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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-12 16:48:17 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-10-12 12:13
好的,谢谢老师回复。比如是过渡金属体系,应该是用M06L/6-31g**这个级别就可以了是吧?之前做了几个测试 ...

用6-311+G*
没事甭给氢加弥散,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

算NICS根本不需要给氢加极化,什么时候该加看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-10-12 16:52:01 | 只看该作者 Only view this author
sob老师 请问在Gaussian和xtb联用的时候出现这个warning 应该如何解决啊

谢谢老师

QQ截图20191012165110.png (15.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

QQ截图20191012165110.png

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发表于 Post on 2019-10-12 17:21:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-12 16:48
用6-311+G*
没事甭给氢加弥散,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组

好的,谢谢老师回复,我去学习一下

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发表于 Post on 2019-10-12 17:38:18 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师

sob老师,我主要是用DFT对丙氨酸果糖等进行键解离能分析,用6-311++G基组可以吗

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发表于 Post on 2019-10-13 00:37:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 土拔鼠 于 2019-10-13 00:41 编辑

sob老师您好 我还有一个问题想请教

我的Gaussian 09D 在进行几何优化并计算振动频率的时候 会没有任何报错的断掉 out文件没有报错信息 由于太大所以我只截了图 图是最后几行的

我根据论坛里的帖子 检查了一下 内存分配了60G 实际内存是128G 硬空间也是足够的

我的关键词是
#p opt=(calcfc,loose,gdiis) freq b3lyp/6-31g(d) scrf=smd em=gd3bj

第一次是优化进行了九次循环 我把最后的结构作为初始结构 用同样的关键词进行续跑

第二次遇到了同样的问题 在第八次循环断掉了

请问老师 一般这种情况会是什么原因

谢谢老师

out文件最后几行.png (105.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

out文件最后几行.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-13 14:03:14 | 只看该作者 Only view this author
Passerby1121 发表于 2019-10-12 17:38
谢谢sob老师

sob老师,我主要是用DFT对丙氨酸果糖等进行键解离能分析,用6-311++G基组可以吗

没事别乱加弥散函数。极化函数都没有完全是在搞笑

反复阅读
谈谈量子化学中基组的选择
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-13 14:03:58 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-13 00:37
sob老师您好 我还有一个问题想请教

我的Gaussian 09D 在进行几何优化并计算振动频率的时候 会没有任何报 ...

和软件环境兼容性有问题
换个版本再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-13 14:04:15 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-12 16:52
sob老师 请问在Gaussian和xtb联用的时候出现这个warning 应该如何解决啊

谢谢老师

不用管
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-10-13 14:27:38 | 只看该作者 Only view this author
想请教一下,gview中提供的“place fragment at centroid of selected atoms”功能,如果对一个不规则几何体使用会怎么样呢。手册里没有写明这个“中心”是怎么定义的,自己试了一下不是质心。。。非常疑惑。

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发表于 Post on 2019-10-14 10:10:39 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问优化构型和找过渡态的顺序是什么呢 ?我刚接触这个有点困惑
(老师的给的方向是electrics上加CO2,再加上氢气还原)
#p opt freq m062x/6-311+g(d,p)
#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq 6-311+g(d,p) m062x(找过渡态不也是在优化结构吗?)

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发表于 Post on 2019-10-14 11:11:55 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,计算NICS的时候可以用计算氢NMR时候用的B97-2/pcSseg-1或者B97-2/pcS-1么,之前看sob老师用的B3LYP/6-31+G*,谢谢!

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发表于 Post on 2019-10-14 16:33:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-13 14:03
没事别乱加弥散函数。极化函数都没有完全是在搞笑

反复阅读

谢谢sob老师
   

     sob老师    我将丙氨酸优化后得到的优化结构以.chk文件在GV中打开,但是不能直接用calculate计算单点能,只能打开优化之前的模型进行计算,我是不是需要在高斯中手动输入坐标来计算单点能?如果是,优化后的坐标从哪里得到,是优化输出文件的最后一组坐标数据吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-14 18:55:56 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-10-14 11:11
请问各位老师,计算NICS的时候可以用计算氢NMR时候用的B97-2/pcSseg-1或者B97-2/pcS-1么,之前看sob老师用 ...

不适合
被计算的位置离原子核远,就算不带弥散函数,也至少应当是3-zeta级别的基组
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-14 18:57:08 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2019-10-14 10:10
老师您好,请问优化构型和找过渡态的顺序是什么呢 ?我刚接触这个有点困惑
(老师的给的方向是electric ...

找过渡态=优化过渡态

先优化极小点还是优化过渡态无所谓,通常来说对当前体系哪个容易找就先找哪个
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-14 18:58:13 | 只看该作者 Only view this author
mamie 发表于 2019-10-13 14:27
想请教一下,gview中提供的“place fragment at centroid of selected atoms”功能,如果对一个不规则几何 ...

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