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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-10-28 17:15:59 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好
我想问一下激发态scan的时候可以只计算单点能量不做opt吗?
如果可以的话,应该怎么写关键词呢?
写了一个把opt整个去掉的关键词,但是只算了一步,就是相当于做了一个单点能计算一样...

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发表于 Post on 2019-10-28 19:11:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-26 04:17
说不清楚。这得问超算的管理员

多谢老师,我去反馈一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-29 07:38:07 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-10-28 17:15
Sob老师好
我想问一下激发态scan的时候可以只计算单点能量不做opt吗?
如果可以的话,应该怎么写关键词 ...

刚性扫描每一步本来就是只计算单点

说扫描的时候说清楚是刚性还是柔性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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10039#
发表于 Post on 2019-10-29 10:11:18 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,请问,如果想找两个分子(一个是溶剂分子,一个是有机小分子)的相对位置的最优点,应该怎么办呢?

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发表于 Post on 2019-10-29 11:13:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈小北 于 2019-10-29 15:40 编辑

Sob老师好
我看了您写的  详谈使用Gaussian做势能面扫描
然后发现,我想做的是刚性扫描,我在关键词里写了 scan, 但是我原子坐标下面的写错了
我写成了  B 18 35 S 25 -0.05
这是做柔性扫描的冗余内坐标,所以我的文件报错 :“No variables in Z-matrix.”

我需要做刚性扫描,但是有一个问题,严格来说,我的体系是一个四聚体

我想扫描A单体中1号原子逐步靠近B单体中2号原子的势能变化曲线,但是我的1 2号原子之间本来是没有成键的,我也不需要让A单体和B单体逐步靠近

所以我找不到如下图的写法

我想问一下这种情况应该怎么写

1572318447(1).png (24.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

1572318447(1).png

1572318447(1).png (24.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

1572318447(1).png

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发表于 Post on 2019-10-29 17:48:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 YanLiu 于 2019-10-29 17:52 编辑

Sob老师好
对于有机体系,使用gaussian16计算了NPA电荷,现在想要用VMD以原子着色的方式显示原子电荷
看了您的“使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数”这篇文章,里面的Au20.chg文件是这样的C:\Users\Administrator\Desktop\Au20.png
想请教一下:
1.是不是前三列数字代表的是坐标,最后一列代表的原子电荷?
2.如果是的话,我可不可以把自己当前研究的体系按照这个格式新建一个.chg文件,然后使用Multiwfn转换成.pqr文件,再使用VMD着色?
3.对于NPA电荷,使用VMD进行着色还有没有其他更加高效的生成.pqr文件的方法?

Au20.png (11.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

Au20.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-30 05:37:04 | 只看该作者 Only view this author
YanLiu 发表于 2019-10-29 17:48
Sob老师好
对于有机体系,使用gaussian16计算了NPA电荷,现在想要用VMD以原子着色的方式显示原子电荷
看 ...

1 是。此文说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

2 可

3 这已经是最方便的了,丝毫不费事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-30 05:38:51 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2019-10-29 10:11
老师您好,请问,如果想找两个分子(一个是溶剂分子,一个是有机小分子)的相对位置的最优点,应该怎么办呢 ...

用molclus做二聚体构型搜索
仔细看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

如果结构不复杂,通过表面静电势的互补也可以预测,看
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-30 05:42:34 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-10-29 11:13
Sob老师好
我看了您写的  详谈使用Gaussian做势能面扫描
然后发现,我想做的是刚性扫描,我在关键词里写 ...

闭壳层单重态还写U完全是白浪费时间,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

B3LYP算牵扯到分子间相互作用会被审稿人骂,看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

看不到你的四聚体结构不好说
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发表于 Post on 2019-10-30 08:21:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-30 05:37
1 是。此文说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379(htt ...

已经解决,感谢老师。

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发表于 Post on 2019-10-30 08:41:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-30 05:38
用molclus做二聚体构型搜索
仔细看
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-10-30 18:07:57 | 只看该作者 Only view this author

求助:我的基组合适吗?

这个问题困扰了我一天,我算的体系是一个过渡金属参杂的硼体系,我想对该体系进行结构优化,使用的方法和基组是PBE1PBE/def2tzvp,使用高斯单机计算,结果不到十分钟就死了,一直提示l103错误,不知道哪里出现了问题

微信图片_20191030180129.png (21.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

一直错误

一直错误

微信图片_20191030180214.png (9.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

方法和基组

方法和基组

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发表于 Post on 2019-10-30 18:13:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2019-10-30 18:16 编辑

报错写着是内坐标的问题,报错原因不在方法和基组。可能是遇到二面角优化中有三个原子共线了。
http://bbs.keinsci.com/thread-1920-1-1.html
您看一下这个贴子有没有帮助

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-30 18:24:09 | 只看该作者 Only view this author
哆啦A梦 发表于 2019-10-30 18:07
这个问题困扰了我一天,我算的体系是一个过渡金属参杂的硼体系,我想对该体系进行结构优化,使用的方法和基 ...

Gaussian的问题别发到第一性原理板块去,给你移动了。

计算级别没问题
opt里写上cartesian
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发表于 Post on 2019-10-30 20:06:06 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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