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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-9 22:28:07 | 只看该作者 Only view this author
zhangwei2713 发表于 2019-10-9 21:10
请教卢老师和各位朋友,我计算的激发态拉曼,采用的是Gaussian 16A3版本的软件。看输出log文件应该是构型优 ...

提问Gaussian问题的常识:绝对不要问l几几几报错怎么回事,应当从输出文件末尾逐渐往上找对应报错的确切的提示语句并贴出来,关键词也最好一并贴出来。说不清楚的时候直接上传输出文件。强烈建议把报错语句先拷到bbs.keinsci.com首页google框进行搜索寻找答案。

报错提示明确写了,你当前的版本没法算激发态拉曼

论坛首页公告栏明确说了,超过500KB的文件压缩后再上传。设置500KB就是因为总有人直接上传好几兆的文本文件还不压缩而大量浪费服务器空间
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-10-10 07:36:44 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,计算一个体系在四个温度下的热力学数据,只能计算四次振动频率吗?有没有什么方法计算一次频率得到四个温度下的热力学数据?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-10 09:09:23 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-10-10 07:36
请问老师,计算一个体系在四个温度下的热力学数据,只能计算四次振动频率吗?有没有什么方法计算一次频率得 ...

没法同时得到四个温度的
可以用kisthelp得到,也可以用freqchk(运行四次,耗时基本为零)
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发表于 Post on 2019-10-10 09:14:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈小北 于 2019-10-10 09:16 编辑

Sob老师好

最近在做一个小分子的优化,opt结束后并没有显示报错
把log文件拿到Guass view 里看的时候,也没有虚频,可是带我的师兄说还要满足一个条件
就是把log文件打开,在这个位置要显示三个"YES"才行
我优化之后的结构只显示两个"YES"
师兄让我把关键词改成opt=tight
我改了之后又算了好几次
这里还是两个"YES"
我想问一下老师这里的"YES"和"NO"是代表了什么
以及应该怎么改一下输入文件呢




谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-10 09:15:19 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-10-10 09:14
Sob老师好

最近在做一个小分子的优化,opt结束后并没有显示报错

仔细看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
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发表于 Post on 2019-10-10 10:14:05 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,非常感激。请问今年还有初级量化班吗?没有赶上上次的班(最近才了解到的这个论坛)

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发表于 Post on 2019-10-10 14:40:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!现在想咨询您一个问题,我在CentOS7上面跑Gaussian16做一个NBO分析,在生成chk文件时,始终要报错: %chk=24DCP.chk ntrex1。最开始是因为我的chk文件地址是win的格式,后面我把文件地址修改后依旧报错。我把输入和输出贴上。菜鸟万分感谢!!!
  1. ntrex1: Input/output error
  2. Error: segmentation violation
  3.    rax 0000000000000000, rbx 00000000007e8b92, rcx ffffffffffffffff
  4.    rdx 0000000000003260, rsp 00007ffc22edf708, rbp 0000000000000005
  5.    rsi 000000000000000b, rdi 0000000000003260, r8  0000000000000020
  6.    r9  0000000000000401, r10 00007ffc22edf120, r11 0000000000000202
  7.    r12 00007ffc22edf860, r13 0000000001fa4e48, r14 fffffffff8010000
  8.    r15 0000000000010000

  9. real        0m2.332s
  10. user        0m1.243s
  11. sys        0m1.111s
  12. 24DCP.gjf is finished
复制代码

输入:
  1. %chk=24DCP.chk
  2. # opt freq 6-311+g(d,p) scrf=(solvent=water) pop=nbo6 geom=connectivity
  3. m062x

