简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-23 18:44:08

yiwei 发表于 2019-12-23 09:51
老师，请问gaussian输出这个报错应该怎么解决？输入输出

光贴这种信息毫无意义
前面的才是重点。说不清楚就上传压缩后的输出文件

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-23 18:46:17

Luffy-D-M 发表于 2019-12-23 14:59
好的，谢谢Sob老师！！好像是真的没戏了这个方法，今天几个任务都结束了，但是不知道哪里错了。我把输出 ...

机子太差，算不动。这种级别就算极好的机子算起来也非常困难。要么用改用双杂化，要么改用ORCA算DLPNO-CCSD(T)，

绝对不要用cpcm，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

Luffy-D-M · 发表于 Post on 2019-12-23 19:11:30

sobereva 发表于 2019-12-23 18:46
机子太差，算不动。这种级别就算极好的机子算起来也非常困难。要么用改用双杂化，要么改用ORCA算DLPNO-CC ...

嗯嗯，非常感谢老师，那我还是换双杂化吧。您这篇文章我看过了，但是我之前所有的结构优化都用的CPCM，之前不知道，现在再改就来不及了，以后我会注意的。

Luffy-D-M · 发表于 Post on 2019-12-23 21:51:59

498746012 发表于 2016-1-29 16:19
各位量化前辈：
好！能不能请教你们一个问题：一般找到的过渡态的优化曲线能量都是下降的，最后收 ...

你好！我也出现过和你一样的情况，看Sob老师给的答案，好想和你说你不一样，你说的是优化过渡态两边的点的图，而老师说的是过渡态的图。我也想知道这种情况是为什么？你找到答案了吗？

yyf · 发表于 Post on 2019-12-23 22:10:23

请问老师，我用xTB和ORCA的DFT方法计算同一个氨基酸的基态优化加频率，为什么xTB输出的最终能量跟ORCA输出的能量差距会这么大，后面算的大分子的结果也是差的很多，请问这是什么原因，我看的能量的单位也是一致的。

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-24 00:00:38

yyf 发表于 2019-12-23 22:10
请问老师，我用xTB和ORCA的DFT方法计算同一个氨基酸的基态优化加频率，为什么xTB输出的最终能量跟ORCA输出 ...

不同理论级别比较总能量没意义，更何况GFN-xTB理论不考虑内核电子

Abandon-fmt · 发表于 Post on 2019-12-25 16:11:33

本帖最后由 Abandon-fmt 于 2019-12-25 16:16 编辑

sob老师您好，请问用GaussView或者别的软件，能看HOMO、LUMO两个轨道的分子骨架的变化么？比如说，看一个分子中的N原子，在HOMO、LUMO、LUMO+1等轨道上的杂化类型是否相同。

刘小英雄steven · 发表于 Post on 2019-12-26 09:13:40

老师，频率计算中光谱这个选项出现的图，两个纵坐标分别是什么物理量

PhoenixYeti · 发表于 Post on 2019-12-28 16:23:04

老师，请问如何计算环状分子环上某个键键解离能？是不是用opt freq计算开环后双自由基和原分子，将所得焓相减？谢谢

hzfish · 发表于 Post on 2019-12-29 10:28:36

体系有160-200个原子，使用def2-SVP基组进行键旋转柔性势能面扫描，然后提到势能面上各点结构使用def2-TZVP进行单点计算，这么处理合理吗？有没有必要？
谢谢！

hzfish · 发表于 Post on 2019-12-29 10:37:47

164个原子，限制性优化，频率分析时报错。
#p opt=(gdiis,modredundant,calcfc) freq b3lyp def2svp em=gd3bj int=ultrafine。
Minotr:  Closed shell wavefunction.
      IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
      IDoAtm=111111
      Direct CPHF calculation.
      Differentiating once with respect to electric field.
            with respect to dipole field.
      Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
      Requested convergence is 1.0D-08 RMS, and 1.0D-07 maximum.
      Secondary convergence is 1.0D-12 RMS, and 1.0D-12 maximum.
      NewPWx=T KeepS1=F KeepF1=F KeepIn=T MapXYZ=F SortEE=F KeepMc=T.
      MDV= 5905579008 using IRadAn=    1.
Generate precomputed XC quadrature information.
Keep R1 ints in memory in canonical form, NReq=5676897549.
FoFCou: FMM=F IPFlag=          0 FMFlag=          0 FMFlg1=          0
      NFxFlg=          0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
      wScrn=  0.000000 ICntrl=    600 IOpCl=  0 I1Cent=          0 NGrid=
      0
      NMat0= 1 NMatS0= 106030 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT
0= 0
Symmetry not used in FoFCou.
      Solving linear equations simultaneously, MaxMat=    0.
CalDSu:  requested number of processors reduced to:  12 ShMem 1 Linda.

不能够超过12核？
以前一直使用16核，没有遇到过该问题。

另外问题，对分子结构进行限制性优化是不是没有必要进行频率计算，通常情况下会有虚频。

谢谢！

函数与激情 · 发表于 Post on 2019-12-30 23:06:07

本帖最后由函数与激情于 2019-12-31 07:21 编辑

Sob老师好，本人有机基础不牢，请教个可能比较基础的问题哈；在CASSCF选择活化空间时，羰基氧原子有两对孤对电子4个电子，为什么只有一个n轨道呢？

郭德来 · 发表于 Post on 2020-1-2 08:32:15

我的过渡态猜的是否错误

嘻嘻哈哈哈 · 发表于 Post on 2020-1-2 10:13:09

本帖最后由嘻嘻哈哈哈于 2020-1-2 15:22 编辑

http://sobereva.com/400

天道啊啊 · 发表于 Post on 2020-1-2 12:11:58

老师您好，我最近在用 ORCA算体系130多原子的弱相互作用。目前我的思路是B3LYP D3BJ def2-TZVP 作构型优化，然后再加上弥散函数和gCP算单点能。我想问一下 1.构型优化的基组降低到def2-TZVP(-f)可以么？ 2. gCP处理是在构型优化时候加，还是算单点能的时候加，还是都加？3.算单点能的时候是否要求密度泛函一致？能不能升级到PW6B95-D3或M062X-D3？ 4. B3LYP D3BJ结合gCP的方法是不是太水了，会不会发文章被质疑？谢谢老师！

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

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