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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-1-2 14:14:04 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,做表面静电势图的时候图中出现阴影(标记部位),这种情况该如何解决呀?

vmdscene.jpg (167.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

vmdscene.jpg

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发表于 Post on 2020-1-2 17:26:13 | 只看该作者 Only view this author

两性氨基酸分子自旋多重度确定问题

老师您好
    我在模拟一个隐式水溶剂下两性氨基酸分子的时候对自旋多重度的设定存在疑问,我认为两性氨基酸分子整体不带电,所以电荷设为0,同时它也没有成单电子,所以我将自旋多重度设为1.想请问一下老师这样的设置是否合理?

两性氨基酸.png (21.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

两性氨基酸.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 18:40:08 | 只看该作者 Only view this author
陌上花开小伟 发表于 2020-1-2 17:26
老师您好
    我在模拟一个隐式水溶剂下两性氨基酸分子的时候对自旋多重度的设定存在疑问,我认为两性氨基 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 18:40:52 | 只看该作者 Only view this author
ssfm 发表于 2020-1-2 14:14
老师您好,做表面静电势图的时候图中出现阴影(标记部位),这种情况该如何解决呀?

用tachyon渲染一下再看看。如果还有,在display - material里稍微调整一下当前用的材质的定义看看能否避过去
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 18:44:05 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2019-12-30 23:06
Sob老师好,本人有机基础不牢,请教个可能比较基础的问题哈;在CASSCF选择活化空间时,羰基氧原子有两对孤 ...

名义上是有两个n轨道,但是MO往往呈显著离域性,导致难以确定对应n轨道的MO
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 18:46:19 | 只看该作者 Only view this author
天道啊啊 发表于 2020-1-2 12:11
老师您好,我最近在用 ORCA算体系130多原子的弱相互作用。目前我的思路是B3LYP D3BJ def2-TZVP 作构型优化 ...

1 可以
2 都加
3 算单点当然理应级别高于优化的级别。用PW6B95-D3或M062X-D3没问题,但还不如用wB97M-V,这是目前算弱相互作用精度最好的泛函,比你说的那两个都强(缺点是没有解析梯度,所以不适合优化)
4 对于这样中等偏大的体系,这个级别完全不水。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 18:48:25 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2019-12-29 10:37
164个原子,限制性优化,频率分析时报错。
#p opt=(gdiis,modredundant,calcfc) freq b3lyp def2svp em=g ...

这不是报错
出现这种提示通常是因为内存给得太小,而相对来说核数又给得太多,导致不得不自动降低并行线程数

一般没必要
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 18:56:15 | 只看该作者 Only view this author
PhoenixYeti 发表于 2019-12-28 16:23
老师,请问如何计算环状分子环上某个键键解离能?是不是用opt freq计算开环后双自由基和原分子,将所得焓相 ...

看具体体系。一般来说可以这样做。

对于C-C键键解离能,一个很好很方便的做法是用拉普拉斯键级来估算,看我https://doi.org/10.26434/chemrxiv.11320130这篇文章里"Other molecular properties"那一节的例子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 18:58:47 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-12-26 09:13
老师,频率计算中光谱这个选项出现的图,两个纵坐标分别是什么物理量

看着里面的原理介绍
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

gview的IR图右边的坐标严重莫名其妙,不要管
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 19:00:39 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2019-12-25 16:11
sob老师您好,请问用GaussView或者别的软件,能看HOMO、LUMO两个轨道的分子骨架的变化么?比如说,看一个分 ...

你对杂化的认识不正确。

和你表达的意思最接近的做法是用Multiwfn计算各个分子轨道上由N原子的各个原子轨道贡献的百分比,计算过程看
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 19:01:08 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2019-12-29 10:28
体系有160-200个原子,使用def2-SVP基组进行键旋转柔性势能面扫描,然后提到势能面上各点结构使用def2-TZVP ...

原理上没有问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-2 19:23:03 | 只看该作者 Only view this author
郭德来 发表于 2020-1-2 08:32
我的过渡态猜的是否错误

过渡态无问题

当前情况是老生常谈的IRC问题,加大步长再试。原因下文说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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发表于 Post on 2020-1-2 19:50:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-2 18:40
用tachyon渲染一下再看看。如果还有,在display - material里稍微调整一下当前用的材质的定义看看能否避 ...

谢谢老师的耐心回复

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发表于 Post on 2020-1-2 19:56:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-1-2 18:46
1 可以
2 都加
3 算单点当然理应级别高于优化的级别。用PW6B95-D3或M062X-D3没问题,但还不如用wB97M-V ...

感谢!

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发表于 Post on 2020-1-2 20:49:24 | 只看该作者 Only view this author

Dmol3如何做分子模拟

想寻找一个结构的最稳定构型,老师说用dmol3做分子模拟,请问各位大佬有相关经验吗?

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