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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-10-21 23:31:33 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,TDDFT应如何使用?没有找到老师的相关博文!

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发表于 Post on 2019-10-22 00:12:46 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!我想请教一下关于键能计算的问题:某分子结构为 A-CH3, 想要计算甲基上的C-H键的键能和键解离能
1. 是不是计算键能不需要对碎片做几何优化,而计算键解离能需要对碎片做几何优化?
2. 因为解离后得到 A-CH2 阴离子,所以对于 A-CH3 , A-CH2 阴离子, H+ 的几何优化需要统一使用同一种基组吗?如果需要,都加弥散是否妥当?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-22 04:51:42 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-10-21 23:31
请问老师,TDDFT应如何使用?没有找到老师的相关博文!

你没找到是因为你根本就没搜,我博客搜索框搜索TDDFT不可能搜不到相关东西

Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
含时密度泛函理论(TDDFT)综述与专著合集 http://bbs.keinsci.com/thread-6365-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-22 04:57:09 | 只看该作者 Only view this author
haos314 发表于 2019-10-22 00:12
老师您好!我想请教一下关于键能计算的问题:某分子结构为 A-CH3, 想要计算甲基上的C-H键的键能和键解离能
...

1 不去跟实验比,算键能就不用优化
2 H+没法做几何优化
你算的这不叫C-H键能,一般叫做质子解离能。这种情况由于牵扯阴离子,理应算能量时加上弥散函数,而且都加来保持统一
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发表于 Post on 2019-10-22 08:52:19 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,咨询一下凝聚态体系(固—液界面和水溶液)的核磁共振波谱需要使用第一性原理分子动力学计算吗?还是通过量子力学静态计算就可以了?不是很了解静态计算在这方面的计算精度。谢谢!

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发表于 Post on 2019-10-22 10:48:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-21 22:02
不是报错,继续算

%mem别给太小,否则可能拖慢计算速度

%mem=1GB
但是作业已经停止了,上边的是输出文件最后几行

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发表于 Post on 2019-10-22 18:25:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 18845562783 于 2019-10-22 18:45 编辑

请问老师,我现在想对一个有机药物小分子,进行分子前线轨道分析。1 不知道该采用B3LYP/6-311++G**,还是B3LYP/6-311G*。
2 具体步骤,是不是先结构优化,在计算单点。最后在进行前线轨道分析

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-23 03:26:29 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-10-22 18:25
请问老师,我现在想对一个有机药物小分子,进行分子前线轨道分析。1 不知道该采用B3LYP/6-311++G**,还是B3L ...

不要加弥散。什么时候该加仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

直接把优化产生的chk转成fch,用Multiwfn查看就行了。没必要单独算单点
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-23 03:26:47 | 只看该作者 Only view this author
wzy 发表于 2019-10-22 10:48
%mem=1GB
但是作业已经停止了,上边的是输出文件最后几行

1GB根本不够
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-23 03:28:16 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2019-10-22 08:52
老师您好,咨询一下凝聚态体系(固—液界面和水溶液)的核磁共振波谱需要使用第一性原理分子动力学计算吗? ...

没有具体结构不好说
一般牵扯不到跑动力学
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发表于 Post on 2019-10-23 10:29:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-23 03:26
不要加弥散。什么时候该加仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

老师,我还想问下。在B3LYP/6-311G*级别下优化,把优化产生的chk转成fch,用Multiwfn查看,进行前线轨道分析。是不是就可以保证定性分析的准确性了。

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发表于 Post on 2019-10-23 12:30:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wth1219 于 2019-10-23 12:55 编辑
sobereva 发表于 2019-10-23 03:28
没有具体结构不好说
一般牵扯不到跑动力学

老师您好,例如水溶液中下面这些配合物,初步准备显式地考虑溶剂水分子,想要通过计算方法确认一下这篇四十多年前的文献中的物种标定得是否正确。谢谢!
学生正在研读您的《谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移》一文。

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发表于 Post on 2019-10-23 14:56:09 | 只看该作者 Only view this author
想請教一下, 計算 organometallic 反應只有一個 Cu 的時候, 該用什麼 basis set 來處理 Cu? 文獻幾乎全部都是用 SDD 或 LANL2DZ。但是看到一些地方說 (例如: https://sites.google.com/site/or ... ive-core-potentials), 第一排 transition metal 不建議用 ECP。哪個比較正確? 背後的原因是什麼? 謝謝

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发表于 Post on 2019-10-23 16:06:41 | 只看该作者 Only view this author
老师想请教一下,
我混合基组碘输入cc-pVQZ-PP报错说A syntax error was detected in the input line.我把-pp去掉后正常但肯定计算量太大算不动,不知道问题出在哪里?
-PP是什么意思呢?

