计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

212

帖子

0

威望

948

eV
积分
1160

Level 4 (黑子)

10966#
发表于 Post on 2020-5-16 23:55:57 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。我想计算苯环被多个金属修饰后,中性体系与带电体系的稳定性,有如下问题:
1.我想计算金属与苯环的结合能,但对于带电体系,是苯环带电呢?还是金属带电呢?
2.对于这样体系稳定性的比较,还有哪些更好的方法呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10967#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-17 03:31:43 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2020-5-16 23:55
sob老师,您好。我想计算苯环被多个金属修饰后,中性体系与带电体系的稳定性,有如下问题:
1.我想计算金 ...

1 没你的具体结构不好说。不同带电方式对应不同结合能,写文章时候注明怎么算的。某些情况下可以根据片段的电离能、电子亲和考虑片段在孤立状态下怎么带电更合适。

2 稳定性这词太含糊,有哪些稳定性下文提了,不同情况有不同的考虑方式
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10968#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-17 03:44:09 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-5-16 21:40
社长您好 我想比较酶口袋内两种氨基酸催化位点(Ser,Cys)与同一种底物亲核进攻后形成的中间体的稳定性(稳 ...

对于另一个反应物(水)已明确已知的情况,最严格的判断方式就是算算水解过程的能垒,这比什么都有说服力。当前情况下,Hirshfeld电荷、福井函数、ALIE等等适合作为对势垒高低的差异进行解释
目前xtb(6.3pre)的MD过程中无法固定原子。MD研究这个比较费事,不建议折腾
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

38

帖子

0

威望

547

eV
积分
585

Level 4 (黑子)

10969#
发表于 Post on 2020-5-17 09:11:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Abner 于 2020-5-17 09:38 编辑

社长您好!本人在计算O2与含氮zigzag焦炭的反应,O2吸附完成后,现在计算到了NO解吸附前的最后一步,但是遇到了一些问题,进行过渡态初猜时,我将C-N键增长了30%,计算出来有一个虚频,但是IRC对应不上(IRC路径左右两侧曲线一致,尝试了增大stepsize,以及过渡态搜索和IRC计算时用calcall关键词,都未解决)。也尝试了其他初猜结构,无论我如何摆NO分子,C-N键断裂后脱附下来的NO中的N又去靠近O,而不是远离。我对C-N键进行了柔性扫描,但是找不到极大值。通常情况下NO分子脱除这一步是存在过渡态的,但是我没找到,请问这种情况我该如何解决?
file:///C:/Users/ADMINI~1/AppData/Local/Temp/msohtmlclip1/01/clip_image007.jpg

1.jpg (30.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

上一步反应常务结构

上一步反应常务结构

2.jpg (30.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

ts初猜结构

ts初猜结构

3.jpg (31.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

过渡态搜索后结构

过渡态搜索后结构

4.jpg (63.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

C-N键长柔性扫描能量曲线

C-N键长柔性扫描能量曲线

ts1.gjf

2.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

ts输入文件

irc.gjf

2.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

irc输入文件

212

帖子

0

威望

948

eV
积分
1160

Level 4 (黑子)

10970#
发表于 Post on 2020-5-17 13:26:27 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我做的具体构型贴在下面了,问题如下:
1. 看了您的gap的帖子,里面提到的化学稳定性应该是我们想讨论的,也就是不容易转化为其它构型或者物质。那么用gap讨论中性体系和带电体系的稳定性高低是不是可以呢。
2.使用结合能讨论的话,我们这样的体系符合您所提到的某些情况根据片段考虑的那种情形吗?还是直接注明如何计算即可呢?
3.对于我们这样的体系和构型,还有更适合讨论稳定性的办法吗?
非常感谢!

ssss.jpg (58.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

ssss.jpg

45

帖子

0

威望

233

eV
积分
278

Level 3 能力者

10971#
发表于 Post on 2020-5-17 16:01:53 | 只看该作者 Only view this author
老师请问g16支持的二阶解析导数包括TDDFT吗?

