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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-11-11 11:42:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-11 11:18
CAM-B3LYP不能用,根本不是用于这类问题的
基组用aug-cc-PVDZ-PP太差,才2-zeta。配体用ma-TZVP,金属用 ...

谢谢老师回复
对金属原子不用加弥散么,aug-cc-PVTZ-PP+6-311++G**怎么样,前面优化用的6-31G**,所以对配体不想换其他组的基组了
ma-def2-TZVP有点大来着,加起来120原子,还要算几十组
麻烦老师了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-11 12:20:10 | 只看该作者 Only view this author
柒月小鱼 发表于 2019-11-11 11:42
谢谢老师回复
对金属原子不用加弥散么,aug-cc-PVTZ-PP+6-311++G**怎么样,前面优化用的6-31G**,所以对 ...

金属不用带弥散,3-zeta就够。诸如DFT-D3原文里W表面吸附那个也没加弥散,直接用的def2-TZVP
ma-def-TZVP比ma-def2-TZVP小多了
ma-def2-TZVP比aug-cc-PVTZ-PP更是小得多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-11-11 15:19:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-11 12:20
金属不用带弥散,3-zeta就够。诸如DFT-D3原文里W表面吸附那个也没加弥散,直接用的def2-TZVP
ma-def-TZV ...

每次遇到问题 总是要sob老师说可以,我才肯定,继续下去

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发表于 Post on 2019-11-12 16:14:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shalene 于 2019-11-12 16:29 编辑
sobereva 发表于 2019-11-11 11:17
BLYP绝对不能用,必须加色散校正
加了之后还可以。但如果是Gaussian,不如用耗时相同的B3LYP-D3(BJ);如 ...

谢谢社长。
d3校正属于默认,都不用提了。

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发表于 Post on 2019-11-12 20:11:39 | 只看该作者 Only view this author
老师,最近拜读了您的关于高斯里面DOS图的画法,想请教您这个DOS图如何具体的分析。下图是我在origin里面做的DOS图。

微信截图_20191112200901.png (24.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

微信截图_20191112200901.png

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发表于 Post on 2019-11-13 19:30:57 | 只看该作者 Only view this author

PBEPBE/def2TZVPP 502问题求助

大神们,求助如下问题:我用高斯优化Ga团簇(Ga为31号元素),PBEPBE/def2TZVPP方法,Ga6和Ga7团簇都可以成功优化,为什么Ga4团簇却出现502的问题?PBEPBE/6-311+g(d)也出现相同的问题。

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发表于 Post on 2019-11-13 20:44:09 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-13 21:39:47 | 只看该作者 Only view this author
lx506173258 发表于 2019-11-13 19:30
大神们,求助如下问题:我用高斯优化Ga团簇(Ga为31号元素),PBEPBE/def2TZVPP方法,Ga6和Ga7团簇都可以成 ...

解决SCF不收敛问题的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-13 21:41:05 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2019-11-12 20:11
老师,最近拜读了您的关于高斯里面DOS图的画法,想请教您这个DOS图如何具体的分析。下图是我在origin里面做 ...

和我博文里说的分析一样。只不过alpha和beta分别讨论

很容易就能搜到一堆分析了DOS的文章可参考,比如
RSC Adv., 7, 36038 (2017)
Phys. Chem. Chem. Phys., 19, 23373 (2017)
J. Phys. Chem. A, 121, 4009 (2017)
Struct. Chem., 28, 1935 (2017)
Nat. Comm., 8, 14551 (2017)
J. Phys. Chem. C, 119, 8349 (2015)
J. Inorg. Organomet. Polym., 25, 1502 (2015)
J. Mater. Sci., 52, 9739 (2017)
Synthetic Metals, 226, 129 (2017)
J. Mol. Model., 23, 316 (2017)
AIP Adv., 6, 125123 (2016)
Int. J. Quant. Chem., 117, e25449(2017)
Comput. Theor. Chem., 1115, 335 (2017)
Comput. Theor. Chem., 1117, 1 (2017)
Eur. J. Chem., 24, 17046 (2018)
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发表于 Post on 2019-11-13 23:06:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 elvisng 于 2019-11-13 23:37 编辑

请问一下,最近找了几个过渡态,明明过程有成键,但虚频很小,只有約 30 cm-1。跑 IRC 确实能跑到原料和产物。请问这么小的虚频过渡态是常见的吗?只要IRC 能连接原料和产物,是不是就可以?已附上IRC log 文件


谢谢


Z_IRC1.rar

354.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

IRC with small imaginary freq

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发表于 Post on 2019-11-14 21:56:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,想向您请教一个问题。就是我想证明一个底物与手性催化剂反应是没有立体选择性的,算了这个底物与催化剂反应的两个过渡态结构,发现两个过渡态的E相差0.03,G相差了0.9,我们是应该看哪个能量呢?E和G能量为什么会差这么多?能说明这两个结构是一样的吗?我用的b3lyp-d3/6-31g(d)优化的结构,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-15 00:32:18 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-11-14 21:56
sob老师好,想向您请教一个问题。就是我想证明一个底物与手性催化剂反应是没有立体选择性的,算了这个底物 ...

注意要写清楚单位
牵扯到自由能热校正量、溶解自由能,很多情况相差大不是稀奇的事,前提是你的计算方式正确,溶剂下G的正确计算方式在此文末尾有例子
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-15 00:36:08 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2019-11-13 23:06
请问一下,最近找了几个过渡态,明明过程有成键,但虚频很小,只有約 30 cm-1。跑 IRC 确实能跑到原料和产 ...

鉴于IRC在TS附近非常平坦,如果你确实是在IRC最高点在当前级别下计算出来虚频就是30 cm-1,那结果没问题。也可以尝试用其它也靠谱的计算级别也算算,心里更有数。
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发表于 Post on 2019-11-15 16:48:09 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师好 有个问题比较困惑
审稿人建议我分析并做“changes in electronic densities”,这个是否是您在《使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征》里提到的激发态与基态的密度差CDD (charge density difference)呢?如果不是,这两者有什么区别呢?

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发表于 Post on 2019-11-16 12:19:55 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,怎么判断第一激发态、第二激发态对应的是nπ*还是ππ*跃迁?我看到文献里有写,通过键长的改变或HOMO、LUMO的电子云就能判断,但是不是很懂这个判断的原理,请问老师这个有系统的判断方式么?

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