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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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10051#
发表于 Post on 2019-10-30 20:07:06 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-10-30 18:13
报错写着是内坐标的问题,报错原因不在方法和基组。可能是遇到二面角优化中有三个原子共线了。
http://bbs ...

谢谢指点

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发表于 Post on 2019-10-31 00:06:23 | 只看该作者 Only view this author
请问gaussian打开运行五六秒就闪退一般是因为什么?要怎样解决

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-31 05:53:46 | 只看该作者 Only view this author
sukey 发表于 2019-10-31 00:06
请问gaussian打开运行五六秒就闪退一般是因为什么?要怎样解决

仔细看输出文件判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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10054#
发表于 Post on 2019-10-31 12:06:33 | 只看该作者 Only view this author
请问各位,Gaussian用B3LYP计算氢原子的单点能任务,给出总能量基本是-0.5 Hartree没有问题,但是为什么alpha电子占据轨道能量是-0.322 Hartree左右而不是-0.5,Hartree-Fock两者就都是-0.5左右,请问一下Gaussian输出的B3LYP的轨道能量是少了哪一项呢?谢谢!

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发表于 Post on 2019-10-31 12:24:54 | 只看该作者 Only view this author

高斯优化9999报错求助

请问老师,我用高斯优化三重态的第一激发态的一个结构(输入文件请见附件),已经优化出了类似的结构了,但这个结构一直报9999的错,我尝试放宽收敛标准,但其实并未优化到能量最低的结构,sob老师帖子帮助收敛的方法几乎也都试了,还是优化不出来(l9999报错)。麻烦老师帮我看一下还可以尝试什么方法?

try153.gjf

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发表于 Post on 2019-10-31 14:01:58 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2019-10-31 14:14:51 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-10-31 14:02
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

多谢!!

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发表于 Post on 2019-10-31 20:26:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2019-10-31 20:30 编辑

老师,做BOMD有几个问题请教您:Q1,我想探索吸附体系在300K温度下的稳定性,那么是采用IOP(1/82=300)还是temperature=300来设置温度?Q2,step size的默认值是0.25 amu1/2*Bohr,这个和ADMP的单位相比不再是时间单位,那么MD模拟的总时间是否就无法设定?Q3,Gaussian手册介绍Update=n这样表述:using updates for n gradient points before doing a new analytic Hessian,我的理解是每N个构型更新Hessian,不知道是否正确,默认值为多少.Q4,BOMD的默认步数应该是100步吧,但是文献却说:“the trajectories are terminated when the centers of mass of the fragments were 10 bohr apart.”,这句话是说研究的片段相隔5埃就停止?那么这个是人为观测吧,输入文件应该不可以这么设定吧。还请sob老师给学生解惑,谢谢。

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发表于 Post on 2019-11-1 01:46:46 | 只看该作者 Only view this author
因為優化後仍然出現小虛頻, 所以把 int 調成 superfine 來完成優化和 freq 計算。我可以用這個結構, 做單點能量時換回 ultrafine 嗎? (因為除了這個之外, 其他分子都是用 ultrafine)。謝謝

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 07:18:26 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2019-11-1 01:46
因為優化後仍然出現小虛頻, 所以把 int 調成 superfine 來完成優化和 freq 計算。我可以用這個結構, 做單點 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 07:19:54 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-10-31 12:06
请问各位,Gaussian用B3LYP计算氢原子的单点能任务,给出总能量基本是-0.5 Hartree没有问题,但是为什么alp ...

HF给出的氢原子的能量是精确的,轨道能量此时就是总能量
B3LYP下的总能量并不是轨道能量,你得额外算交换相关泛函积分
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-1 07:22:14 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-10-31 20:26
老师,做BOMD有几个问题请教您:Q1,我想探索吸附体系在300K温度下的稳定性,那么是采用IOP(1/82=300)还 ...

Gaussian跑AIMD不好用,尤其是热浴这方面太垃圾,连berendsen这种常用的都不支持,我都基本弃了。我建议你用ORCA来跑,速度快很多,AIMD用着还方便,现在Multiwfn已经可以直接产生ORCA的BOMD任务的输入文件了,之后自己改一下温度、步数就行了,下文提了
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html

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发表于 Post on 2019-11-1 08:13:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-1 07:19
HF给出的氢原子的能量是精确的,轨道能量此时就是总能量
B3LYP下的总能量并不是轨道能量,你得额外算交 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-11-1 08:42:20 | 只看该作者 Only view this author

求助:关于Gaussian计算出现l9999错误

本帖最后由 xiaoyuge 于 2019-11-1 08:50 编辑

本人按照http://sobereva.com/314的方法计算分子的荧光 先用小机组#p opt freq 6-31g(d) guess=save geom=connectivity pbe1pbe优化了三个构型的分子模型后选出一个稳定的1-1,sob老师说加入溶剂模型,然后用1-1的out文件基础上大基组+溶剂模型计算   #p 6-311g(d) pbe1pbe em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=water) guess=save geom=connectivity 结果出现 l9999错误得到1-1‘’,我就直接在Gaussian09D01-win上link die的窗口直接点了运行按钮,重新设定了一个输出文件名           我想问两个问题 1.我这个操作是正确的吗    因为之前的只算opt,拿着out文件继续算  没有这样操作过  不知道对不对  2  我是不是开始就不应该在1-1的基础上算,因为另一个作为对比的化合物2就没有进行小基础优化 直接大基组+溶剂模型就顺利算好了

1-1.gjf

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out文件太大 无法上传我就把input传上来

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发表于 Post on 2019-11-1 08:46:52 | 只看该作者 Only view this author
我查 了l9999错误是没有优化好   有说要继续优化  但是这是opt+freq的out文件  之前常识用out续算总是报错   是不是一开始就不该在小基组的基础上做  还是什么别的原因

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