简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

函数与激情

老师好！ 我想利用openmolcas CASSCF梯度和能量（非绝热耦合 maybe）计算一个相对较大的有机分子的圆锥交叉结构，但是openmolcas 的CI优化似乎还不支持并行，请教一下sob老师说否了解有可以计算CI的接口软件呢

土拔鼠

社长 请教一下 如果想计算一个中性分子(A)与Na离子在水中的弱相互作用

1. A与Na离子之间的位置该如何进行搜索？我是否可以计算出A分子的表面静电势 然后再把Na离子手动放在几个静电势为负的区域 再分别优化？
2. 如果要算中性分子与离子之间的弱相互作用 是否可以E(A-Na)-E(A)-E(Na)这么算？这个能量直接用电子能量可以吗？
3. 用SMD隐式溶剂模型可以吗？还是需要用一部分显示溶剂

谢谢社长

刘小英雄steven

老师，石墨烯负载的单原子Fe去吸附汞（Hg），做EDD图发现Fe和Hg之间聚集了大量电子。但是PDOS图却没看到杂化峰，那么Hg在Fe/GN上的吸附有共价键作用吗。谢谢老师

sobereva

刘小英雄steven 发表于 2020-6-8 17:10
老师，石墨烯负载的单原子Fe去吸附汞（Hg），做EDD图发现Fe和Hg之间聚集了大量电子。但是PDOS图却没看到杂 ...

我不知道你用什么程序算的，如果是周期性计算，应当到发到第一性原理板块。如果是孤立体系计算，有无成键作用按此文说的去考察就完了
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

PDOS根本没法直接用来判断成键问题

sobereva

函数与激情 发表于 2020-6-7 21:18
老师好！ 我想利用openmolcas CASSCF梯度和能量（非绝热耦合 maybe）计算一个相对较大的有机分子的圆锥交叉 ...

不清楚
优化部分的代码本身并不需要并行，因为优化算法自身并没什么计算量。关键是算能量、梯度的代码是并行的就够了
GAMESS-US也可以做这个

sobereva

Freesky 发表于 2020-6-6 17:30
老师，我想通过高斯来计算两个分子间的相互作用能，任务如下图，一运行就报错，能指点我一下吗？

仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

sobereva

土拔鼠 发表于 2020-6-7 21:56
社长 请教一下 如果想计算一个中性分子(A)与Na离子在水中的弱相互作用

1. A与Na离子之间的位置该如何进 ...

1  可以。用genmer+molclus搜索也可以
2 可以。计算电子能量的时候需要带着溶剂模型
3 可以。用隐式溶剂模型会把问题搞复杂，通常没必要

sirical

想用GAUSSIAN做同位素效应，应该怎么设置才能让结构中同时存在H和D呢？希望各位大神帮帮忙

sirical

我在Linux系统中使用formchk ts4pdof1.chk ts4pdof1.fchk，但是显示（bash: formchk: command not found...），应该怎么解决这样的问题呢，希望大家帮帮忙

hebrewsnabla

sirical 发表于 2020-6-8 19:28
想用GAUSSIAN做同位素效应，应该怎么设置才能让结构中同时存在H和D呢？希望各位大神帮帮忙

看手册3.2.2节

CharlesGe

老师们好，我是做内嵌金属富勒烯的，一般来说内部金属和外部碳笼之间是离子和共价相互作用的混合，请问能不能定量计算离子和共价相互作用强度的比值呢？

Yaqi

请教一个用Gaussian研究大体系选择计算级别的问题。

计算对象是MOF框架和有机小分子之间的结合能大小。MOF的结构如下图所示：
共180+个原子，再加上不同配体和有机小分子，会到200+原子的体系。

目前已经用pm6方法粗算了结合能，大体规律和实验数据一致，但是写文章想用更高的计算级别算出个更精确的数值。
因为体系里面存在 第五周期的元素 Zr，这样子很多基组没办法使用，现在用的关键词如下：
# opt freq EmpiricalDispersion=GD3BJ B3LYP
def2TZVP scrf(SMD, Solvent=Water)

耗时没办法接受。

现在想到的办法是：
1. 用之前半经验的优化结果，用 B3LYP/def2TZVP 直接计算个单点能；
2. 使用混合基组。

计算机配置：2 * E5-2696 v3，128 GB 内存

不确定我的做法是否正确？请各位指出我的错误，并指点下更合理的计算方法。

李文桃

输入文件如下：
%chk=1-ir.chk
%mem=10GB
%nproc=32
# B3LYP/genecp TD(triplet, nstates=5, root=2) opt

T2 opt

0 1
Ir                 0.14925002    0.29220603   -0.20525408
S                 -3.09517144   -2.10594387    1.85713608
…

C H N O S 0
6-31G(d,p)
****
Ir 0
LanL2dz
****

Ir 0
LanL2dz



最后一次输出的电子跃迁信息：
Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State   1:      Triplet-A      1.7403 eV 712.42 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
     193 ->197         0.39905
     195 ->197         0.54593

Excited State   2:      Triplet-A      1.3513 eV 917.53 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
     193 ->196        -0.24153
     195 ->196         0.64925
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -2949.71572990   
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State   3:      Triplet-A      2.1985 eV  563.95 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
     192 ->196         0.16757
     193 ->196        -0.23955
     194 ->196         0.55113
     194 ->198         0.23757
     195 ->196        -0.13988

Excited State   4:      Triplet-A      2.2954 eV  540.14 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
     192 ->196        -0.12304
     193 ->196         0.28471
     194 ->197         0.11466
     194 ->198         0.58394
     195 ->196         0.12826

Excited State   5:      Triplet-A      2.3323 eV  531.59 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
     191 ->197        -0.13748
     193 ->197        -0.49124
     194 ->197         0.11236
     195 ->197         0.41673




想请问一下老师，以上命令最后一次优化输出的跃迁信息中，输出文件标黄的两个能量1.7403 eV； 1.3513 eV分别对应的是什么激发态激发能呢？？我想确定哪一个能量是T2的激发能？

ldatea

请教gaussian几何优化计算完成的chk，log或者其他的临时文件比如rwf，如何提取最精确地提取优化过程每一步的原子坐标？(我现在用的是g09 windows D.01)

郭德来

别人说是内存不够，我不清楚怎么清理Linux的内存，还是我的输入错误