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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-1 07:44:43 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-9-30 01:01
sob老师 请问XTB计算单点能的时候 输出的电荷文件里是什么电荷啊

还有想请教一下 XTB默认是用GFN-xTB的 ...

最新版本默认用GFN2-xTB,一看输出文件就知道
xtb可以算不同的电荷,默认的我记得应该是Mulliken,输出文件里肯定会有提示
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-1 07:47:30 | 只看该作者 Only view this author
wxy 发表于 2019-9-30 15:36
一有机小分子的20余个不同构象,在几何优化后以M06-2X-D3/def2-TZVP/SMD计算单点能,相对能量合理;但用OR ...

何以判断M06-2X-D3的更有合理性?
多数情况PWPB95-D3的更合理。如果还有怀疑,可以再和其它双杂化比如B2PLYP-D3(BJ)、DSD-PBEP86-D3(BJ)对比对比。
当然,最可靠的还是DLPNO-CCSD(T),算有机小分子毫无压力
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-1 07:49:22 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-9-29 18:12
Sob老师好,最近看您的CDA博文,尝试算了个NaCl的CDA,把Na+设为了片段1,Cl-设为了片段二。用的计算级别是 ...

波函数分析问题请发到专门的板块,1L说了有专门的答疑专贴

Cl-肯定会向Na+转移电子,毕竟实际NaCl里Na的净电荷没有+1那么多

有影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-1 07:50:36 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-29 16:50
“使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图”,读了此篇博文,后按照教程进 ...

肯定是VMD路径没设对。要么是你的bat文件里VMD路径两头没有双引号(你的路径有空格,双引号扩住是必须的)

改了之后如果直接用作图脚本还是这个样子,把GLSL关了。

这类波函数分析问题请发到本帖1L提到的波函数分析答疑专贴里

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发表于 Post on 2019-10-1 09:13:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-1 07:49
波函数分析问题请发到专门的板块,1L说了有专门的答疑专贴

Cl-肯定会向Na+转移电子,毕竟实际NaCl里Na ...

好的了解了,谢谢Sob老师解答

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发表于 Post on 2019-10-1 14:09:58 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,计算硼团簇和过渡金属复合体系的能量、结构、振动频率,有几个问题请教。
(1)是不是不能用B3LYP-D3BJ方法?
(2)如果不能用,那么哪几种推荐泛函呢?
(3)wb97xd和m06-2x可以吗?

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发表于 Post on 2019-10-1 17:11:21 | 只看该作者 Only view this author
请教一下老师,虚原子可以设置为scan的终点吗?也就是虚原子可以放在文件里面作为计算的一部分但是结果不受影响吗?

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发表于 Post on 2019-10-1 19:28:11 | 只看该作者 Only view this author
老师在sobMECP博文中说:搜索自旋多重度相同的态之间的MECP,如果能量分裂较大用TDDFT等单参考态方法也凑合。这个用sobMECP正常算就好了吧。有没有文献用单参考算出来的先例?
恍惚月余,深谙人与人之间的差距。以后还应努力学习,才能与强者比肩。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-3 03:16:52 | 只看该作者 Only view this author
ABetaCarw 发表于 2019-10-1 19:28
老师在sobMECP博文中说:搜索自旋多重度相同的态之间的MECP,如果能量分裂较大用TDDFT等单参考态方法也凑合 ...


手头一时不好找
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-3 03:17:27 | 只看该作者 Only view this author
343333333 发表于 2019-10-1 17:11
请教一下老师,虚原子可以设置为scan的终点吗?也就是虚原子可以放在文件里面作为计算的一部分但是结果不受 ...

虚原子可以出现在scan任务里,但是scan过程不能以虚原子作为参考来设置被扫描的变量
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dingniu2 发表于 2019-10-1 14:09
请问老师,计算硼团簇和过渡金属复合体系的能量、结构、振动频率,有几个问题请教。
(1)是不是不能用B3L ...

1 并非不能用,只不过表现平庸
2 建议你用PBE0-D3(BJ)、TPSSh-D3(BJ),较大概率比B3LYP-D3(BJ)对这种情况表现更好
3 不建议用,尤其是后者
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发表于 Post on 2019-10-3 09:30:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-3 03:19
1 并非不能用,只不过表现平庸
2 建议你用PBE0-D3(BJ)、TPSSh-D3(BJ),较大概率比B3LYP-D3(BJ)对这种情 ...

谢谢老师,还有几个问题请教。
1.PBE0读能量也是输出文件末尾的HF=后面的值?
2.PBE0以前没用过,这个泛函有什么禁忌,例如什么情况绝对不能用?
3.PBE0虽然适合算硼团簇,但会不会不适合其中掺杂的金属?毕竟PBE0不像B3LYP那样普适性强。

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发表于 Post on 2019-10-4 02:31:09 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 我在使用xtb与Gaussian联用找过渡态的时候遇到了一点问题

过渡态搜索正常结束了 在进行振动频率分析的时候 按照例子里的 Freq.gjf 里的输入文件进行的 也正常结束了 但在使用GaussView打开的时候显示报错 “666行数据提取错误” 我打开 .out 文件666行进行检查 发现如图所示 我在第一步找过渡态的时候进行固定的几个原子的坐标都不见了

请问老师 这种情况我该如何处理

谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-4 04:47:49 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-10-3 09:30
谢谢老师,还有几个问题请教。
1.PBE0读能量也是输出文件末尾的HF=后面的值?
2.PBE0以前没用过,这个 ...

1 是。看
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html

2 整体比较均衡。只要不是杂换泛函绝对不能用的情况,诸如过渡金属之间形成多重键体系,以及低HF成份泛函表现都很差的情况,如计算里德堡、显著电荷转移激发,基本都能用

3 PBE0-D3(BJ)在一些算过渡金属+主族体系的文章里,比如Grimme的MOR41测试集文章里(DOI: 10.1021/acs.jctc.7b01183),不仅表现不差,反倒表现极好,远比B3LYP强
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-4 04:50:08 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-4 02:31
sob老师 我在使用xtb与Gaussian联用找过渡态的时候遇到了一点问题

过渡态搜索正常结束了 在进行振动频率 ...

看来这种联用不兼容这种固定原子的情况,只能手动补那些行了。或者试试用gview打开chk文件,看看到时候能否正常看频率
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