计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

93

帖子

0

威望

665

eV
积分
758

Level 4 (黑子)

10306#
发表于 Post on 2019-12-19 15:13:30 | 只看该作者 Only view this author

求助!频率文件分析问题

各位老师好,我在做频率分析的时候,得到的log文件如下图,请问在频率振动模式下面对应的AG和AU分别是什么意思,对计算结果是否会产生影响?ps:以往计算结果振动模式下为A




6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10307#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 15:30:45 | 只看该作者 Only view this author
吕安琪 发表于 2019-12-19 15:13
各位老师好,我在做频率分析的时候,得到的log文件如下图,请问在频率振动模式下面对应的AG和AU分别是什么 ...

那是振动模式的不可约表示
你对不可约表示不关心就不用理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10308#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 15:37:49 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2019-12-18 21:06
sob老师,我最近读到一篇文献,计算了non-adiabatic coupling vs frequency

想请教sob老师,这个non-adi ...

完全是两码事。
这个图只是直观地体现各个振动模式的非绝热耦合数值而已
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10309#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 15:38:42 | 只看该作者 Only view this author
duoruimi 发表于 2019-12-18 08:34
相同的原子数,但是结构不同,有的结构scf20步就收敛了,有的快60步了 还不收敛。什么原因呢 ?

数值巧合,也有一些必然性作祟(诸如含过渡金属体系的通常都比有机体系更难收敛等)
仔细看此文
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10310#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 15:40:07 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2019-12-17 22:34
老师您好,我想尝试用orca的zindo/s来计算一个很大体系的激发态,但是最后报错说The lambda equations have ...

ZINDO计算时原理上没法考虑SOC

尝试用Gaussian的ZINDO
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10311#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 15:45:04 | 只看该作者 Only view this author
duoruimi 发表于 2019-12-18 17:58
老师,再问一下:用kisthelp看热力学校正时,不用oniom方法的电子能数据与log文件一致;而用oniom方法的电 ...

kisthelp此时无法正确判断要读的数据。自行把输出文件中ONIOM实际外推的能量写入kisthelp的kinp文件中,并将kinp作为输入文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10312#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 15:55:14 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2019-12-18 21:11
Sob老师,我在stuttgart官网上找到了Pu元素的赝势,但是没有MDF,只有MHF和一系列ECPnMWB,如图所示。那么 ...

那就直接考虑旋轨耦合,别用旋轨势了(旋轨势和赝势是两码事,不叫“SO赝势”)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

10313#
发表于 Post on 2019-12-19 18:27:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-19 15:55
那就直接考虑旋轨耦合,别用旋轨势了(旋轨势和赝势是两码事,不叫“SO赝势”)

首先感谢Sob老师耐心解答
1. 您所说的直接考虑旋轨耦合、不用旋轨势是不是指用全电子基组做自旋轨道耦合?我用的是molpro,不是molcas,好像没有这个功能:(

2. 今天刚好找到一篇文章,用molpro的MCSCF计算Pu化合物的(Inorg. Chem. 2013, 52, 24, 14237-14245),文献中提到用了ECP60MWB_GUESS赝势基组,并通过什么“two-component spin-orbit coupling form”和什么“state-interacting / SO 技术”考虑旋轨耦合。
ps: 其实,我没看懂:(  只要涉及到SO我就晕
请问,这里面提到的方法是不是像考虑标量相对论似的,用了ECP基组和赝势,并且在molpro软件里通过state-interacting方法考虑旋轨耦合?您上次说的用MDF旋轨势是不是用所谓的four-component方法?二者在精度上是不是有一定的区别?如果可以的话,这种two-component方法也可以退而求其次的替代four-component方法?

3. 还是这篇文章,那个所谓的state-interacting/SO方法,我不是第一次见到,请问这是MRCI还是CASPT2?

十分感谢Sob老师,由于大家都做DFT、很少有人做MCSCF/MRPT/MRCI,所以能够请教的人很少。
谢谢


图片1.png (197.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图片1.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10314#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-19 18:40:22 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2019-12-19 18:27
首先感谢Sob老师耐心解答
1. 您所说的直接考虑旋轨耦合、不用旋轨势是不是指用全电子基组做自旋轨道耦合 ...

