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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-18 22:36:29 | 只看该作者 Only view this author
GOmathchem 发表于 2019-10-18 08:02
我按照某篇文献,用Midix算碘的opt和freq,又自己用lanl2tz再算一遍,发现2种结果差别特别大,就想用精度 ...

Midix算碘纯粹是搞笑,这种文章能发出去说明审稿人要么根本没看稿子,要么根本没有基本计算化学常识
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发表于 Post on 2019-10-18 22:42:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-18 22:36
Midix算碘纯粹是搞笑,这种文章能发出去说明审稿人要么根本没看稿子,要么根本没有基本计算化学常识

老师想请教一下,
我混合基组碘输入cc-pVQZ-PP报错说A syntax error was detected in the input line.我把-pp去掉后正常但肯定计算量太大算不动,不知道问题出在哪里?
-PP是什么意思呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-19 08:30:41 | 只看该作者 Only view this author
GOmathchem 发表于 2019-10-17 08:49
老师您好,
Gaussian计算,使用CCSD/aug-cc-pvqz方法时总报错,报的是Input文件里有格式错误,自己调试后 ...

aug-cc-pvqz 对I根本就没有定义
以你的计算条件,拿CCSD在这个级别做opt freq根本别指望,没戏
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发表于 Post on 2019-10-19 09:34:41 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,
我找到一个过渡态,但是在做IRC过程中一个方向一直502不收敛,趋势正确,我拿最后面几个点优化也得不到中间体。(这个中间体确实不好收敛,优化时也出现了很多问题)
我想请问 我能在做IRC时加 SCF=QC吗??看趋势加了关键词好像就没问题了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-19 09:50:55 | 只看该作者 Only view this author
薛定谔的猫- 发表于 2019-10-19 09:34
老师你好,
我找到一个过渡态,但是在做IRC过程中一个方向一直502不收敛,趋势正确,我拿最后面几个点优化 ...

用qc风险很大
把IRC的forward和reverse分别跑,都guess=read读取找过渡态得到的chk文件,并且IRC用较小步长,一般都不会遇到SCF不收敛的情况
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发表于 Post on 2019-10-19 10:21:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-19 09:50
用qc风险很大
把IRC的forward和reverse分别跑,都guess=read读取找过渡态得到的chk文件,并且IRC用较小 ...

老师,那我加stable=opt也还是不行嘛,因为之前已经尝试过缩小步长了,效果不佳

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-19 10:31:43 | 只看该作者 Only view this author
薛定谔的猫- 发表于 2019-10-19 10:21
老师,那我加stable=opt也还是不行嘛,因为之前已经尝试过缩小步长了,效果不佳

根本就没直接关系。搞清楚原理
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发表于 Post on 2019-10-20 13:03:47 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我要计算药物分子与不同溶剂间氢键的键能,可以使用SMD溶剂模型吗?应如何计算得到氢键键能的大小?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-20 19:41:10 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-10-20 13:03
请问老师,我要计算药物分子与不同溶剂间氢键的键能,可以使用SMD溶剂模型吗?应如何计算得到氢键键能的大 ...

整体和单体能量和求差
可以用隐式溶剂模型表现外环境
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发表于 Post on 2019-10-20 21:20:58 | 只看该作者 Only view this author

高斯没有正常结束,大家帮忙看看

本帖最后由 wzy 于 2019-10-20 21:23 编辑

关键词:B3LYP/6-31G(d,p) opt=gdiis freq EmpiricalDispersion=GD3BJ

Cycle   4  Pass 1  IDiag  1: RMSU=  3.50D-05    CP:  1.00D+00
E= -4212.67102372943     Delta-E=       -0.000017183822 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 5.88D-05 at cycle   2 NSaved=   2.
NSaved= 2 IEnMin= 2 EnMin= -4212.67102372943     IErMin= 2 ErrMin= 5.88D-05
ErrMax= 5.88D-05  0.00D+00 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 1.97D-05 BMatP= 3.78D-05
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Coeff-Com:  0.380D+00 0.620D+00
Coeff:      0.380D+00 0.620D+00
Gap=     0.266 Goal=   None    Shift=    0.000
RMSDP=5.97D-06 MaxDP=1.19D-03 DE=-1.72D-05 OVMax= 1.02D-03

Cycle   5  Pass 1  IDiag  1:
RMSU=  5.94D-06    CP:  1.00D+00  9.89D-01

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发表于 Post on 2019-10-20 21:31:13 | 只看该作者 Only view this author
各位大佬,我最近才接触到高斯,用高斯计算过激发能,现在想请问下能用高斯判断两个分子之间有无氢键形成吗?
如果能,那还是先通过M062X/6-311G**结构优化后再怎样计算呢?计算出来又是通过什么(比如键长,能量)判别吗?

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发表于 Post on 2019-10-20 22:08:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 DoorBell 于 2019-10-20 22:09 编辑

这完全没有出错的信息啊,似乎应该把输出文件往后翻一下看看?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 00:18:51 | 只看该作者 Only view this author
wzy 发表于 2019-10-20 21:20
关键词:B3LYP/6-31G(d,p) opt=gdiis freq EmpiricalDispersion=GD3BJ

Cycle   4  Pass 1  IDiag  1: RM ...

求助帖别发到“公社大厅”,看清楚板块再发贴,给你移动了

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 00:20:08 | 只看该作者 Only view this author
wwwjjj 发表于 2019-10-20 21:31
各位大佬,我最近才接触到高斯,用高斯计算过激发能,现在想请问下能用高斯判断两个分子之间有无氢键形成吗 ...

Multiwfn里有一大把判断弱相互作用存在性、出现区域和类型的方法,仔细看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

此视频演示的做法在分析弱相互作用上如今极其流行:
使用Multiwfn做NCI分析展现分子内和分子间弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av71561024

虽说通过优化后的结构的键长键角也能一定程度上判断氢键存在性,但是比较low,而且局限性大(诸如用于pi氢键不便)。用Multiwfn做NCI分析严格而且直观,还非常方便。对于Gaussian用户,通常用fch作为输入文件就可以。
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发表于 Post on 2019-10-21 11:30:50 | 只看该作者 Only view this author

请问:带赝势基组的过渡态怎么算?

算一个体系,里面有重原子(一个是Mo,另外一个是Fe),需要用的SDD。但是如果加到赝势基组里面去,如何计算过渡态呢?因为不确定带赝势基组能否计算过渡态?

谢谢!

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