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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-12-20 16:44:40 | 只看该作者 Only view this author

gaussian计算带电态

本帖最后由 樱花崖下 于 2019-12-20 16:44 编辑

小白一枚,请教各位大神,我想一篇文献中的一个带电态结构的HOMO、LUMO能级,直接改成(+1 2),gaussian不认,不能计算,请问我应该怎么输入?感激不尽。。。
PS:不+卤素,只计算三亚上N带一个正电荷。

微信图片_20191220163436.png (22.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-20 17:31:23 | 只看该作者 Only view this author
要么结构画错了,要么电荷或者自旋多重度没设对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-12-20 17:50:31 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好!我的体系总共20个原子,包含C/H/O/N原子,做的是OPT=TS。我先用Ub3lyp/6-31++g(d,p)做OPT=TS和freq,之后想用CCSD(T)/aug-cc-pvtz计算单点能。有几个问题想问一下:
1.不知道结构优化和单点能分别用不同的基组行不行?
2.20个原子用CCSD(T)/aug-cc-pvtz算单点能的话大概得多长时间,我提交了7个任务,算了2天了。有几个已经10个小时没动了,但是还没结束。是不是还在算或者已经停了?

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发表于 Post on 2019-12-21 15:17:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hanmingxi 于 2019-12-21 15:55 编辑
sobereva 发表于 2019-12-20 12:54
改GAUSS_MEMDEF,看此文里的相关说明
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://sobereva.co ...

明白了,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2019-12-21 17:25:41 | 只看该作者 Only view this author

[求助]关于Cl-N-O*优化的问题

本帖最后由 Razn 于 2019-12-21 19:10 编辑

求助:R1R2N-NCl-O*和R1R2N-N*-OCl结构优化
输入文本见附件,优化过程采用(SMD)/M062X/6-311G*
为何优化后N-Cl和O-Cl断键,具体原因是,如何保证其键连接?或者不能连接的理由。
请各位大佬不吝赐教

NCl-O*输出:

N*-OCl输出:

NDMA.gjf (818 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3) NDMA.gjf (808 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2019-12-21 19:24:02 | 只看该作者 Only view this author
《谈谈原子间是否成键的判断问题》
http://sobereva.com/414
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-22 00:27:47 | 只看该作者 Only view this author
Razn 发表于 2019-12-21 17:25
求助:R1R2N-NCl-O*和R1R2N-N*-OCl结构优化
输入文本见附件,优化过程采用(SMD)/M062X/6-311G*
为何优化 ...

《谈谈原子间是否成键的判断问题》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-22 00:29:13 | 只看该作者 Only view this author
Luffy-D-M 发表于 2019-12-20 17:50
Sob老师,您好!我的体系总共20个原子,包含C/H/O/N原子,做的是OPT=TS。我先用Ub3lyp/6-31++g(d,p)做OP ...

1 当然可以,仔细看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html

2 别等了,根本没戏,除非体系有高对称性而且机子极好
非要用类似CCSD(T)去算就用ORCA做DLPNO-CCSD(T),看
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
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发表于 Post on 2019-12-22 12:23:22 | 只看该作者 Only view this author
sob 老师,我最近做S0和T1之间的vibronic electron coupling,计算结果显示

这是因为基态和T1结构变化大原因吗?这种错误怎么解决。
感谢sob老师的帮助

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-22 19:37:56 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2019-12-22 12:23
sob 老师,我最近做S0和T1之间的vibronic electron coupling,计算结果显示

这是因为基态和T1结构变化大 ...

不知道。可以问官方客服
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发表于 Post on 2019-12-23 09:51:48 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问gaussian输出这个报错应该怎么解决?输入 输出

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发表于 Post on 2019-12-23 14:59:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-22 00:29
1 当然可以,仔细看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387(http://bbs.ke ...

好的,谢谢Sob老师!!好像是真的没戏了这个方法,今天几个任务都结束了,但是不知道哪里错了。我把输出文件发上来,您帮忙看一下。实在不行我就换个方法基组。

2-aug-1.log

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3-aug-1.log

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发表于 Post on 2019-12-23 15:05:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-22 00:29
1 当然可以,仔细看
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387(http://bbs.ke ...

这是出错文件,老师

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发表于 Post on 2019-12-23 17:23:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-19 15:45
kisthelp此时无法正确判断要读的数据。自行把输出文件中ONIOM实际外推的能量写入kisthelp的kinp文件中, ...

sob老师,谢谢您的回复!按您的方法发现,改写kinp文件后自由能校正值与不改写是一样的。是不是说明kisthelp不能正确判断oniom方法电子能数据,但能正确校正自由能数据?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-23 18:43:39 | 只看该作者 Only view this author
duoruimi 发表于 2019-12-23 17:23
sob老师,谢谢您的回复!按您的方法发现,改写kinp文件后自由能校正值与不改写是一样的。是不是说明kisth ...

kisthelp读电子能量是从kinp里直接读的(如果你的输入文件是Gaussian输出文件,会自动先转成kinp),而热力学校正量是从kinp里的频率等信息转化出来的。搞清楚原理你自然就明白是怎么回事了
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