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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-10-8 13:07:55 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2019-10-8 09:20
高斯版本太老,不支持直接写em=GD3BJ。看sob老师博文《DFT-D色散校正的使用》http://sobereva.com/210

非常感谢

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发表于 Post on 2019-10-8 15:48:08 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,我想用NICS(0)zz看芳香性,我想问一下用什么软件能使平面分子的坐标尽可能的落在xy平面上

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发表于 Post on 2019-10-9 00:44:24 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!可以用VASP来预测非氢原子数<25的有机小分子的单晶结构吗? 对于预测有机小分子的单晶结构,您有推荐的解决方案(不需要达到发表文章的精度,仅在结构设计阶段作为指导)吗?在此先谢过老师了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-9 08:41:27 | 只看该作者 Only view this author
haos314 发表于 2019-10-9 00:44
老师您好!可以用VASP来预测非氢原子数

这属于第一性原理计算范畴,请到第一性原理版块发帖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-9 08:42:07 | 只看该作者 Only view this author
zhouquan 发表于 2019-10-8 15:48
老师你好,我想用NICS(0)zz看芳香性,我想问一下用什么软件能使平面分子的坐标尽可能的落在xy平面上

NICS(0)是很差的,不要用
根本没有必要非要落在XY平面上,仔细看此文
利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的NICS_ZZ
http://sobereva.com/261http://bbs.keinsci.com/thread-297-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-9 08:44:41 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2019-10-8 12:53
请问sob老师,在《详谈使用Gaussian做势能面扫描》(http://sobereva.com/474)这个帖子中,例2.2中怎么看 ...

要扫的二面角中间两个原子就是构成要转的键轴的两个原子,显然这是要扫的变量
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发表于 Post on 2019-10-9 10:21:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-9 08:42
NICS(0)是很差的,不要用
根本没有必要非要落在XY平面上,仔细看此文
利用Multiwfn计算倾斜、扭曲环的N ...

我知道可以不用落在XY平面,但如果分子落在XY平面上,NICS的数据可以直接在log文件读取,不然还要用multiwfn程序,所以我就想问一下有没有方法?

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发表于 Post on 2019-10-9 15:21:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-6 07:06
注意看本帖1L的红字

甚至都不用看Multiwfn手册和相关博文,光是屏幕上的提示就已经很清楚了

谢谢sob老师,以后会注意multiwfn相关问题发帖地点的

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发表于 Post on 2019-10-9 15:23:52 | 只看该作者 Only view this author

请问No special actions if energy rises. EnCoef did 2 forward-backward it...

请问高斯总是中断No special actions if energy rises. EnCoef did     2 forward-backward iterations。我该怎么处理呢

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发表于 Post on 2019-10-9 21:10:01 | 只看该作者 Only view this author

求助:计算出现l1错误

请教卢老师和各位朋友,我计算的激发态拉曼,采用的是Gaussian 16A3版本的软件。看输出log文件应该是构型优化成功,但是拉曼计算报错(l1错误)。附件为输入和输出文件,由于log文件显示过大无法上传,因此转为word上传,还请见谅。谢谢卢老师和各位的帮助。

1-excited.gjf

4.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

1-excited.docx

225.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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发表于 Post on 2019-10-9 21:37:25 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,量化计算得到的电子能量与焓,以及吉布斯自由能,零点能,熵的关系是怎么样的?是G=E+ZPE-TS吗?

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发表于 Post on 2019-10-9 22:11:22 | 只看该作者 Only view this author
您原来的txt文件750 KB,你转word又慢又有250 KB,用默认选项zip压缩完150 KB,bzip2压缩完了95 KB,xz压缩后只有63 KB,只要任意使用一个压缩软件压缩一下那个文本,效果都比word好,又快又方便。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-9 22:19:06 | 只看该作者 Only view this author
1550302169 发表于 2019-10-9 15:23
请问高斯总是中断No special actions if energy rises. EnCoef did     2 forward-backward iterations。我 ...

跟你贴的这个提示无关。

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-9 22:19:44 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-10-9 21:37
请问老师,量化计算得到的电子能量与焓,以及吉布斯自由能,零点能,熵的关系是怎么样的?是G=E+ZPE-TS吗?

明显错误
热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
更详细清晰的式子看此文的文档
Shermo:计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-9 22:20:04 | 只看该作者 Only view this author
zhouquan 发表于 2019-10-9 10:21
我知道可以不用落在XY平面,但如果分子落在XY平面上,NICS的数据可以直接在log文件读取,不然还要用multi ...

没有

Multiwfn用起来非常方便
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