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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-6-5 11:28:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-5 10:03
继续尝试其它初猜
鉴于体系很小,建议改用M06-2X/6-31G**找过渡态,用6-311G**更好。
甲基的尺寸远大于 ...

        学习了!谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2020-6-5 12:50:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-5 10:02
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404(http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.ht ...

sob老师你好,我看了那个帖子,这个写法应该是在冗余内坐标下设置冻结,但是输入文件没有加F,是可以不用加还是写错了。还有帖子里没有介绍限制性优化的好处,我还是不太明白为什么需要固定C-O键长和C-O-C键角

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-5 15:39:59 | 只看该作者 Only view this author
吕安琪 发表于 2020-6-5 10:53
各位老师:    我在做色散校正的时候,结合了不同泛函,只有O3LYP和wB97X-D会报错,请问是什么原因?

输 ...

仔细把此文看了
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

不要用O3LYP这种非主流泛函,连内置的D3参数都没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-5 15:41:37 | 只看该作者 Only view this author
太阳雨 发表于 2020-6-5 12:50
sob老师你好,我看了那个帖子,这个写法应该是在冗余内坐标下设置冻结,但是输入文件没有加F,是可以不用 ...

文章里哪只局限于冗余内坐标下的写法了?明明各种坐标系下的冻结都写明了
你不知道为什么冻结干嘛还冻结?明明文中第一节就说了通常什么时候才有必要冻结

一个字一个字再次反复阅读此文,文章已经没法说得更详细了,我也没有任何可以补充的
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发表于 Post on 2020-6-5 19:30:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-5 15:41
文章里哪只局限于冗余内坐标下的写法了?明明各种坐标系下的冻结都写明了
你不知道为什么冻结干嘛还冻结 ...

2.2 在冗余内坐标下冻结

在冗余内坐标下设置内坐标的冻结很方便,被冻结的内坐标可以随意定义,并不仅限于输入文件里出现的内坐标。比如优化水分子时候让H-H距离保持固定,可以写成
# B3LYP/6-31G** opt=modredundant

Title Card Required

0 1
O               0.00000000    0.00000000   -0.11081188
H               0.00000000    0.58397589    0.44324751
H               0.00000000   -0.58397589    0.44324751

2 3 F

如果F前面写三个原子序号,就代表冻结这个键角;写四个原子序号,就代表冻结这个二面角,而且可以写无数多个。比如某个体系,写了opt=modredundant,然后末尾空一行写了
3 6 F
1 2 12 14 F
55 F
58 F
6 1 7 F
就代表优化时冻结了3-6距离、1-2-12-14二面角、55和58号原子坐标、6-1-7角度。

谢谢,我仔细看了还是不太明白,限制性优化只有在冗余内坐标下冻结用了opt=modredundant关键字,但是sob老师你文中不都加了F,还有不明白它为什么选取固定两个C-O键和C-O-C键角;然后开头也说了限制性优化后得到的结构也不能是全局空间极小点,特殊的目的我也不了解,还请指导一下。

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发表于 Post on 2020-6-5 20:11:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chenw 于 2020-6-5 20:14 编辑

sob老师,请问:做结构优化时用的opt freq b3lyp/genecp em=gd3 能正常结构优化。后来去掉opt单独做freq,报错
EOF while reading ECP pointer card.
Error termination via Lnk1e in D:\chemistry\G16W\l301.exe
两次用的基组都是一样的,有C H O N 用的6-31G*  Pd 用的lanl2TZ

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发表于 Post on 2020-6-5 21:10:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 linhai093 于 2020-6-5 21:17 编辑

请问sobereva老师,如果课题组现在没有服务器可以用于实际计算,只靠自己自学量化和gaussian的操作,等到以后实际使用计算时候,主要用于计算分子性质和有机反应机理,这种方法您觉得可取吗?得到数据会不会不可靠?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-6 10:36:23 | 只看该作者 Only view this author
chenw 发表于 2020-6-5 20:11
sob老师,请问:做结构优化时用的opt freq b3lyp/genecp em=gd3 能正常结构优化。后来去掉opt单独做freq, ...

输入文件格式有问题
说不清楚就上传输入文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-6 10:37:00 | 只看该作者 Only view this author
linhai093 发表于 2020-6-5 21:10
请问sobereva老师,如果课题组现在没有服务器可以用于实际计算,只靠自己自学量化和gaussian的操作,等到以 ...

完全可以
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太阳雨 发表于 2020-6-5 19:30
2.2 在冗余内坐标下冻结

在冗余内坐标下设置内坐标的冻结很方便,被冻结的内坐标可以随意定义,并不仅 ...

你设置冗余内坐标的时候显然得加F程序才知道这个设定是冻结变量

文中随便举个例子,何故关心“为什么选取固定两个C-O键和C-O-C键角”。实际当中想怎么固定就怎么固定,显然取决于你自己的实际问题

文章一开头就说了什么情况用限制性优化才可能是有意义的。不是非得是极小点结构才有化学意义,显然要看具体问题
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发表于 Post on 2020-6-6 11:30:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-6 11:10
你设置冗余内坐标的时候显然得加F程序才知道这个设定是冻结变量

文中随便举个例子,何故关心“为什么 ...

好的,谢谢sob老师,明白了。

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发表于 Post on 2020-6-6 17:30:25 | 只看该作者 Only view this author

Guassian计算相互作用能时报错

老师,我想通过高斯来计算两个分子间的相互作用能,任务如下图,一运行就报错,能指点我一下吗?

微信图片_20200606172845.png (20.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

微信图片_20200606172845.png

微信图片_20200606172852.png (19.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

微信图片_20200606172852.png

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发表于 Post on 2020-6-6 17:43:31 | 只看该作者 Only view this author
G09D以前的版本不支持D3

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发表于 Post on 2020-6-6 17:46:31 | 只看该作者 Only view this author
如果只有这个版本,就不要加D3校正,一般来说M06-2X不加校正问题不大

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发表于 Post on 2020-6-7 16:49:05 | 只看该作者 Only view this author

多谢解答。只是一直从事实验部分,做理论研究总觉得心里没底

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