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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-4-8 16:53:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2020-4-8 20:17 编辑
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-8 16:37
Sob老师,请问有没有什么可以定量研究pai-pai相互作用的方法啊?

1.是pi不是pai。详见
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
2.如果你指的是pi-pi stacking, 弱相互作用能一般的计算方式就是A-B的复合物能量减去两个单体的能量,但是注意一定要考虑BSSE问题。
看卢老师的这两篇。
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://sobereva.com/542
3.但是上面的方法只给出一个相互作用能,有价值信息太少,可能还有很多能挖掘的信息,比如相互作用的作用类型分析。常用的有做能量分解,比如做SAPT能量分解。详见
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html

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发表于 Post on 2020-4-8 20:43:02 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-8 16:53
1.是pi不是pai。详见
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298

谢谢您的纠正!只是我这儿的复合物里除了pi-pi堆叠之外还有氢键作用,想单独定量研究里面的pi-pi堆叠作用用直接用能量进行加减会不会不太容易?

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发表于 Post on 2020-4-8 21:03:16 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-8 20:43
谢谢您的纠正!只是我这儿的复合物里除了pi-pi堆叠之外还有氢键作用,想单独定量研究里面的pi-pi堆叠作用 ...

关于pi-pi堆积和pi-氢键等,强烈推荐看一看Grimme的这篇文献。
10.1002/anie.200705157

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发表于 Post on 2020-4-8 22:55:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 函数与激情 于 2020-4-8 22:56 编辑

Sob老师好!我想用amber自带的paramfit工具拟合一个含硒的分子的amber力场,但是在执行paramfit时需要分子的prmtop文件,请问老师这种非有机分子体系可以有办法获得其prmtop文件吗?

Snipaste_2020-04-08_22-52-26.png (29.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

Snipaste_2020-04-08_22-52-26.png

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发表于 Post on 2020-4-8 23:15:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-6 19:31
里面有例子
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474(http://bbs.keinsci.com/thread-1 ...

谢谢sob老师!我按照老师的帖子学习,问题已经解决了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-9 07:22:16 | 只看该作者 Only view this author
一起挖煤 发表于 2020-4-8 08:44
谢谢sob老师,我是看了您的帖子之后觉得不用加,但是我问我隔壁实验室的一个老师,他说对于这种电荷转移激 ...

完全不需要加弥散,这又不是里德堡激发
只要是价层激发就根本不需要弥散函数,不管是局域激发也好还是电荷转移激发也好。不要听那个老师的,也不要效仿某些某些文献

那是指转移距离较远的电荷转移激发,通过Multiwfn计算D_CT等指数都能衡量。仔细看以下文章
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284http://bbs.keinsci.com/thread-840-1-1.html
使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434http://bbs.keinsci.com/thread-10775-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-9 07:22:38 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-4-8 22:55
Sob老师好!我想用amber自带的paramfit工具拟合一个含硒的分子的amber力场,但是在执行paramfit时需要分子 ...

这不属于量化问题,请发在分子模拟版
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-9 07:23:51 | 只看该作者 Only view this author
Somnus荣小荣 发表于 2020-4-8 10:10
抱歉,老师,下次一定注意,多谢您。基本知识不理解,平动是指分子整体的移动,而扩散也可以是分子的移动 ...

扩散是一种表观的因为粒子运动才具有现象,而平动是一种确切的运动形式。语义上没有必然关联性
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-9 07:27:07 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-8 20:43
谢谢您的纠正!只是我这儿的复合物里除了pi-pi堆叠之外还有氢键作用,想单独定量研究里面的pi-pi堆叠作用 ...

用Multiwfn做基于力场的能量分解可以把体系特定两个pi区域之间的作用能给算出来,看
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html

另外,Multiwfn还可以对RDG或IGM等值面计算体积,对RDG等值面内的区域做电子密度的积分等,这也算是定量考察,见Multiwfn手册4.200.14.1节
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发表于 Post on 2020-4-9 08:10:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-9 07:27
用Multiwfn做基于力场的能量分解可以把体系特定两个pi区域之间的作用能给算出来,看
使用Multiwfn做基于 ...

好的!非常感谢Sob老师!

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发表于 Post on 2020-4-9 09:21:25 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-8 21:03
关于pi-pi堆积和pi-氢键等,强烈推荐看一看Grimme的这篇文献。
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好的谢谢您!

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发表于 Post on 2020-4-9 21:32:01 | 只看该作者 Only view this author
VTST计算需要IRC路径上在过渡态附近的几个点的freq任务的输出,但是我算出来过渡态附近的9个点freq的都有三个虚频(freq输出中的四个标准都是NO,9个点的Value也差不多),输入到KiSThelP后说TS应该只有一个虚频所以就报错了。9个点的freq输入文件都读了过渡态优化后的.chk文件,IRC路径上在过渡态附近的几个点的几何结构是固定了就不能变,无法通过优化结构解决虚频,想请教如何解决,谢谢!

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发表于 Post on 2020-4-9 22:02:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-9 07:23
扩散是一种表观的因为粒子运动才具有现象,而平动是一种确切的运动形式。语义上没有必然关联性

明白了,非常感谢您。

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发表于 Post on 2020-4-10 00:25:13 | 只看该作者 Only view this author
新手求助:请问如何两个分子之间(通过氢键相互作用)或配位体(金属离子与有机配体)作用能(bonding energy, interaction energy )如何计算?
对于配位体而言,我看一些文献中采用的方法是 计算配位体的能量,在分别计算金属离子与有机配体的能量 并求和, 最后计算配位体与金属离子与配体之和的差值?
这里主要的问题是 这里的能量就是指高斯(OPT+FRE) 中得到的Zero-point vibrational energy 吗?那么高斯中 energy得到的那个数据nuclear repulsion energy  又指的的什么意思?还请给位指教一下,感激不尽。

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发表于 Post on 2020-4-10 11:33:44 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,想请教您一个简单的问题。就是我在完成本科毕业论文的过程中使用了gaussian16,multiwfn,vmd,以及引用了您的一篇博文中的一小段定义,请问这些东西在文末的参考文献中应该如何体现呢?还请老师指点,谢谢老师!

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