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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-14 19:05:14 | 只看该作者 Only view this author

gview打开优化后的输出文件,保存成新的gjf文件,自己写关键词算单点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-10-14 21:47:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-14 18:55
不适合
被计算的位置离原子核远,就算不带弥散函数,也至少应当是3-zeta级别的基组

我知道了,谢谢Sob老师!那Def2-SVPD或者ma-SVP这样可以了吧,比起3-zeta这里性价比更高?请问泛函什么好呢?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-15 01:10:44 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-10-14 21:47
我知道了,谢谢Sob老师!那Def2-SVPD或者ma-SVP这样可以了吧,比起3-zeta这里性价比更高?请问泛函什么好 ...

并不能说性价比更高,因为弥散函数导致积分屏蔽算法无法充分发挥效果
ma-SVP可以用
算NICS用的泛函的选择没有特殊性,和平时一样,参考
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
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发表于 Post on 2019-10-15 10:57:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-15 01:10
并不能说性价比更高,因为弥散函数导致积分屏蔽算法无法充分发挥效果
ma-SVP可以用
算NICS用的泛函的选 ...

了解了,谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2019-10-15 11:07:56 | 只看该作者 Only view this author
老师,我计算分子筛催化氧化苯并噻吩的过渡态,在基组Co用SDD基组P H O C S原子用3-21g基组,找到了过渡态,然后加上溶剂模型,在用Co用SDD基组P H O C S原子用6-31g(d)基组计算会不会发生小基组有过渡态,在大基组过渡态消失的现象?

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发表于 Post on 2019-10-15 14:59:58 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我在windows下编译gcp后执行时候报错,输出版权信息后报错Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.然后就是Backtrace for this error:一大串ffff。编译用的gfortran,加了编译参数-ffree-line-length-none防止报错。编译时候只有Warning,好像是write的格式要把$放在最后。
看了您的几篇博文里没有编译好的文件,请问可以麻烦您帮忙编译一份传上来么,十分感谢您!

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发表于 Post on 2019-10-15 20:49:01 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我要在ORCA里算开壳的500个原子的肽链的opt+frep,应该选用哪种方法跟基组是最省时的?

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发表于 Post on 2019-10-15 20:57:41 | 只看该作者 Only view this author
请问高斯频率计算之后想要做像文献里那样的normal mode vibration分析的图是怎样做出来的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-16 00:10:45 | 只看该作者 Only view this author
hamtaro 发表于 2019-10-15 20:57
请问高斯频率计算之后想要做像文献里那样的normal mode vibration分析的图是怎样做出来的?

            ...

你没有传图
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-16 00:11:21 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2019-10-15 20:49
请问老师,我要在ORCA里算开壳的500个原子的肽链的opt+frep,应该选用哪种方法跟基组是最省时的?

DFT范畴,就用B97-3c,但是优化做得动,频率够呛
必须得500个原子,没法再简化的话,建议用xtb
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-16 00:12:13 | 只看该作者 Only view this author
zxxzyxy 发表于 2019-10-15 11:07
老师,我计算分子筛催化氧化苯并噻吩的过渡态,在基组Co用SDD基组P H O C S原子用3-21g基组,找到了过渡态 ...

不排除这种可能性
毕竟3-21G太烂了,特别是对于杂原子都没有极化,可能产生定性程度的影响
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snljty 发表于 2019-10-15 14:59
请问sob老师,我在windows下编译gcp后执行时候报错,输出版权信息后报错Program received signal SIGSEGV:  ...

开个虚拟机,用linux的
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发表于 Post on 2019-10-16 09:43:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-16 00:15
开个虚拟机,用linux的

感谢sob老师!

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发表于 Post on 2019-10-16 14:35:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-16 00:11
DFT范畴,就用B97-3c,但是优化做得动,频率够呛
必须得500个原子,没法再简化的话,建议用xtb

感谢sob老师,我去试试

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发表于 Post on 2019-10-17 08:49:51 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,
Gaussian计算,使用CCSD/aug-cc-pvqz方法时总报错,报的是Input文件里有格式错误,自己调试后没有解决。想请教老师是哪里出了问题。

%chk=F:\C6H4I2\2019_10_17\oC6H4I2.chk
%mem=4000MB
#p CCSD/aug-cc-pvqz opt freq
Title Card Required
0 1
C                 -1.43181824    0.00000000    0.00000000
C                 -0.03665824    0.00000000    0.00000000
C                  0.66087976    1.20775100    0.00000000
C                 -0.03677424    2.41626000   -0.00119900
C                 -1.43159924    2.41618200   -0.00167800
C                 -2.12920024    1.20797600   -0.00068200
H                 -1.98157724   -0.95231700    0.00045000
H                  0.51342576    3.36840300   -0.00125800
H                 -1.98172124    3.36846300   -0.00263100
H                 -3.22880424    1.20815900   -0.00086200
I                  2.76087941    1.20790377    0.00121072
I                  1.01273133   -1.81900391    0.00251124
1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 12 1.0
3 4 1.5 11 1.0
4 5 1.5 8 1.0
5 6 1.5 9 1.0
6 10 1.0
7
8
9
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oC6H4I2.gjf

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