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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-10-11 10:12:51 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好,最近做NICS的计算,有两个问题想向您请教一下。第一个问题就是我们平时做计算的时候一般是用B3LYP加上小基组做结构优化,然后用M06L加上大基组再做个能量的单点计算。这种情况下做NICS时选用的方法基组最好是结构优化的方法基组还是单点计算的方法基组呢?第二个问题就是做NICS时是否需要用scrf关键词考虑溶剂作用呢,不知道是考虑上溶剂作用更好还是不考虑溶剂作用更好呢?谢谢Sob老师。

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发表于 Post on 2019-10-11 13:09:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-10 22:04
把%chk删了
或者把之前已有的24DCP.chk删了再试

嗯嗯好的,谢谢sob老师!!!

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发表于 Post on 2019-10-11 14:23:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈小北 于 2019-10-11 14:26 编辑
sobereva 发表于 2019-10-10 09:15
仔细看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278(http: ...

老师好

我按照您推荐的帖子里面说的改了关键词,用了opt=recalc=3和opt=calcall
算完之后只优化了两个构型出来,我发现我找不到代表freq的"YES"了,我只能找到代表构型的"YES"
是我找错了吗

这是原来找的

这是现在的




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发表于 Post on 2019-10-11 14:56:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-10 22:04
把%chk删了
或者把之前已有的24DCP.chk删了再试

sob老师我试了删去%chk,只保留=24DCP.chk,后面是可以进行计算的但是就不会生成chk文件了。

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发表于 Post on 2019-10-11 17:18:55 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好 请问用簇模型计算蛋白体系的过渡态及各个状态下的自由能后

1. 我该如何去证明我的路径是可靠的?

2. 比如走了和报道机理不同的路径 但产物是一样的 并且我的自由能垒略低 我是否可以计算反应速率常数看是否与实验符合并说明我选的路径能垒更低来说明我的路径更可靠?

3. 或者有什么其他的方法吗?

谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-11 20:53:27 | 只看该作者 Only view this author
XYfool 发表于 2019-10-11 14:56
sob老师我试了删去%chk,只保留=24DCP.chk,后面是可以进行计算的但是就不会生成chk文件了。

8成是你之前有残留的24DCP.chk所致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-11 20:53:50 | 只看该作者 Only view this author
王春雨 发表于 2019-10-10 22:18
运行产生的rwf文件会有200多G吗?

500GB都不新鲜
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-11 20:55:25 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-10-11 10:12
Sob老师好,最近做NICS的计算,有两个问题想向您请教一下。第一个问题就是我们平时做计算的时候一般是用B3L ...

你所说的一般做法首先就莫名其妙。如果是含过渡金属体系,根本优化就不应该用B3LYP,而是BP86-D3(BJ)之类,看下文。而且M06L算单点并不比我在下文里说的那些适合算配合物的方法好,切换泛函显得莫名其妙
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html


如果本来算的就不是含有过渡金属的体系,用M06L是糟糕透顶的。

体系实际如果在溶剂中,就考虑溶剂模型。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-11 20:57:47 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-11 17:18
sob老师您好 请问用簇模型计算蛋白体系的过渡态及各个状态下的自由能后

1. 我该如何去证明我的路径是可 ...

1 跑IRC。至少看虚频模式

2 可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-11 20:59:24 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-10-11 14:23
老师好

我按照您推荐的帖子里面说的改了关键词,用了opt=recalc=3和opt=calcall

用了calcall就毫无必要再用recalc
用了calcall,四个YES,就完事了,皆大欢喜了
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发表于 Post on 2019-10-12 09:35:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-11 20:55
你所说的一般做法首先就莫名其妙。如果是含过渡金属体系,根本优化就不应该用B3LYP,而是BP86-D3(BJ)之类 ...

谢谢Sob老师回复。想再问一下老师,做NICS在基组选择上是和优化的基组一致比较好还是和单点计算的一致比较好呢?谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-12 11:15:28 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2019-10-12 09:35
谢谢Sob老师回复。想再问一下老师,做NICS在基组选择上是和优化的基组一致比较好还是和单点计算的一致比 ...

完全看哪个级别足够定性正确描述NICS
诸如你用半经验优化,显然不可能拿它算NICS
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发表于 Post on 2019-10-12 12:13:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-12 11:15
完全看哪个级别足够定性正确描述NICS
诸如你用半经验优化,显然不可能拿它算NICS

好的,谢谢老师回复。比如是过渡金属体系,应该是用M06L/6-31g**这个级别就可以了是吧?之前做了几个测试用M06L/6-31g**和6-311++g**比较,感觉差别挺小的,就差零点几。

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发表于 Post on 2019-10-12 15:48:19 | 只看该作者 Only view this author

键解离能计算

这是我用高斯opt freq计算得到的
Zero-point correction=                           0.048018 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                    0.052191
Thermal correction to Enthalpy=                  0.053135
Thermal correction to Gibbs Free Energy=         0.021205
Sum of electronic and zero-point Energies=           -228.294599
Sum of electronic and thermal Energies=              -228.290427
Sum of electronic and thermal Enthalpies=            -228.289482
Sum of electronic and thermal Free Energies=         -228.321412

现在我想计算键解离能(BDE),不知道应该用哪个数值

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-12 16:46:51 | 只看该作者 Only view this author
Passerby1121 发表于 2019-10-12 15:48
这是我用高斯opt freq计算得到的
Zero-point correction=                           0.048018 (Hartree/P ...

用焓求差来计算


以后发帖时注意置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示的,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
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