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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-13 06:18:33 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2020-5-11 19:58
sob老师好,我做一个有U原子体系的轨道分析,但是我做出来的结果感觉不太对呢,U和附近的原子都是非键轨道 ...

我不知道你具体怎么做的,“轨道分析”也没有确切指代
如果你是指看MO图形来判断,若用Multiwfn做Mulliken或Mayer键级分解,总应该能找到对U和配体的键级有正贡献的MO
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-13 06:20:23 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2020-5-12 10:52
老师,高斯求Gibbs free energy=E+ZPE-TS+delta H (从0K至T的焓变)。我在阅读文献时发现,不同paper的Metho ...

delta H=PV显然是错的,除非这项在当前语境下指H和U的差值
其它式子都对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-13 06:21:21 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2020-5-12 13:11
老师好,关于静电势ESP和电子定域化函数ELF的问题需要请教您。我发现二维碳材料的缺陷位置ESP值较小,这样 ...

波函数分析问题请在1L提及的波函数分析专门的答疑专贴里咨询
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发表于 Post on 2020-5-13 09:16:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-13 06:21
波函数分析问题请在1L提及的波函数分析专门的答疑专贴里咨询

好的老师,我已经转移到波函数答疑位置了,麻烦老师在相应位置指导下。

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发表于 Post on 2020-5-13 22:32:32 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在算As2O3分子的吸附的时候,计算完出现了解离吸附的现象,请问老师这种解离吸附中间是否一定存在过渡态。

微信截图_20200513223134.png (148.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 134)

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发表于 Post on 2020-5-13 22:59:08 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问柔性扫描因机器核数不够任务中断,可以取收敛的最后一个结构重新编辑输入文件继续计算吗?就剩下最后几个点了,重新提交有点耗时。麻烦老师了~

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发表于 Post on 2020-5-14 04:39:23 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,关于过渡态是否正确的判断,我有个问题想请教您一下。

我的反应过程是气体小分子上的一个原子转移到催化剂表面,过渡态结果仅有一个300左右的虚频,且完整的IRC结果连接了预期的反应物(气体分子+催化剂)和产物。但是在可视化过渡态虚频时发现,虽然方向基本正确,但是振动的原子位移看起来比较小,所以像是在催化剂表面移动,而并没有能“拼”回到气体分子上(默认displacement amplitude滑块位置)。

我想请问您,是不是过渡态有且仅有一个虚频,且其IRC结果能连接预期的反应物和产物,就能说明这个过渡态是找对了呢?谢谢。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-14 15:38:00 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2020-5-13 22:32
老师,我在算As2O3分子的吸附的时候,计算完出现了解离吸附的现象,请问老师这种解离吸附中间是否一定存在 ...

应该会有,毕竟断键、成键那么多
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-14 15:38:41 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2020-5-13 22:59
老师好,请问柔性扫描因机器核数不够任务中断,可以取收敛的最后一个结构重新编辑输入文件继续计算吗?就剩 ...

把opt里加上restart可以直接续算(%chk指定的chk文件应当和之前一样)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-14 15:44:15 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2020-5-14 04:39
Sob老师,关于过渡态是否正确的判断,我有个问题想请教您一下。

我的反应过程是气体小分子上的一个原子 ...



IRC是最严格的判断标准,而虚频模式只能体现在TS那一个点上的反应坐标方向,明显没有IRC来得严格,IRC描述了整个路径

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发表于 Post on 2020-5-14 19:21:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-14 15:38
把opt里加上restart可以直接续算(%chk指定的chk文件应当和之前一样)

好的谢谢老师啦~

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发表于 Post on 2020-5-14 19:22:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Stefinetaipei 于 2020-5-15 09:53 编辑

老师您好,我最近试图去优化 N-乙酰-L-半胱氨酸(NAC)与 三价铁离子(Fe3+)的结构(FTIR显示铁离子能够与NAC分子上酰胺的羰基与羧基发生作用,在这个前提下我们去搭建了这样一个结构),所以设置了两个NAC分子与Fe的初步几何结构,如附件1所示,但是其结果均为为不收敛的l502错误。有趣的是,当我搭建一个NAC分子与一个铁离子的组合时,却能够做OPT计算,最终输出了out文件。输出的OUT文件如附件2所示。此外,在这个部分中,如果对NAC近进一步的单独优化,发现NAC结构有了较大的变化,如附件3所示。(这个问题之前已经在此贴咨询过了,SOB老师的意思是配位作用下配体的构象的确会有变化,这里也再次感谢老师)
但是我目前还是希望能够计算出至少两个NAC的配体与铁离子的构象和这个基础上的单点能的相关参数,看里关于502错误解决方案的博文的内容,再结合单个NAC的未配位和配位后结构的较大差异的实验事实,我想请教一下各位老师这是否跟 “搭建的模型与实际的构象有巨大差异”有关系?
PS: 实验的重要数据为:
%chk=mmrrr.chk
%mem=1GB
%nproc=4

#p opt B3lYP/genecp
基组为 : 非金属原子 6-31G*
                  金属原子 lanl2dz

此外,当使用 OPBE 替换 B3IYP 时, 报错的时间更快一些。


single NAC.rar

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3. 单独NAC的计算

Fe single NAC.rar

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2个 NAC 和铁离子初步猜想.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-15 23:59:23 | 只看该作者 Only view this author
Stefinetaipei 发表于 2020-5-14 19:22
老师您好,我最近试图去优化 N-乙酰-L-半胱氨酸(NAC)与 三价铁离子(Fe3+)的结构(FTIR显示铁离子能够与N ...

这种文字很多,还带附件的应当单独发帖问。
这个答疑专贴仅供几句话就能问完的简单、常见问题
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发表于 Post on 2020-5-16 08:55:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-15 23:59
这种文字很多,还带附件的应当单独发帖问。
这个答疑专贴仅供几句话就能问完的简单、常见问题

对不起,我光顾着简单问题了,没有注意其他要求,谢谢!

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发表于 Post on 2020-5-16 21:40:40 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 我想比较酶口袋内两种氨基酸催化位点(Ser,Cys)与同一种底物亲核进攻后形成的中间体的稳定性(稳定性是指 比较哪一种中间体更容易被水解)

1. 我如果用Hirshfeld电荷表征断键处原子被水解的可能,必须要在簇模型内去算单点还是仅仅算氨基酸-底物中间体结构的单点就可以?
2. 除了 Hirshfeld电荷 fuki函数之外,还有什么方法可以表征中间体的稳定性(被水解的可能)
3. 社长 簇模型是否可以在XTB里固定Cα之后进行MD,通过温度的变化去看断键的时间表征稳定性。这种做法可行吗?

谢谢社长

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