51:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-25 03:28
>前后要有空格
这和gabedit有什么关系
orca怎么做常见任务仔细看

感谢老师的指导,发现是set PATH我改错了,能运行的批处理文件里set PATH="C:\ORCA_DevCenter\orca\x86_exe\release\Orca";%PATH%   是这样的。
我当时自己改成了set PATH="C:\ORCA";%PATH%   
造成了这种困扰,虽然我不是很理解这个path为什么是这样,但是现在已经可以并行了
再次感谢sob老师。

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发表于 Post on 2019-9-25 21:29:25 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,有两个问题想请教一下

1. 请问XTB在哪里调整默认的使用核心数

2. Gaussian在哪里可以选择提交任务的优先级 我看默认是20

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-9-25 21:37:01 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,一个过渡金属负载在碳原子成单键的体系上的反应活性,它不如这个过渡金属负载在碳原子成双键的体系上。想考察双键碳原子体系多出来的pi键如何影响其负载的过渡金属反应活性,请问老师该用什么方法考察呢?谢谢!

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发表于 Post on 2019-9-25 21:37:54 | 只看该作者 Only view this author
文献描述如图,个人理解是采用了MS软件中Forcite and Polymorph Predictor modules ,对分子结构进行了可能的预测。请问老师,有没有其他比较容易上手易学的软件。

1234567.png (125.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

1234567.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-26 03:46:21 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-25 21:37
文献描述如图,个人理解是采用了MS软件中Forcite and Polymorph Predictor modules ,对分子结构进行了可能 ...

这是量化答疑专贴,不是回答分子模拟问题的
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土拔鼠 发表于 2019-9-25 21:29
老师您好,有两个问题想请教一下

1. 请问XTB在哪里调整默认的使用核心数

export OMP_NUM_THREADS=xxx
提交完了自行用nice改
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-26 03:48:06 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-9-25 21:37
请问老师,一个过渡金属负载在碳原子成单键的体系上的反应活性,它不如这个过渡金属负载在碳原子成双键的体 ...

我不太清楚你说的负载的具体含义,以及是什么样的反应,最好能给个示意图
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-26 03:48:57 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2019-9-25 20:51
感谢老师的指导,发现是set PATH我改错了,能运行的批处理文件里set PATH="C:\ORCA_DevCenter\orca\x86_e ...

当前能运行,肯定之前的路径是错的
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