1 哈密顿里直接考虑旋轨耦合算符

2、3 你对相对论计算理解太混乱。这里没时间详细给你讲。
state-interacting就是先在不考虑相对论效应下做计算得到各个态,然后把旋轨耦合算符引入原先的非相对论哈密顿算符里,此时原先的各个态就不是当前算符的本征函数了,重新对角化一下以它们作为基的当前哈密顿矩阵,得到的各个本征态就是考虑了旋轨耦合之后的波函数,本征值就是考虑了旋轨耦合之后的态的能量。
state-interacting因此是指具体怎么纳入SO效应的影响,和用什么理论方法(怎么定义原本的非相对论的哈密顿)是两个层面的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

10315#
发表于 Post on 2019-12-19 19:36:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2019-12-19 19:53 编辑
sobereva 发表于 2019-12-19 18:40
1 哈密顿里直接考虑旋轨耦合算符

2、3 你对相对论计算理解太混乱。这里没时间详细给你讲。

感谢Sob老师精彩解答,这下比以前明白了
实现state-interacting / SO是不是可以这样:
1 构造活性空间计算casscf
2 caspt2计算各个态的能量
3 引入旋轨耦合算付,并将其中的对角元换成caspt2下的能量,重新计算得到最终SO能量

另外,请问您写过关于相对论效应特别是旋轨耦合方面的大作吗?拜读一下

谢谢老师

11

帖子

0

威望

348

eV
积分
359

Level 3 能力者

10316#
发表于 Post on 2019-12-19 20:39:03 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,我想比较由相同单元组成的、不同大小的环的张力,如果想计算无限大环中一个单元的能量,是否可以建立一个由该单元组成的一维PBC模型进行计算?使用PM6计算结果可用吗,仅涉及C、H、O、N

33

帖子

0

威望

221

eV
积分
254

Level 3 能力者

10317#
发表于 Post on 2019-12-20 11:03:51 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我计算的分子比较大,但在Linux的服务器上算出来了,其中的.chk文件很大,我将它转化为.fchk文件时出现了下面的错误,这个时候我是应该更改.gif中的%mem=8GB重新计算吗?
[zyguo@ZAKU en-wyh]$ /home/zyguo/bin/g09/g09D01/g09/formchk EPO-CTFDPA-CTF.chk
Read checkpoint file EPO-CTFDPA-CTF.chk
Write formatted file EPO-CTFDPA-CTF.fchk
Out-of-memory error in routine FChkPn-MO (IEnd=      40910689 MxCore=      33554432)
Use %mem=40MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e at Fri Dec 20 10:47:58 2019.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 0000000000695fc8, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000006c71, rsp 00007fff4473f6a8, rbp 00007fff4473f700
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000006c71, r8  00002b88e3d27780
   r9  0000000000000000, r10 00007fff4473f270, r11 0000000000000202
   r12 00007fff44740b60, r13 000000000068910a, r14 0000000000000002
   r15 0000000000000000
  --- traceback not available
Aborted (core dumped)

44

帖子

0

威望

517

eV
积分
561

Level 4 (黑子)

10318#
发表于 Post on 2019-12-20 11:32:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-19 15:40
ZINDO计算时原理上没法考虑SOC

尝试用Gaussian的ZINDO

感谢老师的解答,我再去研究一下。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10319#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-20 12:54:22 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2019-12-20 11:03
请问sob老师,我计算的分子比较大,但在Linux的服务器上算出来了,其中的.chk文件很大,我将它转化为.fchk ...

改GAUSS_MEMDEF,看此文里的相关说明
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://sobereva.com/481http://bbs.keinsci.com/thread-13140-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10320#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-20 12:55:12 | 只看该作者 Only view this author
jingnan2019 发表于 2019-12-19 20:39
Sob老师您好,我想比较由相同单元组成的、不同大小的环的张力,如果想计算无限大环中一个单元的能量,是否 ...

可以用PBC
PM6太垃圾
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 02:31 , Processed in 0.251917 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list