  4. CIP

  5. 0 1
  6. C                 -1.45996700    0.03875700   -0.00011800
  7. C                 -0.39989000   -0.86389000   -0.00002200
  8. C                  0.90095200   -0.36687600   -0.00016300
  9. C                  1.16552700    1.01086400   -0.00000600
  10. C                  0.07799000    1.89240700    0.00003600
  11. C                 -1.22824800    1.41523400   -0.00000600
  12. H                 -0.57627200   -1.93300800   -0.00000900
  13. H                  0.28252300    2.95806900    0.00025100
  14. H                 -2.06377300    2.10664800    0.00025500
  15. O                  2.41564700    1.53565200   -0.00003800
  16. H                  3.06415500    0.81012200    0.00007900
  17. Cl                 2.26281400   -1.48705600    0.00005600
  18. Cl                -3.10810800   -0.57094600    0.00002700

  19. 1 2 1.5 6 1.5 13 1.0
  20. 2 3 1.5 7 1.0
  21. 3 4 1.5 12 1.0
  22. 4 5 1.5 10 1.0
  23. 5 6 1.5 8 1.0
  24. 6 9 1.0
  25. 7
  26. 8
  27. 9
  28. 10 11 1.0
  29. 11
  30. 12
  31. 13
复制代码

输出:
  1. ******************************************
  2. Gaussian 16:  ES64L-G16RevA.03 25-Dec-2016
  3.                 10-Oct-2019
  4. ******************************************
  5. %chk=24DCP.chk
  6. ntrex1
复制代码

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发表于 Post on 2019-10-10 17:25:41 | 只看该作者 Only view this author

请问一下,就是这个优化总是停,怎么才能解决呢

Rotational constants (GHZ):           0.0424302           0.0226296           0.0204716
Standard basis: 6-311+G(d,p) (5D, 7F)
There are  1683 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are  1620 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
  1620 basis functions,  2590 primitive gaussians,  1683 cartesian basis functions
   234 alpha electrons      234 beta electrons
       nuclear repulsion energy      9799.7562471394 Hartrees.
NAtoms=  103 NActive=  103 NUniq=  103 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=  1620 RedAO= T EigKep=  1.00D-06  NBF=  1620
NBsUse=  1603 1.00D-06 EigRej=  8.88D-07 NBFU=  1603
Initial guess from the checkpoint file:  "shuangBTIcomplexBr1.chk"
B after Tr=     0.000000   -0.000000   -0.000000
         Rot=    0.999975    0.000818    0.007028   -0.000325 Ang=   0.81 deg.
ExpMin= 3.50D-02 ExpMax= 4.40D+05 ExpMxC= 1.51D+04 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=       5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=       500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.


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发表于 Post on 2019-10-10 17:44:53 | 只看该作者 Only view this author
就是根本没法进行优化,一步都没法优化。。

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发表于 Post on 2019-10-10 22:00:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-10 09:09
没法同时得到四个温度的
可以用kisthelp得到,也可以用freqchk(运行四次,耗时基本为零)

谢谢老师,我想问的是,用不用做四次单点+freq+不同温度,这样很耗时。请问老师,用freqchk命令是作用在算完频率的输出文件上吗?具体如何操作?(例如得到500K的热力学数据)这样就不用每个温度下做一次单点计算了吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-10 22:02:24 | 只看该作者 Only view this author
hmlyz 发表于 2019-10-10 10:14
谢谢老师,非常感激。请问今年还有初级量化班吗?没有赶上上次的班(最近才了解到的这个论坛)

没了
时间问题看www.keinsci.com主页的预告栏
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-10 22:03:15 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-10-10 22:00
谢谢老师,我想问的是,用不用做四次单点+freq+不同温度,这样很耗时。请问老师,用freqchk命令是作用在 ...


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-10 22:03:33 | 只看该作者 Only view this author
1550302169 发表于 2019-10-10 17:25
Rotational constants (GHZ):           0.0424302           0.0226296           0.0204716
Standard b ...

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-10 22:04:51 | 只看该作者 Only view this author
XYfool 发表于 2019-10-10 14:40
sob老师您好!现在想咨询您一个问题,我在CentOS7上面跑Gaussian16做一个NBO分析,在生成chk文件时,始终要 ...

把%chk删了
或者把之前已有的24DCP.chk删了再试
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发表于 Post on 2019-10-10 22:18:20 | 只看该作者 Only view this author
运行产生的rwf文件会有200多G吗?

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