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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-11-1 09:20:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问pbe33这种泛函相较于pbe0只是单纯的增大了HF成分么,这个泛函还有什么其他优势呢。

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发表于 Post on 2019-11-1 13:02:52 | 只看该作者 Only view this author
用#P B2PLYPD3,混合基组C H O def2TZVP,Ca LANL2DZ计算配合物单点能,共71个原子,产生的rwf文件2.5T、3.5T,好大的文件,正常吗?在虚拟机里装的gaussian,是要把这2.5T写满才运行结束吗?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 17:24:30 | 只看该作者 Only view this author
王春雨 发表于 2019-11-1 13:02
用#P B2PLYPD3,混合基组C H O def2TZVP,Ca LANL2DZ计算配合物单点能,共71个原子,产生的rwf文件2.5T、3. ...

这么大体系Gaussian算双杂化非常艰难
改成ORCA算轻而易举
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 17:25:04 | 只看该作者 Only view this author
kay 发表于 2019-11-1 09:20
老师,请问pbe33这种泛函相较于pbe0只是单纯的增大了HF成分么,这个泛函还有什么其他优势呢。


对于需要更大HF成份的情况有益,其它情况没改进
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 17:28:57 | 只看该作者 Only view this author
xiaoyuge 发表于 2019-11-1 08:42
本人按照http://sobereva.com/314的方法计算分子的荧光 先用小机组#p opt freq 6-31g(d) guess=save geom=c ...

写guess=save干嘛,完全没有任何意义,我博文里也从没有说要写这个

论坛首页公告栏说了,较大文本型文件压缩后再上传,压完了通常超不过500K。根据报错提示解决
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发表于 Post on 2019-11-1 21:02:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-1 17:24
这么大体系Gaussian算双杂化非常艰难
改成ORCA算轻而易举

感谢老师的回答,我还有两个疑问。

1. 我想计算的是配合物的自由能,根据sob老师的博文谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算,目前是进行到第二步,计算较高精度单点能。

如果原子数降低到43个,还用gaussian的方法算得动吗?

即用#P B2PLYPD3,混合基组C H O def2TZVP,Ca LANL2DZ计算43个原子配合物的单点能。

2.改成ORCA,原理是否和gaussian软件类似?因为刚接触gaussian不到两个月,学习得比较慢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-2 08:40:06 | 只看该作者 Only view this author
王春雨 发表于 2019-11-1 21:02
感谢老师的回答,我还有两个疑问。

1. 我想计算的是配合物的自由能,根据sob老师的博文谈谈隐式溶剂模 ...

1 机子够好的话43原子单点用Gaussian能算

用双杂化泛函却给Ca还用这么烂的基组,是绝对不能接受的。干嘛不让Ca也用def2-TZVP?

2 仔细看这两个博文,立马就能用ORCA跑起来双杂化计算
量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
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发表于 Post on 2019-11-2 10:00:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 elvisng 于 2019-11-2 23:41 编辑

问题有点多,抱歉。


1. 几何优化的时候4个都 converged, 但到了 freq 的时候总是有 5cm-1 的虚频。已试过 tight, calcall, 也试了 int=superfine, 也试过按照 vibration 的 manual displacement来取得新的结构重新优化, 但仍然有这情况。我应该怎样处理?

看了sob 的文章说「几何优化的时候用了GDIIS(默认的GEDIIS也有一定GDIIS的成份),由于这种方法预测下一步位移的时候还会参考之前步的信息,因此会和freq时基于牛顿法判断出的位移有所不同。」那么我应该用什么优化才能确保两者的一致?

2. 经常看到一些文章,计算有机金属反应,用 B3LYP 作优化,再用 M06 作单点。结果有些过渡态,在 B3LYP 底下dH++ 是正,在 M06 单点后变成负值(虽然因为S的关系,因此dG++ 仍然是正值)。看了 sob 的文章,可以了解到B3LYP 实在不适合再用了,因为没有 dispersion,只是我想了解一下这种正变负现象的背后原因。这种情况可以视为 B3LYP 定性错误的一种证据吗?如果单点和优化是同一种DFT (但不同 basis set),是不是不太可能出现这种情况?


