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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-10-4 15:31:56 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我想请问预测某一物质能否稳定存在,能否用过渡态和该构型的能量差来确定?如果可以的话,一般而言,这个能量差要大到什么程度才能比较稳定的存在呢?这个能量差的概念和能垒是等同的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-5 05:23:54 | 只看该作者 Only view this author
asasas 发表于 2019-10-4 15:31
sob老师好,我想请问预测某一物质能否稳定存在,能否用过渡态和该构型的能量差来确定?如果可以的话,一般 ...

如果你是指热分解过程的过渡态,可以衡量热稳定性。
按照下文所说通过估计k、半衰期来确定
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-10-5 09:48:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-5 05:23
如果你是指热分解过程的过渡态,可以衡量热稳定性。
按照下文所说通过估计k、半衰期来确定
谈谈如何通 ...

谢谢sob老师~~博文给了我很大帮助~~祝您国庆节快乐

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发表于 Post on 2019-10-5 10:47:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 asasas 于 2019-10-5 12:03 编辑

sob老师好~我阅读了使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布(http://sobereva.com/196)这篇博文,对于功能11输入原子附近静电势值部分的叙述,有一句话比较困惑,“则程序会输出每个原子附近的分子表面上的静电势统计数据”。分子表面可以有不同定义,静电势在不同的分子表面,数值应该是不一样的吧,那multiwfh默认的分子表面是什么呢?这个可以被使用者定义还是只能用程序的默认设定值呢?

另外还有一个问题,静电势的数值比较只能比较同一分子的不同位点还是不同分子比较也可以?比如,我想比较甲基对苯环的影响,可以直接计算甲苯和苯不同位置碳原子的静电势,然后直接比较数值得结论吗?
谢谢老师~~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-6 07:06:27 | 只看该作者 Only view this author
asasas 发表于 2019-10-5 10:47
sob老师好~我阅读了使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布(http://sobereva.com/196)这篇博文 ...

注意看本帖1L的红字

甚至都不用看Multiwfn手册和相关博文,光是屏幕上的提示就已经很清楚了


可以对不同分子比较


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发表于 Post on 2019-10-6 14:36:54 | 只看该作者 Only view this author

新手请教Gaussian优化小分子结构问题

我想请教一下各位老师,我在gaussian view里面画好一个结构式后,在进行B3LYP基组计算之前,需要对结构进行半经验的优化吗?还是可以直接进行计算?

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发表于 Post on 2019-10-6 15:04:12 | 只看该作者 Only view this author
1. B3LYP不是基组

2. 如果分子不大 不需要;如果优化原子数很多 接近你当前计算级别的上限 建议先用较低精度的计算级别进行优化这样可以减少时间 PM6D3或者xtb都可以的

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发表于 Post on 2019-10-6 15:43:43 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-10-6 15:04
1. B3LYP不是基组

2. 如果分子不大 不需要;如果优化原子数很多 接近你当前计算级别的上限 建议先用较低 ...

非常感谢您的纠错与帮助,我还在努力学习中。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-7 07:02:53 | 只看该作者 Only view this author
LSNIR 发表于 2019-10-6 14:36
我想请教一下各位老师,我在gaussian view里面画好一个结构式后,在进行B3LYP基组计算之前,需要对结构进行 ...


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发表于 Post on 2019-10-7 10:31:21 | 只看该作者 Only view this author
请问怎么看我算出来的结构是不是过渡态呢? 是看vibrations里frequency有一个负值吗?
(我看您写的文章里说过渡态结构在期望的反应物和产物之间,同时只有一个虚频,振动方向对应反应坐标方向)

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发表于 Post on 2019-10-7 16:20:21 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师,祝您国庆快乐!我会好好学习的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-8 07:29:12 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2019-10-7 10:31
请问怎么看我算出来的结构是不是过渡态呢? 是看vibrations里frequency有一个负值吗?
(我看您写的文章里 ...


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发表于 Post on 2019-10-8 09:06:35 | 只看该作者 Only view this author

sob老师的“溶剂环境下溶质自由能的计算实例”在我电脑上运行出错,求解决

最近在学习计算单点能,看到sob老师的“溶剂环境下溶质自由能的计算实例”,但是我电脑上运算出错,自己看了好多帖子也没解决,请帮忙看看是哪里出了问题。



Gaussian 09:  IA32W-G09RevB.01 12-Aug-2010
                08-Oct-2019
******************************************
%chk=C:\mol.chk
------------------------------------------------------------
#P B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=ethanol)
------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#P B3LYP/6-311G* em=GD3BJ opt freq scrf(
                    '
Last state="GCL"
TCursr= 1177 LCursr=   19
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l1.exe at Tue Oct 08 08:59:26 2019.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      1 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

1.out

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发表于 Post on 2019-10-8 09:20:56 | 只看该作者 Only view this author
高斯版本太老,不支持直接写em=GD3BJ。看sob老师博文《DFT-D色散校正的使用》http://sobereva.com/210
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2019-10-8 12:53:00 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,在《详谈使用Gaussian做势能面扫描》(http://sobereva.com/474)这个帖子中,例2.2中怎么看出D3就是对应的想要分析的二面角?如果分子体系更复杂一点,有39个原子,在一直原子序号的情况下,怎么判断内坐标下哪个二面角数值是我想要考察的对象呢?

本版积分规则 Credits rule

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