%chk=F:\C6H4I2\2019_10_18\12C6H4I2.chk
# M062X/genecp
1,2-C6H4I2_0
0 1
C                 -3.38636377    3.40909086    0.00000000
C                 -1.99120377    3.40909086    0.00000000
C                 -1.29366577    4.61684186    0.00000000
C                 -1.99131977    5.82535086   -0.00119900
C                 -3.38614477    5.82527286   -0.00167800
C                 -4.08374577    4.61706686   -0.00068200
H                 -3.93612277    2.45677386    0.00045000
H                 -1.44169577    2.45657786    0.00131500
H                 -0.19398577    4.61692186    0.00063400
H                 -1.44111977    6.77749386   -0.00125800
I                 -6.18374571    4.61741635   -0.00102576
I                 -4.43660593    7.64365897   -0.00349776
I 0
cc-pVQZ-PP
****
C H 0
6-311++g(3df,3pd)
****

12C6H4I2.gjf

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发表于 Post on 2019-10-23 16:52:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2019-10-24 11:20 编辑
GOmathchem 发表于 2019-10-23 16:06
老师想请教一下,
我混合基组碘输入cc-pVQZ-PP报错说A syntax error was detected in the input line.我把 ...

PP是pseudo potential,赝势基组的意思。你这里只指定了赝势基组的基组部分(碘的价层次价层),没有指定赝势,相当于把碘再内层的电子全都扔了,结果肯定是错误的。要在后面再空一行指定赝势。赝势和基组配套的名字虽然一样,但是得分开写。
详见sob老师的
http://sobereva.com/60
http://sobereva.com/373
Dunning相关一致性基组给普通DFT计算不划算,建议换成Ahlrichs的Def2系列或者Jensen的pcseg系列。同样,4-zeta基组给普通DFT也有些浪费,可以降低成3-zeta。详见sob老师的http://sobereva.com/336
对碳和氢的弥散函数加的没有什么道理,显著增加计算量却对结果没有好处。详见sob老师的http://sobereva.com/119
这个极化尤其是给氢加的极化也太多,普通DFT计算不需要这么高的角动量,详见sob老师的http://sobereva.com/336
看您的任务应该是要算单点能。这么小的分子即使是在自己的PC上跑,应该也完全可以用双杂化泛函做一个单点能。Gaussian16新版支持DSD-PBEP86-D3(BJ)和老的B2PLYP-D3(BJ),如果是旧版本,详见sob老师的http://sobereva.com/344
这个体系完全可以用Def2-TZVP或者更精确的Def2-TZVPP,不要忘了加赝势。
补充一下,刚看了一下你的输入文件还有一个问题
你没用对称性,程序判断是C1点群。这个分子显然C2v点群,做一下对称化处理计算量大约能节省一半。之前结构优化也是,不清楚你这个结构优化没有,可以在含赝势的Def2-SVP基组,PBE0-D3(BJ)或者M06-2X-D3(0)(或者M06-2X不加色散校正也可以,对于Gaussian09用户,对M06-2X等Minnesota泛函可以加上Integral=UltrafineGrid提升积分格点精度,Gaussian16这是默认的。)下进行优化,B3LYP-D3(BJ)也可以。详见sob老师的http://sobereva.com/272。优化之前就先用GaussView里面的Point Group工具对称化成C2v点群。虽然对于这么小的体系节省这么点儿计算量也快不了几分钟,但是我觉得这个习惯还是好的。 刚又看了一下,Gaussian用Def2系列只要在Route行就是#号那行指定Def2系列基组,就会自动使用该基组且对有赝势的元素使用赝势,不需要用GenECP然后后面分别写基组和赝势了,方便得很。

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