2

帖子

0

威望

117

eV
积分
119

Level 2 能力者

10972#
发表于 Post on 2020-5-17 20:55:54 | 只看该作者 Only view this author
前辈,这是我对AuC根据不同自旋多重度做的结构优化,如何根据优化结果文件判断哪一个更稳定?

1.png (18.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

1.png

2.png (18.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

2.png

164

帖子

0

威望

1991

eV
积分
2155

Level 5 (御坂)

10973#
发表于 Post on 2020-5-17 21:25:01 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2020-5-17 16:01
老师请问g16支持的二阶解析导数包括TDDFT吗?

请阅读手册5.79.2节

164

帖子

0

威望

1991

eV
积分
2155

Level 5 (御坂)

10974#
发表于 Post on 2020-5-17 21:43:53 | 只看该作者 Only view this author
Abner 发表于 2020-5-17 09:11
社长您好!本人在计算O2与含氮zigzag焦炭的反应,O2吸附完成后,现在计算到了NO解吸附前的最后一步,但是遇 ...

涉及一堆文件的问题建议单独发帖

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10975#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 00:07:16 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2020-5-17 16:01
老师请问g16支持的二阶解析导数包括TDDFT吗?

包括
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10976#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 00:08:09 | 只看该作者 Only view this author
jshx159334 发表于 2020-5-17 20:55
前辈,这是我对AuC根据不同自旋多重度做的结构优化,如何根据优化结果文件判断哪一个更稳定?

没法判断,这种数据对于判断稳定性没有任何意义

搞清楚“稳定性”到底是什么意思,不要轻易用稳定性这个词。诸如此文里提了有哪些类型稳定性
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10977#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 00:09:05 | 只看该作者 Only view this author
Abner 发表于 2020-5-17 09:11
社长您好!本人在计算O2与含氮zigzag焦炭的反应,O2吸附完成后,现在计算到了NO解吸附前的最后一步,但是遇 ...

不是几句话就能说明白的问题,尤其是涉及到不少图片和文件的问题,应当单独发主帖咨询
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10978#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 00:11:58 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2020-5-17 13:26
sob老师,我做的具体构型贴在下面了,问题如下:
1. 看了您的gap的帖子,里面提到的化学稳定性应该是我们 ...

对于对比中性和带电体系,看gap并不太靠谱,没什么意义。而且还牵扯到得失电子的难易程度问题
如果明确知道有可能和什么物质反应,直接去算势垒。如果有异构化的可能,跑跑从头算动力学。如果你是指金属和苯的结合稳定性,算算结合能可以说明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

175

帖子

0

威望

2136

eV
积分
2311

Level 5 (御坂)

10979#
发表于 Post on 2020-5-18 02:40:52 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,抱歉又麻烦您了,我想再请教一下关于IRC与过渡态的问题:

我的反应过程是气体小分子上的一个原子转移到催化剂表面,找到了仅有一个虚频(大小为746)的过渡态,且方向正是该原子移动的方向。但是我在观察了完整IRC结果所连接的IS与FS结构后发现,催化剂上部分原子的位置也发生了相对明显的变化;这说明反应过程中除了原子转移,还涉及了催化剂表面的改变。

我想请教您的是,既然催化剂的结构也会改变,为什么过渡态结果里没有这些原子移动的相应虚频?以及这样的结果,是否说明了在该反应过程中,催化剂本身结构的改变不存在过渡态?谢谢老师!
It's my life and it's now or never

2

帖子

0

威望

117

eV
积分
119

Level 2 能力者

10980#
发表于 Post on 2020-5-18 08:40:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-18 00:08
没法判断,这种数据对于判断稳定性没有任何意义

搞清楚“稳定性”到底是什么意思,不要轻易用稳定性这 ...

确实如您所说,用稳定来说,确实不大好,那请问前辈,用哪项数据可以说明两个结构优化,那个更好些?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 18:21 , Processed in 0.244302 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list