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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 11:10:32 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-3-7 00:18
卢老师您好 有一个问题想请教一下您 在用簇模型研究蛋白体系的催化时候 是怎么考虑截断范围更远处 比如10埃 ...

“截断范围更远处”和“比如10埃范围内”这是矛盾的

量化上用的隐式溶剂模型只能设一个介电常数。只有PB模型才能对不同区域分开设置
介电常数2、4对结果不会有多大影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 11:16:23 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-3-6 18:39
我在研究一个多步反应的机理,想了解配体如何影响反应速率。因此我把机理的每一步都算出来。但是在这多步之 ...

不用管活化焓,没有实际意义,要么图省事看电子能量,要么追求严格用自由能

可以尝试其它泛函。有机的情况可优先考虑用M06-2X找。
一般很少有电子能垒很低但是自由能垒却很高的情况。

用靠谱的计算级别尝试各种可能的初猜,恰当做柔性扫描之类。都找不到就可以说就是不存在了。


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发表于 Post on 2020-3-7 11:25:14 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,我用不同泛函和基组批量对我的化合物进行几何优化以及旋光的计算,现在需要对其进行有无虚频检查,以及自由能提取等工作,但数据量较大,一个个地查找觉得有些麻烦,有没有批量处理的软件或者脚本推荐?谢谢

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发表于 Post on 2020-3-7 21:17:11 | 只看该作者 Only view this author

能垒计算可以选择下面三项吗?

各位老师,请问在b2plydp3/def2tzvp计算完单点能之后,能利用下面三项中来计算过渡态和反应物、产物的能量差吗?这个能量差能对应在机理解释部分的能垒吗?谢谢各位老师了。


Sum of electronic and thermal Energies=              -534.177811
Sum of electronic and thermal Enthalpies=            -534.176867
Sum of electronic and thermal Free Energies=         -534.218433

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发表于 Post on 2020-3-8 00:53:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 土拔鼠 于 2020-3-8 10:49 编辑

卢老师 请教一下

B2PLYP(D3)/def2TZVP 计算有机体系96原子的单点能 加B3LYP(D3)/6-31G*得到的热力学校正 相加得到的自由能是适合的计算级别搭配吗

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发表于 Post on 2020-3-8 02:39:35 | 只看该作者 Only view this author
阅读此文第二章及之后的章节,及其中引用的其他博文。
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-8 14:15:18 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-3-8 00:53
卢老师 请教一下

B2PLYP(D3)/def2TZVP 计算有机体系96原子的单点能 加B3LYP(D3)/6-31G*得到的热力 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-8 14:15:43 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2020-3-7 21:17
各位老师,请问在b2plydp3/def2tzvp计算完单点能之后,能利用下面三项中来计算过渡态和反应物、产物的能量 ...

仔细看
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-8 14:16:40 | 只看该作者 Only view this author
慕子渊 发表于 2020-3-7 11:25
请问各位老师,我用不同泛函和基组批量对我的化合物进行几何优化以及旋光的计算,现在需要对其进行有无虚频 ...

稍微学点linux下的命令,尤其是grep,以及shell编程里最基本的循环之类,这都是小儿科
一些脚本参考
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.html
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发表于 Post on 2020-3-8 15:42:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师你好,我近半月内才开始学习量化,所以问题可能比较基础,怎么确定一个体系的自旋多重度,我的体系是一个阿尔法Fe晶胞附加一个H2分子,我想做的是H2在Fe晶体结构上的吸附问题

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发表于 Post on 2020-3-8 22:05:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-8 14:16
稍微学点linux下的命令,尤其是grep,以及shell编程里最基本的循环之类,这都是小儿科
一些脚本参考
使 ...

好的。谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-3-8 23:31:33 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 我的体系是一个96原子的有机体系 先在B3LYP/6-31G*下优化了结构 再用Multiwfn生成了ORCA的输入文件 任务是计算单点 关键词如下

! PWPB95 D3 def2-TZVP autoaux RIJCOSX grid4 gridx4 tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 3000
%pal nprocs  36 end
* xyz   0   1
C     -1.00000000   -1.17777900   -4.27820600
C      0.00000000   -0.36714300   -3.08859600
C      0.00000000   -1.23160700   -2.15474300   newGTO "ma-def2-TZVP" end
.
.
.
H      0.00000000   -5.91792300   -3.59714600
H      0.00000000    1.04915600   -1.30880300   
*

结果报错 SCF不收敛 还有一个Warning 如下
    *****************************************************
               *                      ERROR                        *
               *        SCF NOT CONVERGED AFTER 125 CYCLES         *
               *****************************************************

  Last Energy change         ...   -1.2135e+03  Tolerance :   1.0000e-08
  Last MAX-Density change    ...    3.5952e+06  Tolerance :   1.0000e-07

================================================================================
                                        WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 0 should be a C  s core orbital but seems to be delocalized with a H  s orbital (54.7% vs. 47.8%)
================================================================================

1. 请问卢老师 我想按照帖子http://bbs.keinsci.com/thread-4570-1-23.html 的方法去进行修改 添加 !Grid5 FinalGrid6 关键词 那是不是Multiwfn生成的输入文件中的grid4 gridx4 就替换成 !Grid5 FinalGrid6? 还有其他关键词要改动吗?
2. 我看了ORCA手册8.1.1.2 Basis Set Options 我在输入文件的基础上 在我需要指定特定基组的原子坐标后面 直接加上基组信息 newGTO "ma-def2-TZVP" end
这个做法可以顺利计算 但是社长我不太清楚这么做对不对 到底有没有正确的设置混合基组 从输出文件可以看到吗?
3. 对于ORCA的SCF不收敛 是否可以对应http://bbs.keinsci.com/thread-4570-1-23.html 按照Gaussian解决SCF不收敛的方法去试一试?

谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-9 07:15:40 | 只看该作者 Only view this author
崔振莹 发表于 2020-3-8 15:42
sob老师你好,我近半月内才开始学习量化,所以问题可能比较基础,怎么确定一个体系的自旋多重度,我的体系 ...

自旋多重度为1
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发表于 Post on 2020-3-9 09:12:04 | 只看该作者 Only view this author

老师,你好,我能问一下是怎么确定的吗

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发表于 Post on 2020-3-9 19:19:18 | 只看该作者 Only view this author
sob老师请问下在QM/MM计算中的cutoff值指的是QM区和MM区多少埃范围内作为静电作用范围考虑吗?

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