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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-27 03:32:12 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2019-9-23 11:12
我计算环戊二烯的比较。
Gaussian输入文件:
%chk=ben-m062x-Exc.chk

ORCA输出的E(XC)可能没包含HF交换项那部分
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发表于 Post on 2019-9-27 09:20:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-27 03:06
用CDA分析
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

好的好的,谢谢Sob老师解答,我去您的帖子学习一下

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发表于 Post on 2019-9-27 11:32:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-27 03:06
用CDA分析
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

Sob老师好,我再问一个问题,您的回答中说NPA电荷跟我问的问题没有直接关系。然后我在看您CDA的博文中看您写到:“通过原子电荷加和来得到片段在复合物中的净电荷,再与此片段在孤立状态下的净电荷求差值,就直接知道了形成复合物过程中从此片段转移走了多少电子”。我之前做NPA电荷就是做的这个过程,看羰基得到了多少电子,这个是不是也能作为一种描述手段来说明Ni,Pd配合物中羰基受到的负反馈不同?谢谢老师

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发表于 Post on 2019-9-27 16:11:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-27 03:32
ORCA输出的E(XC)可能没包含HF交换项那部分

有可能,以下是ORCA输出结果:
----------------
TOTAL SCF ENERGY
----------------

Total Energy       :         -194.07959124 Eh           -5281.17417 eV

Components:
Nuclear Repulsion  :          157.22319768 Eh            4278.26071 eV
Electronic Energy  :         -351.30278892 Eh           -9559.43488 eV
One Electron Energy:         -571.12444893 Eh          -15541.08635 eV
Two Electron Energy:          219.82166001 Eh            5981.65147 eV

Virial components:
Potential Energy   :         -387.18147735 Eh          -10535.74363 eV
Kinetic Energy     :          193.10188611 Eh            5254.56946 eV
Virial Ratio       :            2.00506316


DFT components:
N(Alpha)           :       17.999999744250 electrons
N(Beta)            :       17.999999744250 electrons
N(Total)           :       35.999999488500 electrons
E(XC)              :      -14.142997387143 Eh      
DFET-embed. en.    :        0.000000000000 Eh      

初始猜想部分的Exc和Gaussian中的结果比较接近。
------------------------------
INITIAL GUESS: MODEL POTENTIAL
------------------------------
Loading Hartree-Fock densities                     ... done
Calculating cut-offs                               ... done
Setting up the integral package                    ... done
Initializing the effective Hamiltonian             ... done
Starting the Coulomb interaction                   ... done (   0.0 sec)
Reading the grid                                   ... done
Mapping shells                                     ... done
Starting the XC term evaluation                    ... done (   1.4 sec)
  promolecular density results
     # of electrons  =     35.997058827
     EX              =    -27.322230382
     EC              =     -1.169082986
     EX+EC           =    -28.491313368
Transforming the Hamiltonian                       ... done (   0.0 sec)
Diagonalizing the Hamiltonian                      ... done (   0.0 sec)
Back transforming the eigenvectors                 ... done (   0.0 sec)
Now organizing SCF variables                       ... done
                      ------------------

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-28 03:27:56 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-9-27 11:32
Sob老师好,我再问一个问题,您的回答中说NPA电荷跟我问的问题没有直接关系。然后我在看您CDA的博文中看 ...

NPA电荷告诉你的是净转移量,没法区分供给-反馈二者各自的效果
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发表于 Post on 2019-9-28 08:51:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-28 03:27
NPA电荷告诉你的是净转移量,没法区分供给-反馈二者各自的效果

喔喔喔,是这样的,之前我考虑的不太周全,谢谢Sob老师解答

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发表于 Post on 2019-9-28 17:04:47 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好

我想问一下为什么我的体系算出来的log文件会这样...

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发表于 Post on 2019-9-28 18:59:52 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如何绘制分子静电势图

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-29 02:35:51 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-28 18:59
请问老师,如何绘制分子静电势图

看里头我写的和静电势绘制有关的博文
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-29 02:36:46 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-28 17:04
Sob老师好

我想问一下为什么我的体系算出来的log文件会这样...

不好说。当前是以16进制模式显示,你把十六进制显示模式关了就行了
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发表于 Post on 2019-9-29 16:50:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 18845562783 于 2019-9-29 17:25 编辑

“使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图”,读了此篇博文,后按照教程进行了设置,但启动VMD后出现无法读取的错误,不知道错在哪里,反复试了几次都不行,请老师指教一下,谢谢,我又尝试了一下,发现生成的文件没有在VMD目录下,而是在Multiwfn的目录下,需要手动把文件复制到VMD目录下才不会出错,不知道势哪里设置出了错误,然后运行ESPiso.bat,的结果如图,不知道该怎么解决,请老师指点!

12344444.png (65.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

12344444.png

qqqqq.png (236.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

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发表于 Post on 2019-9-29 18:12:58 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近看您的CDA博文,尝试算了个NaCl的CDA,把Na+设为了片段1,Cl-设为了片段二。用的计算级别是B3LYP/6-31G*,最后得到的结果如下图所示。感觉结果上来看,似乎还是Cl向Na转移了电子,和直觉认知相反呀。想问您一下这是什么原因导致的呢?


还有一个问题想问您,就是做CDA溶剂效应会有影响吗,如果用在复合物和片段的计算中都用上SMD的隐式溶剂模型会对计算结果产生影响吗?谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2019-9-29 20:27:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-29 02:36
不好说。当前是以16进制模式显示,你把十六进制显示模式关了就行了

好的,知道了,谢谢Sob老师

祝您生活愉快

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发表于 Post on 2019-9-30 01:01:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 请问XTB计算单点能的时候 输出的电荷文件里是什么电荷啊

还有想请教一下 XTB默认是用GFN-xTB的哪一个理论版本

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发表于 Post on 2019-9-30 15:36:07 | 只看该作者 Only view this author
一有机小分子的20余个不同构象,在几何优化后以M06-2X-D3/def2-TZVP/SMD计算单点能,相对能量合理;但用ORCA以RI-PWP95-D3 def2-TZVPP SMD计算,结果其中2个构象的相对能量明显不合理,比用M06-2X计算的相对能量高约13kcal/mol。请问此情况是什么原因造成?

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