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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-6-10 09:58:25 | 只看该作者 Only view this author
老师好,问一下高斯输出文件的L 301错误 “Consistency failure #1 in Separa.”是什么意思呢。谢谢老师

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发表于 Post on 2020-6-10 10:12:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 mlzhao 于 2020-6-10 10:14 编辑

老师,我用下图的模型来模拟单层石墨烯做拉曼光谱图,得出的结果与文献上的有很大的差别,请问这个问题出在哪里啊

微信截图_20200610101357.png (68.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

微信截图_20200610101357.png

微信截图_20200609204825.png (53 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

微信截图_20200609204825.png

微信截图_20200610100748.png (246.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

微信截图_20200610100748.png

input.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-10 11:54:38 | 只看该作者 Only view this author
mlzhao 发表于 2020-6-10 10:12
老师,我用下图的模型来模拟单层石墨烯做拉曼光谱图,得出的结果与文献上的有很大的差别,请问这个问题出在 ...

本身原理上应当做周期性体系计算才行
当前的簇模型不仅边界效应显著,而且还有C-H相关的峰掺进去,而且晶体环境效应也没法提现

Abinit(免费)、Crystal、exciting(免费)应该都可以算周期性体系的拉曼,不过我没试过。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-10 12:05:47 | 只看该作者 Only view this author
白雪少年 发表于 2020-6-10 09:58
老师好,问一下高斯输出文件的L 301错误 “Consistency failure #1 in Separa.”是什么意思呢。谢谢老师

上传输入输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-10 12:06:53 | 只看该作者 Only view this author
郭德来 发表于 2020-6-9 16:52
老师谢谢了,问题已经解决,但是我如何扩展那个虚拟机硬盘内存呢

虚拟机关机后,设置里加大内存即可

虚拟机关机后也可以设大硬盘,在虚拟linux系统里通过一些做法扩充分区容量,细节google
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-10 12:08:33 | 只看该作者 Only view this author
郭德来 发表于 2020-6-10 09:04
老师我发现我只分配给Gaussian50多GB的硬盘,我如何把剩余的分配给Gaussian

这种说法不明确
GAUSS_SCRDIR设在哪里,对应的哪个分区下有多少容量可以用,Gaussian最多就能用多少
如果那个分区死活没法扩出来更多地方,但其它分区还有地方,实际计算时通过%rwf分割rwf的存放位置
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-10 12:09:50 | 只看该作者 Only view this author
namanana 发表于 2020-6-10 09:45
各位老师,请问:
对于计算nbo(pop=savenbo)的输出文件,用gview看轨道的时候,HOMO\LUMO这个部分有意义么 ...

你都saveNBO了,fch里的轨道就成了NBO了,显然没法再看MO
又想看NBO又想看MO应当用NBO plot文件,仔细看
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134

数值很小的没有明确化学意义,应当无视

之后有波函数相关问题请发到“波函数分析与Multiwfn板块”
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发表于 Post on 2020-6-10 13:19:32 | 只看该作者 Only view this author

对含Br的有机中性原子使用赝势时遇到的问题

各位老师好,根据Sob老师的http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html这篇帖子,我尝试用gaussian16a对含有Br的有机中性原子形成的共晶进行几何优化,输入的命令行是#p opt m062x/gen ,
对于Br采用的是SDD赝势的方法,其余原子用6-311G*的方法,如图一。
我发现在优化的过程中出现了如图二的warning,且最后任务中断了,在结尾处出现了 Skip linear search -- no minimum in search direction任务就终止了。
附件是我的输出文件
是我对Br的赝势选择的不合适吗?我该怎么解决上述问题呢?

1591766031(1).jpg (3.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

图一

图一

1591766153(1).jpg (8.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图二

图二

4-s0.out

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发表于 Post on 2020-6-10 13:26:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-6-10 13:28 编辑

因为你输入文件有误。再详细阅读社长博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60

例如,有赝势时应该写genecp而非gen

自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-10 13:59:17 | 只看该作者 Only view this author
liyuanfu7 发表于 2020-6-10 13:19
各位老师好,根据Sob老师的http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html这篇帖子,我尝试用gaussian16a对 ...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

当前没读入赝势,结果完全离谱
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发表于 Post on 2020-6-10 16:28:17 | 只看该作者 Only view this author
MPn系列理论方法和CC系列理论方法中,使用同一个基组时,从AO双电子积分变换成MO双电子积分的是否是相同的?g09用低级别的理论方法计算出的积分变换能否直接读取用于高级别理论方法的计算?

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发表于 Post on 2020-6-10 21:01:21 | 只看该作者 Only view this author
社长 在对二聚体(CHON共80原子)进行构想搜索的时候 genmer产生了200个构象 用xtb在GFN1-xTB下进行初筛 几何阈值为0.5 埃 筛出了160个结构 请问这160个结构都需要接着在DFT下再进行复筛吗? 可不可以有其他方法能再把这些结构筛掉一部分

我测了一下在B3LYP(D3)/6-31G*下做一次几何优化双路Gold6139需要40分钟 估计全部算完得快一周时间。。。

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发表于 Post on 2020-6-10 22:22:10 | 只看该作者 Only view this author
用GAUSSIAN做同位素效应,要用到这样的命令定义同位素H(Iso=2,Spin=1) 0.0 0.0 0.0
这个命令应该放在输入文件的什么地方,查不到相关资料,也试了好多但都不行,求各位老师指导。
%chk=ts5.chk
%mem=8GB
%nprocshared=14
#p opt=noeigen freq=noraman m06/genecp

ts5

0 1
Pd                 2.01821100    0.10529700    1.67003300
O                  3.70428800   -1.39177200   -0.86250500
O                  5.24547800    0.87880800   -3.48066000
C                  4.22411700    1.24278000   -0.36813800
C                  5.65063900    1.37266300   -0.86595000
H                  4.02307000    1.93770200    0.45264800
H                  3.50365200    1.42438100   -1.17013200

C H O S N F 0
6-31G**
****
Pd Ag 0
lanl2dz
****

Pd Ag 0
lanl2dz


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发表于 Post on 2020-6-10 22:36:42 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-6-10 22:22
用GAUSSIAN做同位素效应,要用到这样的命令定义同位素H(Iso=2,Spin=1) 0.0 0.0 0.0
这个命令应该放在输入 ...

不知道你的“查不到相关资料”都查了什么,Gaussian的官方手册都没看。

先说两个关键词的问题,opt的noeigen选项在极小值优化的时候本来就是默认的,只有过渡态的时候才要考虑加。freq的noraman选项也是默认的,只有HF方法才默认算Raman。这两个选项毫无意义,又不能代表什么想要强调的点,计算时候都应该删除。
LanL2DZ这个基组实在太小,都没有极化函数,目前来看这个精度太差,建议提高到LanL2TZ。
最后回答一下你的问题,手册写的很清楚。https://gaussian.com/isotopes/

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发表于 Post on 2020-6-11 11:06:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanfu7 于 2020-6-11 11:24 编辑
zjxitcc 发表于 2020-6-10 13:26
因为你输入文件有误。再详细阅读社长博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://s ...

那老师是不是我将gen改为genecp就可以了,对Br选用的SDD可以是嘛?

本版积分规则 Credits rule

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