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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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10021#
发表于 Post on 2019-10-25 21:50:45 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我通过View构建了一个溶质和溶剂的分子,二者之间存在氢键的作用,然后采用M06-2X/6-311G**进行优化,不知道选择的对不对?

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10022#
发表于 Post on 2019-10-25 22:17:08 | 只看该作者 Only view this author
请问老师两个问题:
1. H2与A之间吸附能很小,但电子转移较多,使得H2键长被拉长较大,请问老师这时能说H2被很好的活化了吗?文献中都是先以吸附能大小为先决条件,这种吸附能小键长拉长得多的例子该如何分析?
2.第五周期的主族元素,例如锑,gaussian09中对于锑所采用的基组,关键词直接写SDD,请问得到的结果能用于波函数分析吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-26 04:11:45 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-10-25 22:17
请问老师两个问题:
1. H2与A之间吸附能很小,但电子转移较多,使得H2键长被拉长较大,请问老师这时能说H2 ...

1 根据后续反应势垒高低判断。或许这类活化问题有一些经验性的规律,但我没怎么注意过。

2 不适合。Gaussian自带的SDD对于主族都是大核赝势,而波函数分析应当用小核赝势,看《在赝势下做波函数分析的一些说明》(http://sobereva.com/156)。建议你用def2系列,对于Sb用的是小核赝势,或者去Stuttgart赝势官网上拷Sb的小核赝势版本
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-26 04:14:49 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-10-25 21:50
请问老师,我通过View构建了一个溶质和溶剂的分子,二者之间存在氢键的作用,然后采用M06-2X/6-311G**进行 ...

合适。一般同时带上隐式溶剂模型表现周围溶剂环境。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-26 04:16:32 | 只看该作者 Only view this author
wwwjjj 发表于 2019-10-25 20:37
老师您好,通过这两天的提问我大致总结了我的计算激发态;对于一个分子,我先将其0 3结合# B3LYP/6-311g(d) ...

你都没写opt,怎么优化的T2和T3?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-26 04:17:08 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2019-10-25 20:25
老师您好,初学linux版的ORCA,用的超算中心的服务器,并行问题还没解决,单核也发现同一个inp会在不知道什 ...

说不清楚。这得问超算的管理员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-26 04:18:43 | 只看该作者 Only view this author
haos314 发表于 2019-10-24 19:50
老师您好!想用ORCA计算阴离子单点能,关键词这么写对吗?
! PWPB95 D3 ma-def2-QZVPP def2/J def2-QZVPP/ ...

不对
加了ma-之后就不能用原先的辅助基组了,应当把辅助基组去掉,写上autoaux自动生成辅助基组

你可以用Multiwfn自动产生ORCA的输入文件,最新版本里有个-2 Toggle adding diffuse functions选项,选择一次将之状态切换成Yes,再选择计算级别,就会产生恰当的带弥散函数的情况下的输入文件了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-26 04:21:09 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-10-25 06:40
请问老师3个问题:
1.文献上说的“spin-resolved density”,请问加了resolved代表什么意思?
2.平时说的 ...

1 应该就是指单独讨论alpha密度和beta密度,即区分了自旋
2 看具体情况,有的时候适合用CDA,看
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
有的时候适合用NBO的E2讨论

3 没有叫做“电荷密度等势面图”的东西,只能说电子密度等值面。
电子密度等值面没法用来讨论反应位点,除非你把两个状态的电子密度求差,获得福井函数,考察福井函数的等值面

仔细看下述资料了解基础知识和实际怎么判断
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml)、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction(https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7
2 幻灯片:Predicting reactive sites(http://sobereva.com/234
3 Multiwfn手册4.A.4节
4 概念密度泛函综述和重要文献合集:http://bbs.keinsci.com/thread-384-1-1.html
5 使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-26 04:23:14 | 只看该作者 Only view this author
vickywu 发表于 2019-10-25 09:27
老师您好,想请教您一下,我用TS找过渡态,关键词为# OPT(TS,CALCFC,NOEIGEN) B3LYP/6-31G** ,结果一直是 ...

提问里不要只说“报错”,要说报了什么错,否则没有提供任何有效信息

这种简单的问题直接做个柔性扫描帮助你确定合适的初猜结构就完了,仔细看
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

另见
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html
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发表于 Post on 2019-10-26 08:36:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-26 04:11
1 根据后续反应势垒高低判断。或许这类活化问题有一些经验性的规律,但我没怎么注意过。

2 不适合。Ga ...

谢谢老师,
1.之前做的都是吸附能越大,电子转移越多导致H_H键拉长的越长,难道有些体系的电子转移与吸附能之间关系不大?
2.就是说对于锑,Gaussian直接写SDD不能用于波函数分析,需要去几组库下载小核版,而Gaussian直接写def2svp可以用于波函数分析,对吗?

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发表于 Post on 2019-10-26 12:33:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-10-26 04:21
1 应该就是指单独讨论alpha密度和beta密度,即区分了自旋
2 看具体情况,有的时候适合用CDA,看
使用Mu ...

谢谢老师,
1.我看过了“谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算”,博文中的自旋密度是Alpha电子密度 - Beta电子密度,请问老师文献上说的“spin-resolved density”单独讨论alpha密度和beta密度有什么优势吗?
2.请问老师有关于NBO的E2讨论这种成键、反键分子轨道填充或失去电子的例子吗?

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发表于 Post on 2019-10-26 21:39:14 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,如果我用通过高斯结构优化来判断两个分子之间有没有形成氢键,我应不应该在画分子结构的时候把两个分子通过虚线的键连起来再优化?优化的基组 0 2 结合# opt b3lyp/6-311g scrf(solvent=water) nosymm 对吗 ?(先前这样优化,开始就直接报错了)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-27 01:06:40 | 只看该作者 Only view this author
wwwjjj 发表于 2019-10-26 21:39
老师您好,如果我用通过高斯结构优化来判断两个分子之间有没有形成氢键,我应不应该在画分子结构的时候把两 ...

键连关系完全不影响量化计算结果,这属于最基本常识

有没有形成氢键,在Gaussian优化后,用Multiwfn做一下NCI或IGM分析立马就能看出来,看
使用Multiwfn做NCI分析展现分子内和分子间弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av71561024
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

除非你的体系是自由基,否则不可能自旋多重度为2

你的计算级别完全是搞笑的,结果毫无意义。仔细看这些了解弱相互作用计算常识
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

此文更是必看,否则之后你做的99%的计算可能完全是白费时间
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

写nosymm完全多余,什么时候才有必要用仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-27 01:08:44 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-10-26 08:36
谢谢老师,
1.之前做的都是吸附能越大,电子转移越多导致H_H键拉长的越长,难道有些体系的电子转移与吸 ...

1 对同类体系才可能有这样的关系。而且也可能有别的机制影响吸附能,而不仅仅是这种向H2反键轨道的超共轭作用

2 是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-27 01:09:28 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-10-26 12:33
谢谢老师,
1.我看过了“谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算”,博文中的自旋密度是Al ...

1 若没有特殊理由,不需要把alpha和beta单独考虑
2 NBO分析资料汇总 http://bbs.keinsci.com/thread-102-1-1.html
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