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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-10-21 11:31:58 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请教:S0--->S1的轨道跃迁成分H-2--->L占绝对主导,S0--->S2的轨道跃迁成分是H--->L占绝对主导,这种情况有可能发生吗? 如果发生的话,那就会出现一个矛盾,S0--->S1的能量低于S0--->S2,而H-2--->L却大于H--->L。怎么理解呢?谢谢您

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9977#
发表于 Post on 2019-10-21 11:42:16 | 只看该作者 Only view this author
没有关联,该咋算咋算。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2019-10-21 12:03:01 | 只看该作者 Only view this author
你基态优化怎么算,过渡态就怎么算。无非是改个关键词而已,不涉及到基组的变动
Stand on the shoulders of giants

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发表于 Post on 2019-10-21 13:24:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-20 19:41
整体和单体能量和求差
可以用隐式溶剂模型表现外环境

老师,我还想请教下。这里的整体能量,是不是需要用VIEW恰当的拜访氢键形成下的构型,然后计算整体的能量,E(氢键键能)=E(AB)-E(溶质)-E(溶剂),整体和单体求差,是不是应该是这个公式的意思?

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发表于 Post on 2019-10-21 14:44:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-18 01:38
把%chk指定成其它路径,并且确保路径有可读写权限

可以

谢谢Sob老师,我后面查到原因了,确实是因为权限问题。我所有的安装过程都是按照您的教程一步一步来的(包括VM和CentOS等等),就是因为我使用的VM的共享文件进行文件传输,并且计算时候就是使用mnt/hgfs下的共享文件夹,但是没有写入的权限,所以一直报错。后面将文件转到其他文件夹内后顺利计算了。

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发表于 Post on 2019-10-21 15:43:54 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2019-10-21 12:03
你基态优化怎么算,过渡态就怎么算。无非是改个关键词而已,不涉及到基组的变动

谢谢!受教。

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发表于 Post on 2019-10-21 16:05:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wth1219 于 2019-10-21 16:12 编辑

老师您好,想向您咨询一下,看到一篇论文中说他们计算钒元素的水相体系(含V、H、O三个元素)用的是6-311+G(d,p)基组,但在basis set exchange库中V元素并没有这个基组。所以他们的意思实际上是,对于H和O用6-311+G(d,p)基组、对于V用6-31G(d,p)基组(抑或是其它的基组?)吗?谢谢!

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发表于 Post on 2019-10-21 17:02:40 | 只看该作者 Only view this author
老师,高斯计算opt freq遇到这种情况该怎么办
CoulSu:  requested number of processors reduced to:  23 ShMem   1 Linda.
CalDSu:  requested number of processors reduced to:  21 ShMem   1 Linda.
CalDSu:  requested number of processors reduced to:  21 ShMem   1 Linda.
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                                                                                                       7150,2        Bot

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 22:02:32 | 只看该作者 Only view this author
wzy 发表于 2019-10-21 17:02
老师,高斯计算opt freq遇到这种情况该怎么办
CoulSu:  requested number of processors reduced to:  23  ...

不是报错,继续算

%mem别给太小,否则可能拖慢计算速度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 22:03:42 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2019-10-21 16:05
老师您好,想向您咨询一下,看到一篇论文中说他们计算钒元素的水相体系(含V、H、O三个元素)用的是6-311+G ...

6-311G系列本来没有定义3d元素,Gaussian里能用这个算V是因为Gaussian开发者把其他人搞的基组冠上了6-311G系列的名字,使得6-311G系列形式上涵盖得更完整。而BSE里则没这样考虑。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 22:05:31 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-10-21 13:24
老师,我还想请教下。这里的整体能量,是不是需要用VIEW恰当的拜访氢键形成下的构型,然后计算整体的能量 ...

摆出复合物结构,优化,然后再用较好的级别算个单点能,作为复合物的能量
碰见构型比较多的时候需要用molclus做复合物构型搜索,仔细看里面的介绍和帖子
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

另外参考里面考虑counterpoise时计算结合能的例子
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 22:07:20 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-10-21 11:31
Sob老师,请教:S0--->S1的轨道跃迁成分H-2--->L占绝对主导,S0--->S2的轨道跃迁成分是H--->L占绝对主导, ...

很正常
本来轨道能量差只是激发能的很垃圾的近似,要知道还有激子结合能也产生显著影响
激发能和轨道能量差的关系看里头的公式:
CIS、TDDFT计算的CT激发能随CT距离的渐进行为的总结
http://sobereva.com/321http://bbs.keinsci.com/thread-2688-1-1.html
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发表于 Post on 2019-10-21 22:35:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-21 22:03
6-311G系列本来没有定义3d元素,Gaussian里能用这个算V是因为Gaussian开发者把其他人搞的基组冠上了6-311 ...

谢谢老师答复!
以及学生想要追问一下,这是“真的”6-311+G(d,p)基组吗?如果学生想要测试弥散函数对于计算结果的影响(V、H、O体系和Zn、H、O体系),分别写上6-311G(d,p)、6-311+G(d,p)和6-311++G(d,p),使用的还是我们一般所说的弥散吗?
另外,学生在BSE中看到了6-31G(d,p)和6-31G**共存的情况,按理说二者是等同的、学生比较了几个元素也的确是一样的,所以为什么还需要分别展现呢?
谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-21 22:59:58 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2019-10-21 22:35
谢谢老师答复!
以及学生想要追问一下,这是“真的”6-311+G(d,p)基组吗?如果学生想要测试弥散函数对于 ...

不是严格意义的6-311G系列基组。但可以照样加弥散
这种体系绝对没必要给氢加弥散
BSE的管理员的问题
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发表于 Post on 2019-10-21 23:13:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-21 22:59
不是严格意义的6-311G系列基组。但可以照样加弥散
这种体系绝对没必要给氢加弥散
BSE的管理员的问题

明白,谢谢老师!

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