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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-10-23 17:00:44 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2019-10-23 14:56
想請教一下, 計算 organometallic 反應只有一個 Cu 的時候, 該用什麼 basis set 來處理 Cu? 文獻幾乎全部都 ...

我个人理解用赝势没什么坏处,顺便考虑了虽然不明显的第四周期的相对论效应,还节省计算量,除非要计算直接涉及内层波函数性质的比如这个铜的核磁或者内层波函数分析之类的。LanL2DZ太low了,对于重要又只有一个的过渡金属完全可以用更高的基组。建议至少提高到3-zeta,只有一个原子改变计算量不会增加太多,用Lanl2TZ(f)和Gaussian的SDD大概是一个级别,尽管SDD没有f函数,两者都可以。
具体请依照sob老师的http://sobereva.com/373

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发表于 Post on 2019-10-23 21:07:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wwwjjj 于 2019-10-23 22:11 编辑

老师,您好,我如果想计算分子三重态激发态的T1 T2 T3,我先将其结构优化0 3结合# B3LYP/6-311g(d) opt结构优化,再计算0 1 结合# B3LYP/6-311g(d) TD(root=3,nstates=5),这样是对的吗?

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10008#
发表于 Post on 2019-10-23 21:50:19 | 只看该作者 Only view this author
老师您好, 我想向您请教一下包含阴离子的有机体系(如磷酸根等)的优化工作需要加弥散函数吗?我知道对于阴离子体系的能量计算必须要引入弥散函数,但不清楚弥散对其几何构象优化的影响,毕竟优化的时候加入弥散函数比较贵,也更难收敛。

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发表于 Post on 2019-10-23 22:39:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-21 22:05
摆出复合物结构,优化,然后再用较好的级别算个单点能,作为复合物的能量
碰见构型比较多的时候需要用mo ...

老师我还想请教下,我现在主要想计算溶质和溶剂间氢键键能的大小,博文 谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理中的意思是不是,采用带弥散的3-Zeta级别的基组后( def2-TZVP),就可以忽略BSSE的影响,不用在计算BSSE的值。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-24 06:59:55 | 只看该作者 Only view this author
tongjh 发表于 2019-10-23 21:50
老师您好, 我想向您请教一下包含阴离子的有机体系(如磷酸根等)的优化工作需要加弥散函数吗?我知道对于 ...

你算得动就加(其实主要不是为了精度,是省得审稿人吐槽),算不动就不加。
如果只是局部片段有显著负电荷,只给那些原子加弥散就行了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-24 07:00:47 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-10-23 22:39
老师我还想请教下,我现在主要想计算溶质和溶剂间氢键键能的大小,博文 谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处 ...

此时BSSE问题已经很小,如果你要求不高,可以不考虑,但如果发文章,最好还是做counterpoise计算,耗时也就增加两倍多,省得之后审稿人叽叽歪歪
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-24 07:02:24 | 只看该作者 Only view this author
wwwjjj 发表于 2019-10-23 21:07
老师,您好,我如果想计算分子三重态激发态的T1 T2 T3,我先将其结构优化0 3结合# B3LYP/6-311g(d) opt结构 ...

这取决于你想计算什么结构下的这三个态。你当前算的是T1结构下的这三个态的能量。

写root=3完全没有意义。仔细看下文什么时候才需要写root
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-24 07:03:03 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-10-23 10:29
老师,我还想问下。在B3LYP/6-311G*级别下优化,把优化产生的chk转成fch,用Multiwfn查看,进行前线轨道 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-24 07:04:12 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2019-10-23 12:30
老师您好,例如水溶液中下面这些配合物,初步准备显式地考虑溶剂水分子,想要通过计算方法确认一下这篇四 ...

用Gaussian算Sn的NMR没戏,这么重的元素的相对论效应强,而Gaussian不支持相对论哈密顿下的NMR计算,得用Dirac等程序,但那些都是内行人才会用的
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发表于 Post on 2019-10-24 19:50:19 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!想用ORCA计算阴离子单点能,关键词这么写对吗?
! PWPB95 D3 ma-def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/C RIJCOSX grid4 gridx4 tightSCF noautostart miniprint nopop

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10016#
发表于 Post on 2019-10-25 06:40:13 | 只看该作者 Only view this author
请问老师3个问题:
1.文献上说的“spin-resolved density”,请问加了resolved代表什么意思?
2.平时说的两个分子相互作用,一个分子反键轨道加了电子会被活化,还有一个分子的孤对电子是否真的配给了另一个分子的空轨道,请问老师这类问题波函数分析如何操作?
3.电荷密度等势面图与静电势图对于预测反应活性位点方面有什么区别?

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10017#
发表于 Post on 2019-10-25 09:27:14 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想请教您一下,我用TS找过渡态,关键词为# OPT(TS,CALCFC,NOEIGEN) B3LYP/6-31G** ,结果一直是报错或者正常收敛后频率分析只有一个几十的虚频,这样肯定不是过渡态。
因为我的分子结构比较简单,反应就是一个抽氢的反应,因此我把初猜结构一点一点的微调,并加入了关键词 opt(1/8=5)减少的步长,依旧报错。
但是我在optimization中查看到一个点,这个点只有一个虚频且振动方向和预期一样,取该结构作为过渡态跑irc,irc的原子运动趋势前半段和预期一致,后半段又返回去了,这样的情况该过渡态是否正确?
如果选该结构做过渡态是否还需要做opt=ts?该结构下跑opt-ts我试过发现还是会报错。
谢谢老师的指导~

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发表于 Post on 2019-10-25 16:51:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-24 07:04
用Gaussian算Sn的NMR没戏,这么重的元素的相对论效应强,而Gaussian不支持相对论哈密顿下的NMR计算,得用 ...

这样啊……谢谢老师!

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10019#
发表于 Post on 2019-10-25 20:25:03 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,初学linux版的ORCA,用的超算中心的服务器,并行问题还没解决,单核也发现同一个inp会在不知道什么地方就会kill掉。

微信截图_20191025202340.png (27.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

微信截图_20191025202340.png

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10020#
发表于 Post on 2019-10-25 20:37:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wwwjjj 于 2019-10-25 21:16 编辑

老师您好,通过这两天的提问我大致总结了我的计算激发态;对于一个分子,我先将其0 3结合# B3LYP/6-311g(d) opt结构优化,再计算它在T1结构下的三个激发态 :0 1 结合# B3LYP/6-311g(d) TD(nstates=5); T2结构下的三个激发态:0 1 结合 # B3LYP/6-311g(d) TD(root=2,nstates=5,triplet);T3结构下的三个激发态:0 1 结合# B3LYP/6-311g(d) TD(root=3,nstates=6,triplet);这样是对的吗?

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