简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

jing-quan63

大家好：   在对过渡态进行受阻转子柔性扫描时，虽然能够计算完，但是结构明显偏离了过渡态结构，想对过渡态中心原子附近进行冻结扫描，请问如何操作？谢谢大家！

sobereva

jing-quan63 发表于 2020-5-31 20:21
大家好：   在对过渡态进行受阻转子柔性扫描时，虽然能够计算完，但是结构明显偏离了过渡态结构，想对过渡 ...

在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

sobereva

小磊磊爱无机 发表于 2020-5-31 10:50
请教大家一个问题。高斯TDDFT结果文件中，每个轨道跃迁后面的小数（如104 --- 105   0.6552）准确来说叫什 ...

组态系数。仔细看
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
使用Multiwfn便利地查看所有激发态中的主要轨道跃迁贡献
http://sobereva.com/529（http://bbs.keinsci.com/thread-16168-1-1.html）

小磊磊爱无机

sobereva 发表于 2020-5-31 20:27
组态系数。仔细看
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230

好的，明白了，多谢

jing-quan63

sobereva 发表于 2020-5-31 20:27
组态系数。仔细看
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230

好的，谢谢老师！

Abandon-fmt

计算了一个分子的opt、freq
算到这里停了，请问老师们这个应该怎么解决？


Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -1876.94354094     A.U. after    3 cycles
             Convg  =    0.9949D-08             -V/T =  2.0086
Range of M.O.s used for correlation:     1   758
NBasis=   771 NAE=   135 NBE=   135 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=    758 NOA=   135 NOB=   135 NVA=   623 NVB=   623

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.13955520D+03


**** Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is  0.88242429D-01

Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do    70 centers at a time, making    1 passes doing MaxLOS=2.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=2.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file   721 does not exist.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file   722 does not exist.
          IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
          IDoAtm=1111111111111111111
          Differentiating once with respect to electric field.
                with respect to dipole field.
          Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
          There are   210 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=5.
    210 vectors produced by pass  0 Test12= 8.41D-14 1.00D-09 XBig12= 2.51D+03 4.68D+01.
AX will form    96 AO Fock derivatives at one time.
    210 vectors produced by pass  1 Test12= 8.41D-14 1.00D-09 XBig12= 4.91D+02 2.26D+00.
    209 vectors produced by pass  2 Test12= 8.41D-14 1.00D-09 XBig12= 6.17D+00 2.58D-01.
    207 vectors produced by pass  3 Test12= 8.41D-14 1.00D-09 XBig12= 1.67D-02 9.97D-03.
    207 vectors produced by pass  4 Test12= 8.41D-14 1.00D-09 XBig12= 2.91D-05 2.73D-04.

Peter_zhong

等着，这又不是报错。L1002本来就很耗时。http://bbs.keinsci.com/thread-12938-1-1.html
可以参考liyuanhe老师的回复估计时间：
http://bbs.keinsci.com/thread-1912-1-1.html

Abandon-fmt

Peter_zhong 发表于 2020-6-1 19:11
等着，这又不是报错。L1002本来就很耗时。http://bbs.keinsci.com/thread-12938-1-1.html
可以参考liyuanh ...

谢谢老师，但是服务器是算完之后才会把log文件和chk文件传回来，已经能看到这两个文件了，是不是说明服务器上已经结束这个任务了？

Peter_zhong

Abandon-fmt 发表于 2020-6-1 19:21
谢谢老师，但是服务器是算完之后才会把log文件和chk文件传回来，已经能看到这两个文件了，是不是说明服务 ...

仔细看第一个链接里的回复，看看任务是否还在。

任务一提交就会生成相应的log、chk文件，并不是算完才生成。

lao7

高斯用的很不熟，断开计算后，重新计算。输入关键词%oldchk=*.chk, geom=allcheck，但是只是读取了老的*chk文件，新的继续计算产生的chk文件没有保存？请问如何解决？谢谢！

liyuanhe211

%oldchk = XX
%chk = XX

lao7

liyuanhe211 发表于 2020-6-1 21:54
%oldchk = XX
%chk = XX

谢谢！我好像发错地方了。

Razn

请教一个关于溶解自由能的问题
文献中给了一个Cl-的溶解自由能的实验值，89.1 kcal/mol，文中解释了experimental data correspond to the “absolute” values obtained from the proton solvation free energy (-251.4 kcal/mol at 298 K estimated from thermodynamic measurements for dissociation of water).
请问：Cl-的水环境下溶质自由能=Cl-在1atm气相下的自由能 + (89.1-251.4 kcal/mol) + 1.89kcal/mol ?
还是直接+89.1 kcal/mol?

yyf

老师您好！请问我想将xTB与sTDA联用，我在网上下载了xtb4stda程序用来生成wfn.xtb文件来作为stda程序的输入文件，但是我运行xtb4stda时提示有个文件未找到，想知道xtb4stda程序该如何安装才能正常使用，我以为只要下载了文件就可以，像求助一下老师。

sobereva

yyf 发表于 2020-6-3 19:20
老师您好！请问我想将xTB与sTDA联用，我在网上下载了xtb4stda程序用来生成wfn.xtb文件来作为stda程序的输入 ...

没试过，不清楚