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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 15:20:19 | 只看该作者 Only view this author
ldatea 发表于 2020-6-9 12:36
请教gaussian几何优化计算完成的chk,log或者其他的临时文件比如rwf,如何提取最精确地提取优化过程每一步 ...

从输出文件里直接搜standard orientation或input orientation,直接提取
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 15:20:49 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-6-8 19:28
想用GAUSSIAN做同位素效应,应该怎么设置才能让结构中同时存在H和D呢?希望各位大神帮帮忙

H(iso=2)代表这个氢用氘。默认用氕
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 15:21:19 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-6-8 19:31
我在Linux系统中使用formchk ts4pdof1.chk ts4pdof1.fchk,但是显示(bash: formchk: command not found... ...

Gaussian安装方式不当
仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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发表于 Post on 2020-6-9 15:24:15 | 只看该作者 Only view this author
是硬盘满了,和内存没关系。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 15:24:36 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2020-6-8 20:37
老师们好,我是做内嵌金属富勒烯的,一般来说内部金属和外部碳笼之间是离子和共价相互作用的混合,请问能不 ...

看具体是什么金属,碱、碱土金属和过渡金属的情况差异极大,讨论方式也有所不同。

没有什么方法能直接给出你要的这种信息,但LMOEDA能量分解能给出一些相关的量,Multiwfn做NCI分析、AIM分析能在一定程度上说明离子性程度,看
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
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发表于 Post on 2020-6-9 15:26:02 | 只看该作者 Only view this author
这个是读写文件错误,不是内存问题。要么是硬盘满了,要么就是临时文件目录即/root/sob/g09/scratch不存在,如果是临时文件目录不存在,那么 mkdir -p /root/sob/g09/scratch即可。

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Yaqi 发表于 2020-6-9 10:53
请教一个用Gaussian研究大体系选择计算级别的问题。

计算对象是MOF框架和有机小分子之间的结合能大小。 ...

B3LYP-D3(BJ)结合6-31G*和lanl2TZ优化,再用B3LYP-D3(BJ)结合6-311G**和lanl2TZ(f)算单点
当前体系我没觉得有必要要考虑溶剂模型
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发表于 Post on 2020-6-9 15:32:49 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2020-6-9 15:24
是硬盘满了,和内存没关系。

硬盘怎么清理呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 16:02:11 | 只看该作者 Only view this author
李文桃 发表于 2020-6-9 11:57
输入文件如下:
%chk=1-ir.chk
%mem=10GB

同样的信息不要在贴子里帖两遍

1.3513 eV是T2极小点结构下S0->T2的激发能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 16:10:37 | 只看该作者 Only view this author

运行echo $GAUSS_SCRDIR,看高斯的临时文件目录是在哪里。把相应目录进行清理,如果清了还不行,把相应分区里的文件删删留出空间。如果还不懂,补充Linux基本使用常识
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发表于 Post on 2020-6-9 16:52:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-9 16:10
运行echo $GAUSS_SCRDIR,看高斯的临时文件目录是在哪里。把相应目录进行清理,如果清了还不行,把相应分 ...

老师谢谢了,问题已经解决,但是我如何扩展那个虚拟机硬盘内存呢

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发表于 Post on 2020-6-9 18:12:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-9 15:20
从输出文件里直接搜standard orientation或input orientation,直接提取

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-6-10 09:02:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-9 16:02
同样的信息不要在贴子里帖两遍

1.3513 eV是T2极小点结构下S0->T2的激发能

谢谢您。

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发表于 Post on 2020-6-10 09:04:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-9 16:10
运行echo $GAUSS_SCRDIR,看高斯的临时文件目录是在哪里。把相应目录进行清理,如果清了还不行,把相应分 ...

老师我发现我只分配给Gaussian50多GB的硬盘,我如何把剩余的分配给Gaussian

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发表于 Post on 2020-6-10 09:45:59 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,请问:
对于计算nbo(pop=savenbo)的输出文件,用gview看轨道的时候,HOMO\LUMO这个部分有意义么?
还有二阶微扰部分输出结果,对于同一个轨道有不同的给-受体情况,只需要关注能量大的部分么?
如果只关心给-受体情况,二阶微扰能很小的轨道也可以用来分析么?

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