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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-6-12 12:31:14 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,主要用gaussian16做单点,几何优化,频率,过渡态等,常采用b3lyp-d3bj,wb97xd,pbe0-d3bj,pbe-d3bj泛函计算,通常研究过渡金属配合物体系,一般包括1~4个过渡金属,其余为前四周期非金属元素,总体100个原子左右,以前用的基组都是pople基组,看了您的帖子想改用def基组有几个疑问:
1.对于我的体系用def2svp优化,def2tzvp算单点;和我之前用6-31g(d,p)+SDD混合基组优化,6-311+g(d,p)+SDD混合基组算单点相比会好很多吗?
2.def2-tzvp(-f)在gaussian16中如何书写?老师是否推荐使用def2-tzvp(-f)基组用于几何优化和波函数分析?
3.文献中用def2-tzvp(-f)与def2-tzvp相比采用的人不多,会不会得不到审稿人的认可?
4.对于第五周期及以后def2基组是赝势基组,请问老师在写关键词时是不是整个体系写一个def2-tzvp就可以吗?用不用第五周期元素(采用赝势的)和前四周期元素(不采用赝势的)分开写基组?
5.def2基组对第五周期及以后的主族元素赝势是大核还是小核?
多谢老师!

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发表于 Post on 2020-6-12 13:53:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-30 07:12
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506(http://bbs.keinsci.com/thread-14313 ...

关于使用表格计算化学反应速率常数,我有几个问题想问下,对于双分子A+B=C的反应路径,隧道效应透射系数κ是可以默认为1吗?那么根据表格三近似的Skodje-Truhlar方法,计算k时,要考虑b、a的情况,计算a时要考虑虚频,虚频是采用的TS状态下的数据,自由能是采用过渡态减去反应物的自由能,我的问题是标准自由能可否是生成物减去反应物,然后计算a时,采用的虚频使用生成物的虚频,这样可行吗?最后一个问题是,反应路径简并度o对于双分子反应是可以啥默认为4?根据公式不是说对于大分子可以默认为1么。

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发表于 Post on 2020-6-12 20:16:20 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2020-6-12 20:41:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈小北 于 2020-6-12 20:46 编辑

Sob老师好

我想问一下您,我的一个小分子激发态在找过渡态的时候,能量优化成了下面这样,我想请问一下这是正常的吗?如果不是,应该怎么调整一下?
用的关键词就是opt=(ts,calcfc,noeigen)

谢谢Sob老师




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-13 00:18:06 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2020-6-12 20:41
Sob老师好

我想问一下您,我的一个小分子激发态在找过渡态的时候,能量优化成了下面这样,我想请问一下 ...

看结构的变化,如果都没有走向期望的过渡态的苗头,赶紧停了。重新调整初猜结构再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-13 00:18:51 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-13 00:45:39 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-6-12 12:31
请问老师,主要用gaussian16做单点,几何优化,频率,过渡态等,常采用b3lyp-d3bj,wb97xd,pbe0-d3bj,pbe ...

1 优化半径八两,能量会好不少
2 自定义基组
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
用于几何优化可以
3 不会
4 是。不用
5 小核
仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-13 00:51:04 | 只看该作者 Only view this author
不会飞的猪呀 发表于 2020-6-12 13:53
关于使用表格计算化学反应速率常数,我有几个问题想问下,对于双分子A+B=C的反应路径,隧道效应透射系数 ...

不能
看不懂你的问题。表格的注释已经够清楚的了
谁说可以默认为4了???
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发表于 Post on 2020-6-13 16:20:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-9 15:26
B3LYP-D3(BJ)结合6-31G*和lanl2TZ优化,再用B3LYP-D3(BJ)结合6-311G**和lanl2TZ(f)算单点
当前体系我没 ...

感谢sob老师的解答。
按照您的指导,我重新编写了输入文件,第一次用非内置的赝势基组,请问输入文件按照如下写法,是否正确?


%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\Ren\structures\uio-66\uio-66.chk
# opt freq EmpiricalDispersion=GD3BJ B3LYP/genecp
[空行]
Title Card Required
[空行]
0 1
Zr              -1.44179400    0.00044600   -2.04042800
Zr              -2.04013000   -0.00023100    1.44145200
C               -2.45777600   -4.25577300   -3.47672600
C               -2.81798000   -6.59466000   -3.98452600
O                1.14943900   -3.57948700    1.62561100

...

