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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-6-26 00:01:07 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有一个问题请教,最近计算一个双过渡金属掺杂碳材料的体系,两个过渡金属取代了材料中的碳原子,并且两个过渡金属间成键,目的是研究两个过渡金属的反应活性,请问老师如果用DFT方法研究,有以下三个问题:
1.一定要用纯泛函吗?杂化泛函一个都不行吗?
2.如果一定要用纯泛函,PBE,BLYP,BP86选哪个好?
3.基组用def2svp优化和算频率,def2tzvp算单点合理吗?

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发表于 Post on 2020-6-26 00:58:25 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-6-25 19:33
请问老师,最近用高斯16计算,命令行只写了#p opt freq b3lyp/6-311G(d,p) EmpiricalDispersion=GD3BJ,没 ...

G16C才有。不用管它。

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发表于 Post on 2020-6-26 11:53:59 | 只看该作者 Only view this author
社长请问B2PLYPD3是否可以结合SMD计算单点? 我的目的不是去计算溶解自由能 主要是想分析有机分子在水溶液下的表面静电势分布 计算Hirshfeld电荷

前面的几何优化是在B3PLYP(D3)/6-31G** PCM溶剂模型下进行的

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发表于 Post on 2020-6-26 17:53:26 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师 请问在一个力场中 比如AMBER力场 某个类型的原子的电荷会在计算中保持恒定吗

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11180#
发表于 Post on 2020-6-26 23:13:52 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,为什么HF需要的计算资源比DFT多?从公式上感觉HF和DFT差的不多啊,HF多了一个交换项,DFT多了一个交换相关项。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 00:55:24 | 只看该作者 Only view this author
jslo 发表于 2020-6-26 23:13
老师你好,为什么HF需要的计算资源比DFT多?从公式上感觉HF和DFT差的不多啊,HF多了一个交换项,DFT多了一 ...

不存在“HF需要的计算资源比DFT多”这种说法(除非是和利用RIJ的纯泛函比)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 00:55:45 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-6-26 17:53
Sob老师 请问在一个力场中 比如AMBER力场 某个类型的原子的电荷会在计算中保持恒定吗

原子电荷取决于实际分子,而不取决于原子类型
如果你是问原子的电荷是否在MD过程中变化,对于Amber力场来说不会。只有浮动电荷力场才会变化。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 00:58:16 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-6-26 11:53
社长请问B2PLYPD3是否可以结合SMD计算单点? 我的目的不是去计算溶解自由能 主要是想分析有机分子在水溶液 ...

可以
但此时注意必须写上density关键词,否则最终得到的波函数信息并不是真正双杂化意义的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 00:58:46 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-6-25 19:33
请问老师,最近用高斯16计算,命令行只写了#p opt freq b3lyp/6-311G(d,p) EmpiricalDispersion=GD3BJ,没 ...

这是G16 C.01的bug,不用管
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 00:59:54 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2020-6-26 00:01
sob老师,有一个问题请教,最近计算一个双过渡金属掺杂碳材料的体系,两个过渡金属取代了材料中的碳原子, ...

1 是
2 BP86。其次PBE。BLYP主要适合算主族,不建议用于过渡金属
3 合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 01:01:56 | 只看该作者 Only view this author
linhai093 发表于 2020-6-24 18:09
卢老师,您好,请教您个问题。1.像exploring和user manual这些需要初学者看么?2 我看您对exploring3的批判 ...

1 部分问题这里有说明
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html

manual通常是用到的时候再查。如果没有基础,从头看manual大多也看不懂。

2 作者水平下降;作者对量化界的进展不够关注;作者别有用心(比如故意强行推广APFD)

3 G16
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 01:04:46 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2020-6-25 01:31
Sob老师,关于找过渡态时固定原子与放开,我有几个问题想请教您一下:

反应体系是催化剂表面一个气体小 ...

1 不能。进一步优化的时候一方面guess=read,一方面把步长上限设小。两步之间结构变化越小,上一步收敛的波函数就是下一步越好的初猜

2 只能慢慢折腾。催化剂表面所有原子都固定肯定是说不通的。

3 不是。簇模型算表面吸附问题,做opt=TS和IRC的时候基底的边界原子理应固定。

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发表于 Post on 2020-6-27 09:10:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-27 00:58
这是G16 C.01的bug,不用管

谢谢老师!我还以为fort.7这个文件代表任务出错了,或者是这个文件里面有重要提示或信息呢。

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发表于 Post on 2020-6-27 15:22:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-27 00:58
可以
但此时注意必须写上density关键词,否则最终得到的波函数信息并不是真正双杂化意义的

谢谢社长

1. 如果我在G16下用out=wfn 是不是就不需要写Density了?

2. 还有一个问题想请教一下社长 如果我在用B2PLYP的时候因为临时文件过大导致计算报错 除了改用ORCA算之外 有没有什么关键词可以提前对临时文件的大小进行限制

再次感谢社长的解答

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发表于 Post on 2020-6-27 15:40:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!参照您的文章《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》,简单设计了一下我计算的流程,标况下(体系48个原子),溶剂下溶质自由能的计算:
1)        B3LYP/Def2svp em=GD3BJ级别下进行几何优化和频率分析,并加上SMD溶剂模型,得到优化后的结构和热力学数据。
2)        基于(1)的结构在M062X/Def2TZVP级别下计算气相下高精度电子能量。
3)        基于(1)的结构在M052X/6-31G*级别下计算气相下电子能量。
4)        基于(1)的结构在M052X/6-31G*级别,并加上SMD溶剂模型,得到溶剂下电子能量。

A.        气相下自由能:
读取(2)输出文件中的电子能量+自己拟合得到的ZPE校正因子+(1)输出文件,使用Shermo程序计算得到Sum of electronic energy and thermal correction to G后面的值。
B.        溶解自由能:
   (4)中的电子能量-(3)中的电子能量
溶质在溶剂下的自由能:A+B+1.89kcal/mol

有几个问题请教一下老师。
1.        计算流程有没有什么问题?
2.        之前对于(4)计算的级别是B2PLYPD3/Def2TZVPP,虽然耗时很高,但是很多任务已经计算完成了,不知道能不能取代M052X/6-31G*?还是按照(4)重新计算?
3.        最终得到的溶质在溶剂下的自由能是用于讨论反应机理时绘制能量折线图的“纵坐标”吗?

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