3. 该怎么判断应该用B3LYP-D3 还是 B3LYP-D3(BJ)?可以说一般B3LYP-D3(BJ) B3LYP-D3好吗?

谢谢

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发表于 Post on 2019-11-3 19:01:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-1 07:22
Gaussian跑AIMD不好用,尤其是热浴这方面太垃圾,连berendsen这种常用的都不支持,我都基本弃了。我建议 ...

老师,orca跑MD时, initvel 298.15_K 这个关键您注释了“Assign velocity to atoms according to temperature”,这个温度值需要和Target temperature一样吗?这个值对MD计算有着什么影响呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-4 09:51:12 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-11-3 19:01
老师,orca跑MD时, initvel 298.15_K 这个关键您注释了“Assign velocity to atoms according to temper ...

这是设初速度,无所谓,就算初速度为0,靠控温也能逐渐升上去,但这需要花一定时间。如果上来就希望是期望的温度,可以把初速度设成控温的温度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-4 09:56:00 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2019-11-2 10:00
问题有点多,抱歉。

1. 几何优化的时候4个都 converged, 但到了 freq 的时候总是有 5cm-1 的虚频。已试 ...

1 没具体输出文件没法说。上传带着opt(calcall,tight) int=superfine的压缩后的输出文件

GDIIS那个不是重点

2 这不光是色散校正的事,本来B3LYP算热力学数据的精度就不如许多近代的泛函。
优化过渡态的计算级别和算电子能垒一致,则电子能垒一定为正,除非漏了中间体
未必M06就比B3LYP结果好,很多配合物测试中M06表现很中庸。有机金属反应如果是涉及过渡金属和配体之间的键的变化,PBE0-D3(BJ)表现往往很好,也建议用这个优化。如果想要更靠可靠的能量,用双杂化

3 总用D3(BJ)
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发表于 Post on 2019-11-4 13:07:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 王春雨 于 2019-11-5 09:55 编辑
王春雨 发表于 2019-11-1 21:02
感谢老师的回答,我还有两个疑问。

1. 我想计算的是配合物的自由能,根据sob老师的博文谈谈隐式溶剂模 ...

感谢老师的解答,现在利用ORCA确实很快就计算完了。

1. wB97M-V def2-TZVP计算得单点能 -3039.020466435825 au

2. PWPB95 D3 def2-TZVPP计算得单点能 -3038.234697185077 au

3. M062X 6-31g(d)和SDD混合基组算单点能 -2396.369877834966 au

3的结果和上两个差的好多,不知道哪里不对呀?

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发表于 Post on 2019-11-4 21:32:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 elvisng 于 2019-11-4 21:34 编辑
sobereva 发表于 2019-11-4 09:56
1 没具体输出文件没法说。上传带着opt(calcall,tight) int=superfine的压缩后的输出文件

GDIIS那个不 ...

1.     文件重算时被覆盖了,以后再附上...

2.     我在考虑的是以下图的反应。类似反应的所有参考文献几乎都是用B3LYP 来算(而且都没加D) ,然后用M06做单点,只有一两个例子用 M06做优化。考虑到自己在计算方面的文献调阅量不足,没法判断哪个方法最好。但考虑到老师提到的B3LYP 的不足性,因此倾向于用M06。老师对这个方应用什么方法有什么建议吗?(配体比较大,M06已经跑得很吃力)


再一次谢谢老师



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-5 08:40:00 | 只看该作者 Only view this author
王春雨 发表于 2019-11-4 13:07
感谢老师的解答,现在利用ORCA确实很快就计算完了。

1. wB97M-V def2-TZVP计算得单点能 -3039.0204664 ...

不同计算级别的电子能量没有可比性,属于基本常识
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-5 08:59:20 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2019-11-4 21:32
1.     文件重算时被覆盖了,以后再附上...
2.     我在考虑的是以下图的反应。类似反应的所有参考文 ...

仔细看此文
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://sobereva.com/415http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html

B3LYP->M06的这个切换站不住脚。不要盲目效仿,不是所有研究者对理论方法都很懂。

算配合物有好得多的选择,仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html)
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