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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-3 20:58:06 | 只看该作者 Only view this author
Razn 发表于 2020-6-3 15:07
请教一个关于溶解自由能的问题
文献中给了一个Cl-的溶解自由能的实验值,89.1 kcal/mol,文中解释了experi ...

没上下文不好说。Cl-这种离子体系的一般意义上的溶解自由能不可能是正值。你可以再找找其它文献
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-6-3 21:23:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-3 20:53
没试过,不清楚

感谢老师,刚刚在google上找到了跟我有同样状况的人,给的解答确实是少了很多的参数文件,可能只下载可执行文件不太够,把那些参数文件都放进去后就可以正常使用了,stda文件不缺参数文件,后面就都顺利使用了。https://github.com/grimme-lab/xtb4stda

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发表于 Post on 2020-6-4 05:52:52 | 只看该作者 Only view this author
郭德来 发表于 2020-5-31 18:22
加了溶剂化也不行么

这个我不确定。我印象里,如果是涉及到双极离子的,会出现真空气相下无过渡态,使用隐式溶剂模型后有过渡态的情况。我不清楚溶剂化对这类纯粹电中性的自由基偶联反应有什么影响。

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发表于 Post on 2020-6-4 10:46:32 | 只看该作者 Only view this author
低级别优化后,在做高级别单点时,没运行几秒就出现问题,不知道问题出在哪里,输入文件如下:


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发表于 Post on 2020-6-4 11:12:09 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-6-4 10:46
低级别优化后,在做高级别单点时,没运行几秒就出现问题,不知道问题出在哪里,输入文件如下:

这是orca写法 高斯不是这样写的

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发表于 Post on 2020-6-4 11:27:22 | 只看该作者 Only view this author
naonao5205 发表于 2020-6-4 11:12
这是orca写法 高斯不是这样写的

那请问该怎么写呢?

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发表于 Post on 2020-6-4 11:40:07 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请教一下“电荷布居分析”中的一些疑问:
请问布居分析得到的结果是电荷量吗?
如果是电荷量的话,计算某个原子的电荷转移百分比为什么能够直接用电荷数的差值乘以100%得到呢?
如果不是电荷量的话,那么它具体指的是什么呢?它是一个比值吗?那为什么又会有正负呢?
谢谢老师

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发表于 Post on 2020-6-4 13:36:56 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-6-4 11:27
那请问该怎么写呢?

看手册

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发表于 Post on 2020-6-4 22:17:58 | 只看该作者 Only view this author

C60O分子固定优化求助

最近在看Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods 2ed 第54页Exercise 3.6优化C60O分子时遇到了点问题,想请教一下:
1.为什么需要固定优化,直接优化不可以吗?
2.固定优化怎么写,对于输入文件的最后几行不太理解,我看了一下那几个数字应该是氧原子和与其连接的碳原子编号。不明白它这样写法的意义。

C60O.gjf

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发表于 Post on 2020-6-4 23:11:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Hanz 于 2020-6-5 00:19 编辑

       sob 老师好!我在搜索过渡态的时候,按照非常相似的文献的过渡态结构,反应位点由文献的氢原子变成了甲基,初猜过渡态的原子距离和文献设置的一样,其他初猜的结构也试了十几种了,找到的过渡态结构: 1. 在优化的过程中,12步左右就变成产物的结构了,能量还会下降,用qst2也试过了,还是不行
2. 会产生假的虚频,但是文献的过渡态可以找出来,是符合的。
       总之,找到的过渡态好像总是在往产物结构偏向,我的方法是# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-31g*。
1. 考虑是不是计算级别的问题?精度不够?
2. 不知道这种情况有没有特别的原因?还是得再考虑其他初猜结构?

       谢谢老师!


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文献中的过渡态

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-5 10:02:01 | 只看该作者 Only view this author
太阳雨 发表于 2020-6-4 22:17
最近在看Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods 2ed 第54页Exercise 3.6优化C60O分子时遇 ...

在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-5 10:03:50 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-6-4 23:11
sob 老师好!我在搜索过渡态的时候,按照非常相似的文献的过渡态结构,反应位点由文献的氢原子变成 ...

继续尝试其它初猜
鉴于体系很小,建议改用M06-2X/6-31G**找过渡态,用6-311G**更好。
甲基的尺寸远大于氢,有可能明显影响过渡态的结构
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-5 10:05:01 | 只看该作者 Only view this author
jasonyangmx 发表于 2020-6-4 11:40
老师好,请教一下“电荷布居分析”中的一些疑问:
请问布居分析得到的结果是电荷量吗?
如果是电荷量的话 ...

这属于波函数分析问题,请发到本帖1L提到的波函数分析答疑专贴里
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CayJ 发表于 2020-6-4 10:46
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看手册,别瞎写。Gaussian手册里根本没说可以写个RI-前缀,甚至连B2PLYP-D3、def2-TZVP这俩关键词都没有。Gaussian算双杂化没法用RI
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发表于 Post on 2020-6-5 10:53:08 | 只看该作者 Only view this author

结合了不同泛函做色散校正,输出报错

各位老师:    我在做色散校正的时候,结合了不同泛函,只有O3LYP和wB97X-D会报错,请问是什么原因?

输入文件和输出文件分别如下:




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