H                -6.42877400   -0.00003900    1.08060800
[空行]
C  H  O  0
6-31G*
****
Zr     0
S   1   1.00
      1.9760000              1.0000000
S   1   1.00
      1.1540000              1.0000000
S   1   1.00
      0.3910000              1.0000000
S   1   1.00
      0.1001000              1.0000000
S   1   1.00
      0.0334000              1.0000000
P   1   1.00
      4.1920000              1.0000000
P   1   1.00
      0.8764000              1.0000000
P   1   1.00
      0.2972000              1.0000000
P   1   1.00
      0.0724000              1.0000000
P   1   1.00
      0.0243000              1.0000000
D   2   1.00
      2.2690000              0.0599741
      0.7855000              0.4734158
D   1   1.00
      0.2615000              1.0000000
D   1   1.00
      0.0802000              1.0000000
****
[空行]
ZR     0
ZR-ECP     3     28
f potential
  5
0    645.9321873             -0.0425843
1    134.7547401            -20.2222409
2     42.3074619           -101.8695172
2     12.0003227            -41.6195784
2      4.1260454             -4.6986160
s-f potential
  3
0    117.6251862              2.7910559
1     22.9646089             41.9489459
2      4.5225298             67.7271866
p-f potential
  4
0     47.1953145              4.9911144
1     48.0356033             20.7193172
2     19.4541456            195.5867758
2      4.0512875             48.2877176
d-f potential
  5
0     79.9073983              3.0049226
1     45.8263798             25.9377989
2     26.9903522            125.1244934
2      9.6835718             70.7634022
2      2.7995666             15.0492822
[空行]
[空行]

以上参数是从BSE网站上拷贝的参数。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-13 22:09:01 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2020-6-13 16:20
感谢sob老师的解答。
按照您的指导,我重新编写了输入文件,第一次用非内置的赝势基组,请问输入文件按 ...

正确
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发表于 Post on 2020-6-19 16:10:39 | 只看该作者 Only view this author
老师好!我初次使用ORCA,使用的是4.2.1版本,按照http://sobereva.com/451 提示,安装了MSMPI 10.0,测试ORCA能否正常并行运行:在ORCA文件夹里创建.txt文件,将H2CO信息粘贴到.txt文件,并改正文件名及扩展名为orca H2CO.inp,然后启动cmd命令,输入D:\ORCA\orca H2CO.inp,出现以下问题:

Your calculation uses the libint2 library for the computation of 2-el integrals
For citations please refer to: http://libint.valeyev.net

Your ORCA version has been built with support for libXC version: 4.2.3
For citations please refer to: https://tddft.org/programs/libxc/

This ORCA versions uses:
   CBLAS   interface :  Fast vector & matrix operations
   LAPACKE interface :  Fast linear algebra routines


[file orca_main/run.cpp, line 9893]: Cannot open input file: H2CO.inp

[file orca_main/run.cpp, line 9893]: Cannot open input file: H2CO.inp

不知道问题出在哪里。

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发表于 Post on 2020-6-20 17:52:16 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,Imagemagick在linux安装显示成功,但不能转换gif格式文件:convert: no images defined `movie.gif' @ error/convert.c/ConvertImage
终日寻春不见春
芒鞋踏破岭头云
归来偶把梅花嗅
春在枝头已十分

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-21 02:38:00 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-6-19 16:10
老师好!我初次使用ORCA,使用的是4.2.1版本,按照http://sobereva.com/451 提示,安装了MSMPI 10.0,测试O ...

明显输入文件路径没写对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-21 02:38:47 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2020-6-20 17:52
老师您好,Imagemagick在linux安装显示成功,但不能转换gif格式文件:convert: no images defined `movie.g ...

没细节没法回复
如果你的目的是把一批单帧图像文件合并成gif,不如用ffmpeg
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发表于 Post on 2020-6-21 10:24:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-21 02:38
明显输入文件路径没写对

老师,我有两个问题:
(1)我的输入文件放在D:\ORCA中,在cmd中,输入D:\ORCA\orca H2CO.inp,还是出现如下问题,输入文件路径没写错呀,这就是完全路径呀
This ORCA versions uses:
   CBLAS   interface :  Fast vector & matrix operations
   LAPACKE interface :  Fast linear algebra routines


[file orca_main/run.cpp, line 9893]: Cannot open input file: H2CO.inp

[file orca_main/run.cpp, line 9893]: Cannot open input file: H2CO.inp
(2)当我按照http://sobereva.com/451中格式,在cmd中输入D:\ORCA\orca H2CO.inp>H2CO.out时,仅会出现这一行文字:
Cannot open input file: H2CO.inp
(3)当我把输入文件重新命名为orcaH2CO.inp(就是把orca和H2CO.inp之间的空格去掉)时,在cmd中输入D:\ORCA\orcaH2CO.inp,会把输入文件打开;在cmd中输入D:\ORCA\orca H2CO.inp时(不改文件名,输入时仍然加空格),就会出现上述(1)中的问题,这是不是说明,输入文件路径时它们之间需要空格呀?
很迷糊。

本版积分规则 Credits rule

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